Воодушевленный заявлением Папы о дружбе и изменением взглядов Анны, Людовик направил в Рим прошение о аннулировании брака с Жанной по причине отсутствия супружеских отношений. 29 июля Александр VI согласился назначить комиссию для рассмотрения этого дела. В то же время он предложил, чтобы Людовик проявил великодушие к сыну Папы Чезаре Борджиа. Александр VI открыто признавал своими троих детей прижитых в молодости, и после убийства одного из сыновей в 1497 году его амбиции сосредоточились на Чезаре, ставшего в семнадцать лет кардиналом, но все ещё находился в низших санах. В июне 1498 года Папа освободил сына от духовного сана на том основании, что в своё время принудил сына стать священником. Теперь Чезаре мог свободно жениться и продолжить династию Борджиа. Александр VI хотел, чтобы Чезаре женился на дочери короля Федериго Неаполитанского, но и отец, и дочь категорически от этого отказались. Папа обратился к Людовику за помощью в получении их согласия, а также добивался для Чезаре земельных владений во Франции и королевской пенсии, чтобы сделать его одним из светских государей христианского мира[228].
В конце июля 1498 года во Францию для переговоров с Людовиком прибыл португальский дипломат Фернандо д'Алмейда, епископ Сеуты в Северной Африке. Король согласился содействовать браку Чезаре с неаполитанской принцессой и передать ему графства Валентинуа и Ди в Дофине, недалеко от Авиньона. Валентинуа должно было быть возведено в статус герцогства, а Людовик обязаться предоставить сыну Папы несколько дополнительных источников дохода, так что Чезаре получал бы 20.000 ливров в год. Чезаре также должен был получить под командование отряд из 100 копий и управление графством Асти после того, как французы захватят Милан. Когда Александр VI одобрил условия соглашения, Людовик отправил в Италию шесть галер, чтобы сопроводить Чезаре во Францию[229].
Хотя это и не было указано в соглашении, Папа согласился создать комиссию для рассмотрения просьбы Людовика об аннулировании брака и назначил в её состав епископа Сеуты и епископа Альби, Луи д'Амбуаза[230]. Епископ Альби был братом ближайшего доверенного лица Людовика Жоржа д'Амбуаза и активным членом правительства. Поскольку епископ был одним из главных советников Людовика XI и присутствовал на бракосочетании Карла VIII и Анны Бретонской, считалось, что он будет не предвзят по отношению к Жанне, будучи как её другом, а также другом Людовика XII. В 1488 году Жанна написала ему письмо, в котором указывалось на тесные отношения между ними[231].
10 августа папская комиссия подтвердил получение запроса на аннулирование брака и призвала Жанну подготовить свою защиту. Людовик назначил четырех канонических юристов во главе с Антуаном де Л'Эстангом из влиятельной нормандской семьи представлять его интересы и трёх канонических юристов из Тура выступать в качестве адвокатов Жанны. Юристы короля изложили основания для аннулирования брака: родство в четвертой степени между Людовиком и Жанной; духовное родство между ними, поскольку Людовик XI был крестным отцом жениха, что по каноническому праву являлось таким же серьёзным препятствием для брака, как и кровные узы; принуждение к браку, примененное отцом Жанны; и отсутствие полового акт консумирующего брак. Ещё до восшествия Людовика на престол его казначей составил целое досье материалов для дела, если бы оно когда-либо было рассмотрено[232]. Два судьи по первым двум пунктам обращения быстро признали папское разрешение 1476 года действительным, тем самым устранив их как основания для аннулирование брака.
Чтобы избежать обсуждения сложной и интимной темы о том, был ли брак действительно консумирован, королевские юристы сосредоточились на вопросе о принуждении[233]. Они представили список из двадцати девяти свидетелей, которые могли бы подтвердить угрозы Людовика XI, направленные на принуждение герцога Орлеанского к браку. Однако адвокаты Жанны в ответ привели положение канонического права о том, что "сожительство устраняет принуждение"[234]. Поскольку стало ясно, что Жанна, вопреки надеждам Людовика, не собирается мириться с аннулированием брака, и что судьи серьёзно относятся к принципу "сожительство устраняет принуждение", Папа вмешался, назначив третьего судью, епископа Ле-Мана Филиппа де Люксембурга. Он был верным другом нового короля и считался менее беспристрастным, чем Луи д'Амбуаз[235]. Неясно, знал ли Александр VI о трудностях возникших в этом деле, но возможно, что быстрый курьер мог бы доставить в Рим известие о проблемах на слушании к 31 августа, дате назначения Люксембурга, если бы Папа действовал немедленно после получения этого известия. Обоснованием для назначения третьего судьи послужила необходимость в присутствии епископе Сеуты в Риме, хотя он и довёл дело до конца.
Люксембург ещё не получил своего назначения и уведомления о возведении в сан кардинала, когда Жанна Французская обратилась к комиссии признав своё незнание закона и выразив крайнее недовольство тем, к чему её принуждают. Она добавила, что надеется, что судьи не обидятся, если она не будет только отвечать на их вопросы, а сама подробно изложит свою позицию, и попросила добавить её заявление в протокол заседания[236]. Жанна заявила, что не верит, что её брак был заключен под принуждением, и сказала, что, хотя она знает, что не так привлекательна, как другие женщины, но она уверена, что способна иметь детей. Королевский юрист спросил, согласна ли она на медицинский осмотр мудрыми и благоразумными женщинами, но она категорически от этого отказалась по праву своей королевской крови.
После недельного перерыва комиссия возобновила работу, но теперь уже в Амбуазе и в присутствии кардинала Люксембурга, а обязанности главного адвоката Жанны стал исполнять Жан де Васс из Буржа. Её предыдущий адвокат подал в отставку, сославшись на страх перед королем, мешавший ему должным образом представлять интересы своей клиентки. Де Васс, по-видимому, проделал отличную работу. Затем с показаниями, устными или письменными, выступили двадцать девять свидетелей, что-то либо знавших об обстоятельствах заключения брака, либо о совместной жизни Жанны и Людовика. В основном это были члены их окружения, друзья и советники, а также престарелый епископ Орлеанский, проводивший церемонию бракосочетания, но он был слишком дряхл, чтобы дать показания лично. Со стороны Жанны были представлены только три свидетеля, и они мало что сделали в пользу её позиции. В своём выступлении де Васс привел убедительный аргумент о том, что "сожительство устраняет принуждение". Он утверждал, что у Людовика было несколько хороших возможностей ранее заявить о недействительности своего брака: например, когда он предстал перед Генеральными Штатами в 1485 году, или когда находился в Бретани в 1488 году и добивался руки Анны, но особенно когда он был в Асти в 1494 году, где был верховным правителем. Там он не только не заявлял о недействительности своего брака, но и обращался к Жанне в письмах из Асти, касающихся супружеской близости. Адвокаты Людовика ответили, что он был вынужден притворяться, что Жанна является его женой, опасаясь гнева её отца и брата, своих предшественников. Король выдвинул ту же аргументацию, когда 29 октября в Манте позволил себя допросить представителю комиссии[237].
Поскольку положение короля оказалось под угрозой, его юристы разыграли свой главный козырь — письмо Людовика XI к Антуану де Шабанну. Это письмо уже цитировалось выше, но стоит ещё раз привести из него ключевую фразу: "Предупреждаю вас, что я надеюсь заключить этот брак, и те, кто будет против, не будут приветствоваться в моем королевстве". В 1488 году, когда Людовик находился в Бретани и, как предполагалось, готовил дело об аннулировании брака, Карл VIII приказал Шабанну предъявить это письмо, но тот этого не сделал. После смерти Шабанна письмо перешло к его сыну Жану, зятю внебрачной дочери Людовика XI. Эта единокровная сестра Жанны питала к ней симпатию; и когда в начале разбирательства Людовик попросил Жана де Шабанна передать письмо, она решительно возразила. Лишь три месяца спустя давление со стороны королевского двора убедило Шабанна это сделать[238]. Королевские юристы привлекли нескольких видных членов двора Людовика XI для подтверждения подлинности подписей короля и его секретаря. Адвокат Жанны также изучил письмо и не смог его опровергнуть.
