Новый 1514 год (по французскому календарю того времени новый год фактически начинался на Пасху) начался для Людовика с ещё одного удара — смерти, 9 января 1514 года в Блуа, 37-летней королевы Анны. Королева почти до последнего дня жизни активно участвовала в переговорах с Фердинандом Арагонским и императором Максимилианом. В частности, она и король Арагона, с которым, как ей всегда казалось, она могла договориться, пытались заключить брачный договор для её малолетней дочери Рене и его второго внука Фердинанда, при этом герцогство Миланское должно было стать приданым принцессы. Даже умирая, она обратилась к Роберту де Флёранжу и попросила его отправиться от её имени к императору. Как он позже написал в своих мемуарах: "Её сердце, на удивление, было привязано к Бургундскому дому"[777].

Анна, по-видимому, так и не восстановилась после последней беременности, закончившейся в январе 1512 года рождением мертворожденного мальчика, но непосредственной причиной смерти, вероятно, стала инфекция, вызванная желчнокаменной болезнью[778]. В свои последние дни королева испытывала сильную боль, но готовилась к смерти со спокойствием и покаянием, хотя её вряд ли не беспокоили насущные проблемы, поскольку будущее её герцогства было неопределенным, а дочь должна была выйти замуж за человека, которому Анна не доверяла, и вот-вот должна была обрести ненавистную ей свекровь. Тем не менее, в своём завещании она передала опеку над своим имуществом, состоянием и дочерьми Луизе Савойской[779].

Людовик, страдавший от подагры, глубоко скорбел о потере своей Анны, и несколько дней после её смерти не хотел никого видеть. Ходили слухи, что он заявил своим придворным: "Сделайте склеп… достаточно большим для нас обоих. До конца года я буду с ней"[780]. Он носил чёрные траурные одеяния, что противоречило традициям французских королей, и настаивал на том, чтобы любой, кто к нему обращался, тоже был одет в чёрное. Король также продлил период траура сверх обычных сорока дней. Тело королевы Анны было доставлено в Париж, а затем захоронено в Сен-Дени с "величайшим почётом и уважением, которые когда-либо были оказаны королеве Франции". Только стоимость свечей для траурных служб в соборе Нотр-Дам и базилике Сен-Дени составила 2.050 ливров[781].

Перед смертью Анна испытала удовлетворение от того, что её муж и Папа заключили мир. Она всегда резко выступала против раскола с папством и, будучи герцогиней Бретани, отказывалась втягивать герцогство в конфликт вместе с остальной Францией. Её поддержка Папы в разгар борьбы с ним Людовика, сильно раздражала короля. Говорили, что он однажды сказал своей жене: "Мадам, разве ваши духовники не говорили вам, что женщины не имеют права голоса в Церкви?". Анна же перед смертью вышивала литургическое облачение для Льва X. Папа со своей стороны написал Людовику письмо с соболезнованиями, восхваляя Анну как женщину, "истинной добродетели и мудрости"[782].

Лев X стремился к примирению с Людовиком, но политическая ситуация на момент его восшествия на престол требовала от него участия в Священной лиге, хотя и в усечённой форме. Он не радовался поражению французов при Новаре и поспешил в июне 1513 года принять капитуляцию двух кардиналов, участвовавших в Пизанском Соборе. К июлю Папа и король обменялись посольствами. Представителем Франции при папском дворе стал Клод де Сейссель, но успешное преодоление раскола зависело от отречения Людовика от Пизанского Собора. Нежелание короля пойти на унизительную уступку, и признать, что его Собор был раскольническим, задерживало окончательное примирение до тех пор, пока Джироламо Алеандро, один из самых ярых сторонников созыва Пизанского Собора, не объявил его незаконным. В конце октября король принял составленный в Риме меморандум опровергающий Пизанский Собор и признающий Латеранский. При этом Людовик согласился с осуждением этим Собором Прагматической санкции. На четвертом заседании Латеранского Собора его участники одобрили заявление Юлия II о том, что Прагматическая санкция оскорбительна для Бога, вредна для Церкви и является незаконной. Два заседания спустя Собор вновь осудил Прагматическую санкцию в частности и галликанизм в целом[783].

Таким образом, Людовик сделал первый шаг к отмене Прагматической санкции. Но утверждение Льва Х о том, что Папа имеет право заполнять все основные французские бенефиции, помешало решению этой проблемы до смерти короля. Папа стал гораздо более склонен к компромиссу после громкой победы Франциска I при Мариньяно в 1515 году, что привело к заключению в следующем году Болонского конкордата[784]. Лев Х принял пункт соглашения, согласно которому Людовик никогда не был включен в отлучение от Церкви, вынесенное Юлием II против сторонников раскольничьего Собора. 19 декабря 1513 года Сейссель представил Папе подписанное королём соглашение, в то время как десять французских прелатов участвовавших в Пизанском Соборе, попросили отпущения грехов для себя и своих отсутствующих коллег[785].

Влияние королевы Анны на мужа стало ключевым фактором в его примирении с Папой, и именно её смерть предоставила возможность договориться с Англией. Всего через две недели после смерти королевы венецианский посол Дандоло, сообщил, что ведётся обсуждение нового брака Людовика, и назвал трёх возможных невест: 25-летнюю королеву Маргариту Шотландскую, вдову Якова IV и сестру Генриха VIII; 18-летнюю принцессу Марию, вторую сестру английского короля; и 34-летнюю Маргариту Габсбург, несмотря на то, что она уже побывала невестой Карла VIII. Дандоло также отметил, что "если король Франции возьмёт в жёны любую из этих дам, то можно рассчитывать на заключение мира"[786].

Хотя Генрих VIII рассчитывал в 1514 году продолжить войну с Францией, он в общем-то не был против заключения выгодного для себя мира. К тому же Фердинанд Арагонский оказался не самым верным союзником и под предлогом того, что раскол, ставший причиной войны с Францией, практически завершён, заключил с Людовиком второе перемирие и призывал Максимилиана сделать то же самое. Император, как это обычно бывало, не смог жёстко проводить свою политику и  к большому неудовольствию своей дочери, всегда бывшей ярой противницей Франции,  был готов к переговорам с Людовиком. В феврале 1514 года Маргарита написала своему отцу: