Однако вскоре после этих примечательных эпизодов произошло настоящее сражение. Оно было подготовлено серией дипломатических переговоров, предпринятых Людовиком с целью укрепить шаткое господство своих войск в Неаполитанском королевстве. Ему удалось установить тесные отношения с эрцгерцогом Филиппом Габсбургом, сыном императора Максимилиана, зятем Фердинанда и Изабеллы и правителем Нидерландов. В начале 1503 года Людовик пригласил Филиппа посетить Францию, через которую тот проезжал годом ранее по пути в Испанию. Два государя встретились в Лионе и 5 апреля 1503 года подписали договор, который должен был распространяться не только на подписавших его лиц, но и на Максимилиана и испанских монархов. Он подтверждал брачный договор, заключенный годом ранее, согласно которому малолетняя дочь Людовика, Клод, была обручена с сыном Филиппа, Карлом, примерно того же возраста. Новый договор предусматривал, что после свадьбы оба ребёнка получат во владение Южную Италию. А до этого события двумя частями Неаполитанского королевства будут управлять французский и испанский наместники, а все боевые действия должны быть немедленно прекращены[405].

В честь нового мирного договора в Лионе и Париже были проведены празднества[406], а Людовик и Филипп отправили депеши двум командующим с требованием прекратить боевые действия и вернуть недавно захваченные территории. Людовик также остановил запланированную отправку в Неаполь дополнительных войск. Однако Фердинанд и Изабелла едва ли считали себя обязанными соблюдать договор подписанный их зятем. Двумя месяцами ранее они в письме Гонсальво де Кордова заявили, что не намерены заканчивать войну, а целью поездки Филиппа во Францию было ввести Людовика в заблуждение. Маловероятно, что Филипп об этом знал[407]. Когда Фердинанд и Изабелла узнали о договоре подписанном Филиппом, они заявили, что он превысил свои полномочия и был обманут французским королем[408]. Гонсальво де Кордова было приказано игнорировать распоряжения Филиппа и продолжать войну. Получив подкрепления с Сицилии, Великий Капитан (как называли Гонсальво) вывел своих людей из Барлетты. Луи де Немур собрал свои войска и в апреле 1503 года двинулся ему навстречу. Узнав о приближении французов, Гонсальво остановил свою армию у подножия холма близ города Чериньола. Уже существовавший ров вокруг подножия холма был углублен и расширен, а за ним насыпан земляной вал. В дно рва были вбиты заточенные колья. Большая часть из 7.000-й армии Гонсальво состояла из пехотинцев, основная масса которых была испанскими аркебузирами, фланкировавшими корпус германских пикинеров. Войска Немура, как это было типично для французской армии, имели значительный перевес в кавалерии. Французский командующий построил свою армию в три стандартные баталии, но их расположение было весьма необычным. Правофланговая баталия состоявшая из кавалерии была выдвинута вперёд; за ней по диагонали находилась центральная баталия швейцарских пикинеров; а левофланговая баталия из немецких и французских арбалетчиков — далеко позади. Несколько самых опытных французских капитанов не советовали атаковать хорошо укрепленную испанскую позицию. Но Немур был полон решимости доказать свою состоятельность, к тому же капитаны швейцарцев заявили, что покинут французскую армию, если командующий не отдаст приказ о атаке. Немур повел войска на врага, но уткнулся в ров. Когда Немур ехал вдоль рва в поисках места для переправы, в него попала пуля выпущенная из испанской аркебузы, и сразила его насмерть. Тем временем швейцарские пикинеры достигли рва и под сильным ружейным огнём попытались его форсировать, но потеряли темп наступления и не смогли оттеснить вражеских пикинеров от вала на противоположной стороне. Потери от огня аркебуз быстро росли, и французская армия нарушив строй побежала, а жесткое преследование со стороны испанцев привело к гораздо большему числу жертв[409].

Битва при Чериньоле стала первым случаем, когда огнестрельное оружие стало решающим фактором победы в сражении. Это также стало первым крупным сражением, в котором испанцы одержали победу над французами; таким образом, это стало важным поворотным моментом, ознаменовавшим возвышение Испании как военной державы и её общим превосходство над Францией на следующие 140 лет. В более приближенной перспективе поражение при Чериньоле оказалось катастрофическим для французских интересов в Южной Италии. Большинство французских крепостей, в значительной степени лишённых гарнизонов, быстро сдались, когда испанская армия проходила мимо них по пути в Неаполь, с энтузиазмом приветствовавший Гонсальво. Оставшиеся французские силы, 2.000 пехотинцев и 300 жандармов, отступили в мощную крепость Гаэта на побережье к северу от Неаполя.

Тем не менее, обладание Гаэтой дало французам плацдарм для возвращения утраченных территорий, и Людовик XII неустанно принялся собирать новую армию для отправки в Неаполь. В письме к своим офицерам в Гаэте Людовик указал, что он все ещё надеется, что испанские монархи отвергнут действия Гонсальво и будут соблюдать договор, подписанный с эрцгерцогом Филиппом, но своей стороны он неустанно трудится над оказанием им помощи по суше и по морю[410]. В обращении к городу Парижу король просил выделить субсидию в размере 40.000 ливров, чтобы помочь компенсировать убытки, причиненные "злым и вероломным поворотом", совершенным испанскими монархами "после того, как их зять с их согласия принёс присягу на мирном договоре". Но Париж предложил только 20.000 ливров на что Людовик ответил новой просьбой о 30.000 ливров, и город в конце-концов согласился[411]. Ожидалось, что другие города королевства внесут свой вклад в том же размере, что и Париж; но дворяне, обычно очень скупые в отношении пожертвований короне, внесли более щедрые суммы. Пьер де Жье пожертвовал 25.000 ливров, а финансисты Жак де Бон и Тома Бойе внесли по 20.000 ливров каждый. Магистры провинциальных парламентов и фискальных судов также были обложены денежными поборами[412]. Бальи Дижона был отправлен в Альпы для вербовки швейцарцев, а самый уважаемый французский капитан Луи де Ла Тремуй вызван из отставки, чтобы возглавить новую армию.

В начале июня 1503 года, чтобы оправдать действия Гонсальво де Кордова, в Лион прибыли послы из Испании. Между эрцгерцогом Филиппом, всё ещё находившемся в городе, Людовиком и послами произошла очень ожесточённая перепалка. Испанцы утверждали, что Филипп не имел полномочий связывать их государей договором. Филипп со своей стороны возражал, что у него есть письмо скреплённое их печатями, дающее ему право вести с французским королём переговоры. Послы ответили, что если Людовик хочет заключить договор с Испанией, ему нужно иметь дело непосредственно с Фердинандом и Изабеллой, а не полагаться на то, что их зять "вытащил из рукава". Филипп так разгорячился, что ему пришлось удалиться в свои покои, но вскоре он вернулся, и заявил Людовику, что он не сделал ничего, за что его можно было бы упрекнуть. Людовик ответил, что знает о доброй воле эрцгерцога, и приказал послам покинуть его королевство в течении трёх дней если они не хотят ощутить на себе последствия[413].

После этого скандального эпизода Людовик решил заставить испанских монархов отречься от действий Гонсальво, отправив к испанскому побережью флот и две армии через Пиренеи в двух разных местах, созвав для этого феодальное ополчение. Но ни одна из этих мер не привела к какому-либо существенному успеху и в конце октября 1503 года Людовик был вынужден заключить перемирие на испанском театре военных действий, что позволило Фердинанду сосредоточиться на Италии[414].