Пока шли войны и устраивались и пышные церемонии, государственные дела осуществлялись совершенно иной, сплотившейся вокруг короля, группой советников. Вскоре после опалы Пьера де Жье флорентийское правительство поручило своему новому послу во Франции, Франческо Пандольфини[650]заручиться поддержкой королевы, кардинала-легата, канцлера, Великого магистра (Шарля д'Амбуаза, находившегося при дворе так же часто, как и на своём посту в Милане) и Флоримона Роберте. В январе 1507 года, после двенадцати лет пребывания в должности, умер канцлер Ги де Рошфор. На этот пост был назначен Жан де Ганей, долгое время бывший магистратом Парижского Парламента, как и его дед и отец. В 1505 году он стал первым президентом Парламента, что обычно являлось последней ступенькой к должности канцлера, а его продвижение по службе во многом было обусловлено благосклонностью королевы Анны[651].  На посту первого президента Ганея сменил Антуан Дюпра, ставшим фаворитом королевы во время преследования Пьера де Жье.

Однако наибольшее влияние на Людовика по-прежнему оказывал Жорж д'Амбуаз, несмотря на то, что к 1508 году он был почти парализован подагрой. В 1509 году Жорж составил завещание, оставив 2.000.000 ливров своему племяннику, Жоржу II. Ранее кардинал добился от короля обещания возвести племянника на кафедру Руана после своей смерти. Завещание д'Амбуаза включало крупные суммы для других родственников и 40.000 ливров на благотворительность. Поскольку семья д'Амбуаз не была особенно богата, и Жорж был младшим сыном, а доходы кафедры Руана составляли всего около 17.000 ливров в год, то, должно быть, кардинал накопил своё состояние на королевской службе[652]. Несмотря на проблемы со здоровьем, включая камни в почках, он продолжал активно заниматься государственными и церковными делами, например, реформировал несколько францисканских монастырей в Париже и Руане. Весной 1510 года д'Амбуаз отправился в Лион раньше короля, а когда Людовик прибыл в город, состояние кардинала резко ухудшилось. Тем не менее, король отправился на охоту в Дофине, и находясь недалеко от Гренобля, 25 мая получил известие о смерти Жоржа в возрасте пятидесяти лет. По словам Сен-Желе, его смерть была поистине уходом из жизни святого человека. Хронист также сообщает, что короля сильно опечалила смерть верного друга и советника, "и у него были на то основания". Людовик также немедленно отправил письмо в Рим с просьбой передать кафедру Руана племяннику покойного[653].

Нет сомнений в том, что, по крайней мере, в течение предыдущих пяти лет, король и кардинал в управлении Францией были по сути партнерами и ряд современников и нынешних историков считают д'Амбуаза старшим партнером. В 1509 году флорентийский посол Наси сообщил, что кардинал отправился в Гайон, и при дворе ничего не делается. Незадолго до смерти д'Амбуаза он же писал, что если кардинала отойдёт от дел, в стране возникнет невероятная путаница. А вскоре после его смерти Наси сообщил, что тем, кто ведёт дела при французском дворе, придётся привыкнуть к длительным задержкам, потому что д'Амбуаз настолько главенствовал в принятии решений в Королевском Совете, что никто теперь не готов взять на себя ответственность. Макиавелли, совершивший свою третью поездку во Францию в августе 1510 года, пришёл к примерно такому же выводу. Он написал правительству Флоренции, что кардинал уделял внимание даже незначительным делам, которые теперь игнорируются. Макиавелли считал, что Людовик стал медлить с принятием решений, потому что не привык работать с деталями государственных дел и будучи в плохом состоянии здоровья, быстро от этого уставал[654]. Короче говоря, даже если Людовик никогда не говорил: "Пусть этим займётся Жорж!", есть веские основания полагать, что до 1510 года в течение нескольких лет это было правдой.

И всё же некоторые из придворных попытались занять место д'Амбуаза, в том числе и канцлер Жан де Ганей рассчитывавший усилить своё влияние на короля, но, по словам Наси, для столь высокой должности ему не хватало ни способностей, ни энергии. Флорентиец сообщил своему правительству, что сейчас делами занимаются четыре человека: Этьен де Понше, епископ Парижа; Рауль де Ланнуа, бальи Амьена, ранее занимавший должность финансового чиновника в Неаполе; Флоримон Роберте, главный секретарь Людовика; и Имберт де Батарне, сеньор де Бушаж. Бушаж долгое время был близок к Людовику, но теперь его влияние значительно возросло. Эти четверо вместе с Ганеем составляли Тайный Совет[655]. Роберте был самым могущественным из претендентов на власть д'Амбуаза, по крайней мере, по мнению Макиавелли и Наси. Но Людовик, хотя и не сразу, взял на себя большую часть обязанностей по управлению королевством.

В мае 1512 года, вскоре после возвращения в Блуа из Буржа, где он призвал капитул собора избрать кандидата короля на пост епископа, умер канцлер Жан де Ганей и Людовик оставил эту должность вакантной до конца своего царствования. Этьен де Понше в качестве хранителя печати (garde des sceaux) взял на себя большую часть обязанностей канцлера, но некоторые из функций были переданы Антуану Дюпра, первому президенту Парламента, которого Франциск I в 1515 году назначил канцлером. Главным бенефициаром смерти Жана де Ганея стал Флоримон Роберте, чьё влияние значительно возросло. Один современник в 1515 году писал, что после смерти Жоржа д'Амбуаза всем королевством управлял Роберте, поскольку он был ближе всех к королю и полностью отвечал за государственные дела[656]. Жак де Ла Палис был назначен маршалом; Артюс Гуффье, после смерти Шарля д'Амбуаза, с 1505 года занимавший пост гувернёра Франциска Ангулемского, в 1511 году получил должность Великого магистра двора; а его брат Гийом стал адмиралом. Впоследствии Дюпра и два Гуффье стали важными фигурами в правительстве Франциска I. К 1511 году Людовик в значительной степени заполнил в армии вакуум власти, образовавшийся после смещения маршала Жье, сыном своей сестры, Гастоном де Фуа. Родившийся в 1489 году, Гастон ещё в юности был принят при дворе и Людовик вскоре начал предоставлять ему важные должности, а в 1507 году пожаловал титул герцога Немурского. В том же году, Гастон де Фуа хорошо показал себя в сражении при Генуе,  что стало первым эпизодом его короткой, но блестящей военной карьеры.

Во внутренней политике смерть кардинала д'Амбуаза мало что изменила. Общее направление её развития оставалось неизменным с 1498 года. Главным достижением второй половины царствования Людовика стала редакция и кодификация кутюмов — кодексов обычного феодального права. Франция времен Людовика была разделена на две правовые зоны: pays de droit ecrit на Юге, где римское право оставалось в силе на протяжении всего Средневековья, и pays de coutumes в центре и на севере страны, где действовали местные обычаи, основанные на франкском и феодальном праве. В последней зоне действовало около 400 кутюмов, распространявшихся на города, небольшие округа и целые провинций. Например, в среднем по размеру бальяже Санлис, к северу от Парижа, действовали три разных кутюма. Кутюмы различались от места к месту; некоторые отличались лишь незначительно, другие же, даже от соседних округов, наоборот. В некоторых местах кутюмы были записаны, приобретя таким образом характер статутного права, но в большинстве случаев они основывались на памяти старейшин региона. В результате возникла система права, неизбежно приведшая к огромной путанице, затяжным судебным разбирательствам и частым судебным ошибкам[657].