В Провансе существовала довольно схожая ситуация, хотя проблемы с отправлением правосудия у Великого сенешаля Прованса и старого Высшего Совета (Conseil Eminent) не были столь печально известны, как в Нормандии. Поэтому Людовик в 1501 году учредил для Прованса парламент в Экс-ан-Прованс с одним президентом и двенадцатью магистратами. Таким образом к концу его царствования в королевстве существовало семь парламентов. Споры о юрисдикции между Парижским и провинциальными парламентами часто были очень ожесточенными. Короли иногда направляли дела особой важности в провинциальные парламенты, а не рассматривали их в Париже, поскольку провинциальные суды, как правило, были более склонны подчиняться королевской воле.
Апологеты Парижского Парламента часто называли его Сенатом, имея в виду Римский Сенат, как это сделал первый президент в своём обращении к Людовику XII в июле 1498 года[286]. Такое грандиозное представление о власти и независимости суда часто приводило к столкновениям с монархом. Хотя у Людовика было несколько споров с этим учреждением, в основном по делам Церкви, оно оказало ему хорошую услугу во время первого политического кризиса его царствования. Летом 1498 года король издал эдикт, предписывающий масштабную реформу Парижского Университета, одного из самых влиятельных и независимых субъектов в королевстве. Этим эдиктом правительство попыталось решить насущную проблему нахождения в столице большого числа (возможно, до 20.000 человек) малообеспеченных и не имевших никаких обязанностей бывших студентов[287]. Все эти люди продолжали претендовать на привилегии и защиту Университета, особенно на освобождение от налога на вино и товары, потребляемые членами этого учебного заведения. Их поведение часто было возмутительным, и они нередко провоцировали сотрясавшие город многочисленные столкновения между студентами и горожанами. Они также отстаивали право, поддерживаемое и Университетом, быть судимыми в его специальном суде, который, как известно, был к студентам крайне снисходителен.
Эдикт предписывал ограничить число студентов имеющих привилегии только теми, кто был зачислен в Университет в течение предыдущих шести месяцев и ограничивал срок действия таких привилегий — от четырех лет для студентов факультета семи свободных искусств до четырнадцати лет для тех, кто получал степень магистра богословия. За нарушение этих предписаний были установлены крупные денежные штрафы и суровые наказания[288]. Возмущение вызванное в Парижском Университете этим эдиктом было огромным, не только в массе непосредственно пострадавших, но и со стороны всего преподавательского состава, всегда яростно защищавшего привилегии своего учебного учреждения. Доктора Университета осудили кардинала д'Амбуаза, вероятно, являвшегося инициатором этой реформы, а зловещее настроение студентов проявилось в рисунке с изображением сердца пронзенного кинжалом, прибитого к двери дома канцлера Рошфора в Париже. Канцлер был "огульно оклеветан членами Университета. По городу были развешаны плакаты с угрозами расправы, если король не отправит его в отставку"[289].
Обратившись с петицией к Людовику XII, Университет, чтобы не задеть лично монарха, приписал идею этого эдикта некоему неназванному по имени дурному советнику. Но король отклонил эту петицию, как и Парламент, который в другое время мог бы Университету сочувствовать. Университет ответил призывом к "прекращению проповедей и лекций", что привело бы не только приостановке занятий, но и к тому, что все парижские священники, ранее бывшие студентами, должны были прекратить проповедовать. Прекращение занятий было тем инструментом, с помощью которого Университет завоевал свои привилегии в 1200 году и с тех пор яростно их защищал. По всей Франции были разосланы подписанные ректором письма, объявляющие о прекращении занятий до полного восстановления привилегий. Студенты отреагировали на эдикт короля бунтом на улицах столицы. Парламент, в обязанности которого входили и полицейские функции, попросил Людовика прислать в город войска для восстановления порядка. Король, находившийся в Блуа, собрал небольшую армию и двинулся на Париж, прибыв туда в начале июня 1499 года. Его присутствие в столице во главе армии прекратило беспорядки. И хотя Людовик отказался не только отменить но и как-то смягчить положения своего эдикта, он постарался с Университетом примириться. Ректор и доктора встретились с королём за пределами города и попросили у него прощения. В ответ Людовик даровал всем амнистию, но за исключением Жана Стандонка и трёх его единомышленников, чье весьма резкое осуждение аннулирования брака короля уже однажды привлекло к ним внимание монарха. Одни из этих людей были отправлены в ссылку, а другие сочли целесообразным вовремя покинуть Францию. В конце концов Людовик в апреле 1500 года помиловал и тех и других, и все они благополучно вернулись в Париж. Решительные действия короля положили конец практике забастовок Парижского Университета и королевская власть наконец-то эффективно обуздала то, что, безусловно, было самой независимой из средневековых корпораций. Для королевской власти это стало важным шагом вперёд.
Эдикт, устанавливающий иной порядок в Университете, был частью гораздо более масштабного плана реформы правосудия и управления, задуманного королём после восшествия на престол. К тому времени он был уже опытным администратором, хорошо разбиравшимся в системе государственного управления и её недостатках, и к тому же был знаком с предложениями Генеральных Штатов 1484 года о том, как всё улучшить. В марте 1499 года, находясь в Блуа, король издал ордонанс состоявший из длинной преамбулы и 162 статей, ставший одним из важнейших законодательных актов в истории французской монархии. В преамбуле говорилось о обязанности короля обеспечивать правосудие для своего народа, что являлось "главной и наиболее необходимой задачей всех монархий и королевств" и поскольку Франция главное из всех королевств мира, она также должна первенствовать и в сфере правосудия. Далее приводилось обоснование необходимости реформ, поскольку, из-за войн, раздоров и смут деятельность предыдущих королей по совершенствованию системы отправления правосудия была нарушена. Поэтому король собрал в Блуа ряд прелатов, принцев крови, президентов парламентов, сенешалей и бальи, чтобы они посоветовали ему как следует реформировать эту систему. В преамбуле тщательно подчеркивалось, что 162 статьи не содержат новых законов, а лишь возвращают положение к добрым законам прошлого[290].
Несколько первых статей ордонанса касались Церкви. Король приказывал соблюдать "священные постановления" Базельского Собора и Буржскую Прагматическую санкцию[291], а также пересмотрел правила предоставления церковных бенефиций (должностей с доходом) выпускникам университетов. Прагматическая санкция предписывала епископам заполнять одну треть различных бенефиций, становившимися вакантными в течение года, выпускниками университетов. Правило было призвано не только обеспечить средства к существованию тем, кто получил ученую степень, но и гарантировать, что значительная часть духовенства будет образованной. Поскольку многие бенефиции представляли собой прибыльные синекуры, они часто становились причиной ожесточенных споров. Людовик надеялся решить эту проблему, приказав епископам прекратить скрывать вакантные бенефиции, чтобы заполнить их своими клиентами, и регулярно сообщать университетским властям о открывшихся вакансиях. Университеты, в свою очередь, должны были предоставить епископам список новых обладателей степеней для выбора на предоставление бенефиций[292]. Таким образом ордонанс помог Людовику восстановить свою популярность в Парижском Университете.
