Но традиционность верований Людовика затрудняла понимание им необходимости церковной реформы. С самого начала царствования у короля сложились плохие отношения с одним из ярых реформаторов той эпохи, Жаном Стандонком, критиковавшим аннулирование его первого брака. Стандонк, уроженец Фландрии, на родине был близок к

конгрегации

августинских

 с каноников

Виндесгейм

а и пригласил это ответвление Братьев общей жизни основать в Париже монастырь в надежде реформировать духовенство города. Когда Стандонк начал кампанию по избранию себя архиепископом Реймса, чтобы использовать этот пост для проведения реформ, Людовик легко пресек его попытку и добился назначения своего кандидата. Людовик был знаком но мало общался с Жаком Лефевром д'Этаплем, но этот известный гуманист приобрёл репутацию сторонника реформ только после смерти короля.

Учитывая, что церковью руководил Александр VI, возможно, самый аморальный Папа в истории, неудивительно, что значительная часть духовенства, как высшего, так и низшего, не соответствовала ожидаемым от него стандартам. Что касается прелатов, то серьёзной проблемой был повсеместный плюрализм — владение двумя или более бенефициями. Они пользовались доходами с бенефиций а для исполнения обязанностей нанимали викариев, часто живших в бедности. В 1515 году насчитывалось одиннадцать таких епископов-плюралистов, что не так уж много по сравнению с более поздним периодом XVI столетия, но, тем не менее, это означало, что одиннадцать епархий не имели постоянных епископов. Плюрализм был серьёзной проблемой во французских монастырях, где большинство должностей аббатов находилось "в доверительном управлении" у главных церковных иерархов. Ярким примером плюрализма во время царствования Людовика является Аманье д'Альбре (сын Алена д'Альбре), за свою двадцатилетнюю церковную карьеру управлявший десятью епархиями либо как епископ, либо в качестве администратора (но не всеми одновременно) и двадцатью одним монастырем, а в 1501 возведённый в сан кардинала[561].

Помимо плюрализма, существовали и другие причины повсеместного отсутствия епископов в своих епархиях, наиболее важной из которых была практика назначения прелатов на важные должности в королевской администрации. В Королевском Совете Людовика состояли пять епископов, регулярно присутствовавших на заседаниях. Несколько членов королевской капеллы были епископами, обычно находившимися при дворе. Прелаты служили послами и, реже, королевскими губернаторами, как д'Амбуаз в Нормандии. Когда, после подавления восстания в 1507 году, Людовик триумфально вошёл в Геную, с ним были четыре кардинала, два архиепископа и шесть епископов. Один из кардиналов, Тристан Салазар, участвовал во взятии Генуи "вооруженным всеми видами оружия и с огромным копьем в руках сидящим на боевом коне"[562]. Идея о том, что высшие церковные иерархи являются резервом для королевской администрации, в эту эпоху никогда не подвергалась сомнению.

Ещё одна практика, не вызывавшая каких-либо возражений, заключалась в предоставлении епископских должностей юношам происходившим из знатных семей. К чести Людовика, можно сказать, что число несовершеннолетних епископов, занимавших свои должности в его царствование, было довольно небольшим. Одним из таких случаев было назначение в 1505 году 21-однолетнего Мишеля де Бюси архиепископом Буржа. Вопрос о том, был ли Мишель внебрачным сыном Людовика или одного из д'Амбуазов, не отменяет того факта, что он был бастардом и несовершеннолетним. Один из сыновей Пьера де Жье был назначен архиепископом Лиона в возрасте двадцати двух лет. В целом, однако, царствование Людовика не было столь богато несовершеннолетними епископами, как во время его предшественников и преемников[563].

Более серьёзной проблемой была открытая безнравственность многих прелатов. Трудно найти порок, которым не стали бы известны хотя бы несколько епископов, но, как всегда, сексуальные проступки были преобладающими. Прелаты содержали большое количество наложниц и имели внебрачных детей. Брантом, сам являвшийся аббатом и любивший рассказывать о проступках высшего духовенства, поведал об одном епископе, который, "в целях пополнения своего гарема", назначал пенсии 10-летним девочкам, чтобы когда они достигнут совершеннолетия он мог заняться с ними любовными утехами. "Как охотник, выращивающий щенков для охоты", — заметил мемуарист[564]. И снова в качестве примера можно привести Аманье д'Альбре, многочисленные бенефиции которого приносили около 40.000 ливров дохода, растрачиваемого им на рыцарские турниры, охоту и покупку драгоценностей. Когда Аманье умер, у него не осталось денег на содержание троих детей, опеку над которыми взял его отец[565]. Когда высшее духовенство вело себя так порочно, как можно было ожидать от деревенских кюре образцов добродетели? Не то чтобы каждый прелат или священник был начисто лишён добродетели, но таких как Аманье было предостаточно, поэтому реформа духовенства стала одной из главных проблем той эпохи.

Ещё одной из главных проблем Церкви была подделка папских документов, предоставляющих доход от пенсий и индульгенций, а также объединение бенефиций. Франция была полна обманывающих население фальшивых священников и монахов, а также настоящих не имевших прихода. Даже законные священники часто прибегали к вымогательству, требуя плату за совершение таинств и, в частности, за погребение умерших. В 1510 году парижское духовенство так высоко подняло плату за похороны, что беднякам приходилось просить милостыню, чтобы их оплатить[566].

Людовика XII вряд ли можно назвать ревностным сторонником реформы духовенства, но он всё же под влиянием кардинала д'Амбуаза он предпринял такую попытку. Кардинал и сам демонстрировал некоторые пороки высшего духовенства своей эпохи: отсутствовал в своей епархии, проявлял алчность и склонность к роскоши (строительство грандиозного замка Гайон), имел непомерные амбиции, но, насколько известно, в плюрализме или сексуальной невоздержанности замечен не был. Однако были и те, кто сожалел о его неудаче в попытке стать Папой, и утверждал, что он стал бы пылким Папой-реформатором. "Пылкий" — вероятно, слишком сильное слово для описания его реформаторских наклонностей, но вполне вероятно, что он сделал бы больше для реформирования церкви, чем Папы, правившие в то время[567].

Существовала давняя традиция призывов к реформе Церкви, в значительной степени остававшихся без внимания. Генеральные Штаты 1484 года выдвинули один из наиболее сильных таких призывов, но Карл VIII, увлеченный своей итальянской авантюрой, уделил ему мало внимания. Но небольшое количество мужских и женских монастырей всё же провели реформы, вернувшись к первоначальному уставу своих основателей. При Людовике XII церковные реформы стали менее спонтанными и более централизованными. По словам д'Отона, в начале 1502 года,  король посвятил два месяца проблемам организации в королевстве полиции и реформе Церкви. Особое внимание было уделено реформированию монашеских орденов. Д'Отон писал, что монахи рассматривали свои религиозные обеты как разрешение творить зло и жить в бесчестии[568].

Булла, с назначением д'Амбуаза папским легатом, давала ему полномочия реформировать монастыри. В марте 1502 года он издал эдикт, требующий от отделений доминиканцев и францисканцев в Париже пройти формальную проверку комиссией епископов. В состав комиссии входил Пьер Боннин, генеральный прокурор Большого Совета, являвшийся также и епископом Отёна. Доминиканцев,  не соблюдавших всех правил своего ордена и ведших распутный образ жизни, в Париже насчитывалось от 300 до 400 человек[569]. Они отказались признать эдикт и пройти проверку. Когда д'Амбуаз и Людовик ознакомились с отчётом комиссии, они заявили, что применят к доминиканцам силу, и выгонят их из их обителей и вообще из Парижа, если те откажутся подчиниться. Монахи вновь отказались и приступили к укреплению резиденции своего ордена, при помощи многих студентов Университета, в это время резко выступавших против Людовика. Студенты принесли в резиденцию доминиканцев оружие, а численность обороняющихся дошла до 1.200 человек. Но стрелки королевской гвардии и сержанты парижского прево силой выгнали всех бунтарей за городские стены[570].