Федерал-Сити оставался настолько примитивной и безлюдной деревней, что, по словам секретаря британского представительства, «в его окрестностях можно проехать несколько часов, не встретив ни одного человека, который бы нарушил его размышления».[717] Поскольку дома были разбросаны и не имели номеров улиц, а немногочисленные существующие дороги не имели фонарей и часто сворачивали на коровьи тропы, люди легко терялись. Если бы Капитолий был достроен, он был бы внушительным, но палаты Сената и Палаты представителей стояли в недостроенном виде, соединенные лишь крытым дощатым настилом. Внутри Капитолия дизайн и качество исполнения были настолько плохими, что колонны раскалывались, крыши протекали, а часть потолков обрушилась. И все же Джефферсон жил надеждой, как он сказал в 1808 году, что «законченная работа будет долговечным и почетным памятником нашей младенческой республики и выдержит благоприятное сравнение с остатками того же рода древних республик Греции и Рима».[718]

«Президентский дворец», как первоначально назывался Белый дом, был самым большим домом в стране и, благодаря влиянию Вашингтона, впечатлял не меньше Капитолия, но он был таким же недостроенным. В течение многих лет его территория напоминала строительную площадку с разбросанными повсюду лачугами рабочих, туалетами и старыми кирпичными печками, настолько захламленными, что посетители президентского дома постоянно находились в опасности провалиться в яму или споткнуться о кучу мусора. Из-за нежелания скупого республиканского Конгресса тратить деньги все в столице оставалось недостроенным, сетовал английский архитектор Бенджамин Латроб, который переехал в США в 1796 году и стал инспектором общественных зданий при Джефферсоне.[719]

Другими словами, эта новая и отдалённая столица, город Вашингтон в округе Колумбия, совершенно не смогла привлечь население, торговлю, социальную и культурную жизнь, которые были необходимы для того, чтобы превратить его в Рим Нового Света, как смело предполагали его первоначальные планировщики. Вместо того чтобы обрести население в сто шестьдесят тысяч человек, которое, по прогнозам одного из городских комиссаров, «станет само собой разумеющимся через несколько лет», Вашингтон в течение следующих двух десятилетий оставался заштатной деревушкой с населением менее десяти тысяч человек, основным бизнесом которой было содержание пансионов.[720] Расположенный на болоте, Федеральный город полностью заслужил многочисленные насмешки приезжих, в том числе ирландского поэта Томаса Мура:

РЕСПУБЛИКАНЦЫ НА САМОМ ДЕЛЕ хотели иметь незначительное национальное правительство. Федеральное правительство, заявил Джефферсон в своём первом послании к Конгрессу в 1801 году, «занимается только внешними и взаимными отношениями этих штатов». Все остальное — «главная забота о наших лицах, нашей собственности и нашей репутации, составляющая великую область человеческих забот» — должно было быть оставлено штатам, которые, по мнению Джефферсона, были лучшими правительствами в мире.[722] Такое ограниченное национальное правительство означало поворот назад на десятилетие политики федералистов, чтобы восстановить то, что теоретик-республиканец из Виргинии Джон Тейлор назвал «первозданным здоровьем» Конституции. Было разрешено отменить Закон о подстрекательстве, и был принят новый либеральный закон о натурализации. Из-за того, что Джефферсон назвал федералистскими «сценами фаворитизма» и «растратой сокровищ», было приказано строго экономить, чтобы искоренить коррупцию.[723]

Унаследованное федералистами правительственное учреждение было небольшим даже по европейским стандартам XVIII века. Например, в 1801 году штаб-квартира Военного министерства состояла только из секретаря, бухгалтера, четырнадцати клерков и двух посыльных. Штат государственного секретаря состоял из главного клерка, шести других клерков (один из которых заведовал патентным бюро) и посыльного. У генерального прокурора ещё не было даже клерка. Тем не менее, по мнению Джефферсона, эта крошечная федеральная бюрократия стала «слишком сложной, слишком дорогой», а офисы при федералистах «неоправданно размножились».[724]

За предыдущее десятилетие количество офисов, безусловно, выросло. Список офисов в начале 1790-х годов занимал всего одиннадцать страниц, а десять лет спустя он заполнил почти шестьдесят страниц.[725] В предыдущих федералистских администрациях Джефферсон повсюду видел «расходы… на невиданную работу; агентства на агентствах во всех частях земли, причём для самых бесполезных или злонамеренных целей, и все они открывают двери для мошенничества и растрат, выходящих далеко за пределы мнимой прибыли агентства».[726] Таким образом, штат федеральных чиновников пришлось сильно сократить. Были ликвидированы все налоговые инспекторы и сборщики налогов, что сократило число служащих казначейства на 40%. Дипломатическое ведомство было сокращено до трех миссий — в Британии, Франции и Испании. Если бы Джефферсон мог добиться своего, он бы избавился от всех иностранных миссий. Как и другие просвещенные верующие в возможность всеобщего мира, он хотел иметь только коммерческие связи с другими странами.[727]

Республиканцы были полны решимости разрушить мечту федералистов о создании современной армии и флота. Когда в начале 1800 года Джефферсон узнал о государственном перевороте, совершенном Наполеоном в ноябре 1799 года и свергнувшем Французскую республику, он не стал делать вывод, который сделали федералисты: слишком много демократии ведет к диктатуре. Вместо этого он сказал: «Я прочитал это как урок против постоянных армий».[728] После вступления в должность он позаботился о том, чтобы военный бюджет был сокращен вдвое. Поскольку в 1790-х годах вооруженные силы были крупнейшей причиной расходов, не связанных с долгами, и составляли почти 40% от общего объема федерального бюджета, эта мера означала серьёзное сокращение общих расходов национального правительства.

Поскольку в офицерском корпусе армии преобладали федералисты, его необходимо было радикально реформировать, уволив наиболее пристрастных офицеров-федералистов и сделав остальных лояльными к республиканской администрации. Хотя Джефферсон в 1790-х годах выступал против создания военной академии, теперь он поддержал идею её учреждения в Вест-Пойнте как средства обучения офицеров республиканской армии, особенно тех, чьи семьи не имели достатка, чтобы отправить своих сыновей в колледж. Закон об установлении военного мира 1802 года, заложивший основу для реформы армии Джефферсона, наделил президента чрезвычайными полномочиями в отношении новой академии и инженерного корпуса, которому поручалось её функционирование.[729]