Когда Пий III умер, кардиналы только начали разъезжаться и все быстро смогли вернуться в Рим на новые выборы. Однако, делла Ровере обещаниями, убеждениям или прямым подкупом уже обеспечил себе необходимые для избрания голоса. 31 октября в тот же вечер когда открылся конклав, делла Ровере был провозглашён Папой, что стало в истории самым коротким конклавом, проведённым по процедурам, принятым в XII веке и в значительной степени действующим до сих пор. Он взял имя Юлий II, что, как считалось, скорее отсылало к Юлию Цезарю, чем к его малоизвестному предшественнику Юлию I. Новому Папе было шестьдесят лет, но он обладал прекрасным здоровьем, а его энергия и активность скорее соответствовала молодому человеку. Обладая сильной волей и вспыльчивым характером, он был грозным противником, особенно учитывая, что его дипломатические навыки соответствовали его стремлению к господству.

Французы благосклонно отнеслись к избранию Юлия II, поскольку считалось, что десять лет, проведенных им во Франции, сделали его сторонником Людовика. Специальный посланник короля, прибывший с поздравлениями в Рим в апреле 1505 года, сказал Юлию II, что король испытал огромную радость и надежду, когда узнал, что его давний друг стал понтификом[588]. Со своей стороны новый Папа быстро принял меры, чтобы оправдать надежды короля и возвёл племянника д'Амбуаза, епископа Нарбонского, в сан кардинала. Юлий II угодил и д'Амбуазу, подтвердив его легатство во Франции и более того сделав этот пост постоянным, в отличие от предыдущего назначения при Александре VI, выданного на определенный срок. Юлий II также назначил д'Амбуаза легатом Авиньона. Но во Франции обретение д'Амбуазом такой огромной власти вновь вызвало сопротивление. Магистраты Парижского Парламента утверждали, что постоянный легат станет вторым Папой. В апреле 1504 года Людовик XII направил в Парламент ещё одно письмо с требованием зарегистрировать папскую буллу по этому вопросу и пригрозил выслать куда подальше наиболее непокорных магистратов. Парламенту пришлось выполнить это требование, несмотря на обещание поддержки поступившее от ректора Университета[589].

В первые несколько лет своего понтификата Юлий II был очень благосклонен к французам, но кардинал Сфорца, знавший его давно, дал более точную оценку этого отношения, чем французы. По словам Гвиччардини, Сфорца считал, что, став Папой, Юлий II, вероятно, проявит "свой беспокойный нрав, даже в большей степени, чем в период своего более низкого положения", и он может поспособствовать возвращению герцогства Миланского роду Сфорца[590]. Хотя кардинал Асканио Сфорца так и не вернулся в Милан, он, безусловно, был прав относительно влияния Юлия II на французское присутствие в Италии. С момента восшествия на престол он строил планы по изгнанию французов со своей родины. В основном из-за того, что из-за расточительности Александра VI, папская казна была пуста, Юлий II не мог быстро организовать сопротивление французам, но он выжидал и неустанно трудился над пополнением казны и восстановлением контроля над Папской областью, прежде чем вступить с ними в противостояние. Будучи проницательным дипломатом, он даже смог привлечь французов к сотрудничеству в осуществлении некоторых своих планов в отношении других итальянских государств. Вскоре французы и Людовик XII почувствовали на себе всю мощь ума и воли Юлия II ― Папы Ужасного (Papa Terribilis).

Избрание Юлия II Папой стало сокрушительным ударом по амбициям Людовика XII по установлению французского господства в Италии, но его последствия стали ощутимы лишь спустя несколько лет после 1503 года. Некоторое время Юлий II осторожничал и относился к французам благосклонно. Первой целью его изворотливого ума стал Чезаре Борджиа, чьи планы по созданию собственного королевства в Папской области угрожали лишить нового Папу базы, с помощью которой он мог бы изгнать иностранцев из Италии. Людовик и д'Амбуаз, со своей стороны, были разгневаны на Борджиа за его неспособность контролировать исход конклава, а лишившись отца на папском престоле он стал гораздо менее ценным союзником. Поэтому они почти не противодействовали новому Папе в его стремлении уничтожить Чезаре.

Юлий II быстро продемонстрировал свою проницательность, убедив Чезаре использовать подчинённые ему войска против Венеции, посягавшей на папские земли в Романье. Полагая, что Юлий II таким образом демонстрирует ему свою поддержку, Чезаре согласился. Когда армия Борджиа была достаточно истощена, Юлий II приказал его арестовать. Чезаре схватили в Остии, где он собирался сесть на галеру и отплыть в Геную, чтобы забрать из Банка Святого Георгия огромные суммы денег, которые там хранил. Его в цепях доставили в Рим. После долгих переговоров Юлий II разрешил Чезаре отправиться в Неаполь в обмен на сдачу крепостей, все ещё удерживаемых его войсками. По прибытии в город, Борджиа, несмотря на выданную ему охранную грамоту, был задержан Гонсальво де Кордова по приказу короля Фердинанда Арагонского. Его посадили на корабль, направлявшийся в Испанию, куда он и прибыл в сентябре 1504 года. Два года спустя Чезаре сбежал от своих похитителей и отправился к своему шурину, королю Иоанну III д'Альбре, в Наварру, где погиб в марте 1507 года в сражении против испанцев. Хотя Чезаре был союзником Людовика, его изгнание из Италии мало беспокоило короля, считавшего Борджиа слишком непостоянным, чтобы стать настоящим другом. Когда Чезаре, после побега от испанцев, потребовал доходы от своих французских владений, Людовик вместо этого конфисковал их и лишил его всех французских титулов. Вероятно, именно французский король приказал генуэзским банкирам не отдавать деньги Борджиа. Однако возможно и то, что это сделал Юлий II, поскольку, будучи уроженцем Савоны, расположенной к западу от Генуи и входящей в её контрадо, и родственником влиятельной семьи Фрегози, он обладал среди генуэзцев широким влиянием[591].

По той же причине, когда в Генуе в 1506 году вспыхнул мятеж против французского правления, практически все считали, что Папа приложил руку к его разжиганию. Мятеж в Генуе в начале 1506 года стал следствием французской оккупации в 1499 году, и дал городской аристократии возможность вернуть себе политическую власть утраченную 150 лет назад. Завладев Генуей Людовик ничего не сделал для смягчения ожесточенных социальных противоречий в городе[592]. Серия уличных столкновений между группами дворян и простолюдинов переросла в повсеместное нападение на знать и требования создания народного правительства. Когда начались беспорядки, французский губернатор Генуи Филипп Клевский находился во Франции, а его лейтенант Пьер де Рокбертен явно сочувствовал народной партии. Его обвинили в получении взятки в размере 10.000 экю, но, возможно, это было единственным объяснением его поддержки народной партии[593].

Обе генуэзские партии стремились привлечь внимание короля, отправляя к нему делегации. В письме к народной фракции он ответил, что крайне обеспокоен известиями о ссорах и насилии и хочет, чтобы жители его прекрасного города жили в мире и процветании, далее он сообщил, что приказал Филиппу Клевскому вернуться на свой пост, и пообещал восстановить справедливость для обеих сторон. Филипп прибыл в Геную в начале августа 1506 года с отрядом из тысячи солдат и немедленно воздвиг на городской площади виселицу, чтобы показать, как он намерен бороться с беспорядками. К сожалению, он не выполнил своего обещания, и после новой вспышки бунта позволил народной партии убедить себя изгнать дворян из города. Он также разрешил избрать новых муниципальных чиновников. Людовик, стремясь избежать новых проблем и убежденный Филиппом в правильности принятых мер, одобрил эти действия.