Однако, несмотря на многообещающее развитие федералистского института, он оставался, по словам Гамильтона, «наименее опасной» ветвью власти и был далёк от того, чтобы иметь последнее слово в толковании Конституции.[1090] Конгресс претендовал на роль не менее важного толкователя Конституции, как и штаты. По мере того как Америка становилась все более демократичной, Верховный суд, как и все суды, казался все более аристократичным и уязвимым для нападок со стороны населения. Найти способных людей для работы в нём становилось все труднее. В период с 1789 по 1801 год в Суде работали двенадцать человек. Пятеро из них, включая двух главных судей, ушли в отставку. Суд с трудом собирал кворум, из-за чего рассмотрение дел переносилось, а иногда заседания и вовсе отменялись. Моральный дух в Суде ухудшился. Джон Джей, отклонив предложение Адамса о повторном назначении на пост главного судьи, объяснил, что у суда нет необходимой «энергии, веса и достоинства» для поддержки национального правительства и мало шансов приобрести их.[1091]

Маршалл решил исправить эту ситуацию. Он стремился сплотить Суд, отказавшись от прежней практики, когда каждый судья выносил своё собственное мнение, что было принято как в английских судах XVIII века, так и в судах американских штатов. Вместо этого он убедил младших судей в большинстве случаев принимать коллективное решение (обычно написанное им самим), тем самым повышая авторитет Суда за счет того, что он выступал единым фронтом.[1092]

Он не навязывал своё мнение коллегам с сильными взглядами. Напротив, он превратил Суд в «группу братьев» и работал над достижением консенсуса путем дружеских дискуссий и нередких бокалов вина. В Суде существовало правило, согласно которому вино пили только во время дождя. Маршалл мог выглянуть в окно в солнечный день и решить, что винопитие допустимо, поскольку «наша юрисдикция распространяется на столь обширную территорию, что доктрина вероятности позволяет с уверенностью утверждать, что где-то должен идти дождь».[1093]

За первые четыре года пребывания Маршалла в должности, с 1801 по 1805 год, Суд вынес сорок шесть письменных решений, все из которых были единогласными. Маршалл участвовал в сорока двух, и в каждом из них он написал мнение суда. Даже после 1810 года, когда республиканских судей стало больше, чем федералистов, Маршалл сохранил своё приятное доминирование. Джозеф Стори, который поступил в суд в 1811 году в возрасте тридцати двух лет как республиканец и трезвенник, быстро поддался обаянию Маршалла и его винопитию и стал его горячим сторонником. В общей сложности с 1801 по 1815 год Маршалл написал 209 из 378 заключений Суда.[1094]

В конечном итоге главным достижением Маршалла стало сохранение существования Суда и отстаивание его независимости в условиях враждебного республиканского климата. Он начал с того, что изменил лордский имидж Суда. При федералистах судьи, как правило, носили либо индивидуальные академические мантии, либо мантии алого цвета с горностаем в подражание английской королевской скамье — одежду, которую один сенатор-республиканец назвал «мантией цвета партии» деспотичной судебной власти.[1095] Своим примером Маршалл побудил своих коллег носить простые чёрные мантии республиканского образца, которые использовали судьи Виргинии.

Этот символический отказ от монархизма был лишь первым шагом в попытках Маршалла уйти от партийной политики 1790-х годов. Он упорно стремился достичь какого-то согласия с другими ветвями власти и, по крайней мере, вплоть до войны 1812 года старался по мере возможности избегать прямой конфронтации с республиканцами. Все его уклонения и осторожность, как он позже сказал судье Стори, были основаны на его вполне здравом страхе, что судьи могут быть «осуждены как стая консолидирующихся аристократов».[1096]

В ряде решений суд отступил от некоторых передовых позиций, которые федералисты пытались установить для судебной системы и федерального законодательства в 1790-х годах. Поскольку пламенные пристрастные обвинения в адрес больших присяжных со стороны судей-федералистов, особенно судьи Чейза, возбудили политические страсти республиканцев, председатель суда быстро приступил к попыткам изменить поведение судей-федералистов. Он сознательно воздерживался от политических заявлений в своих обвинениях большим присяжным и отказывался публиковать их в газетах, «заявляя, что установил это как правило, от которого не намерен отступать».[1097]

Поскольку утверждение федералистов о том, что в федеральных судах действует английское общее право, вызвало столь сильную враждебность республиканцев, в 1800 году он предположил, что это не так, и возложил ответственность за распространение «этой странной и абсурдной доктрины» на «некоторые пенистые газетные публикации».[1098] Однако это лукавое предположение было несколько неискренним, поскольку Маршалл отрицал наличие в судах только «общего права Англии»; он соглашался с тем, что в каждом штате существовали версии американского общего права, на которые могли ссылаться судьи как судов штатов, так и федеральных судов. Но даже это было слишком открытой позицией, и в нескольких решениях между 1807 и 1811 годами суд Маршалла заявил, что «юрисдикция судов Соединенных Штатов зависит исключительно от конституции и законов Соединенных Штатов».[1099] Наконец, в деле Соединенные Штаты против Хадсона (1812 г.) суд постановил, что федеральные суды не обладают юрисдикцией в области общего уголовного права. Хотя это решение сметало ряд прецедентов низших федеральных судов и перечеркнуло два десятилетия утверждений федералистов, оно, вероятно, было неизбежным. По словам суда, этот вопрос был «давно решен в общественном мнении».[1100]

Даже в ходе судебного процесса 1807 года над Аароном Бёрром, который Маршалл расценил как «самое неприятное дело, когда-либо представлявшееся судье в этой или, возможно, в любой другой стране, где действуют законы», главный судья тонко подрывал прежние позиции федералистов.[1101] В своём решении он отказался от широкого определения государственной измены, которое федералисты использовали в 1790-х годах при преследовании участников восстаний виски и фризов, и вместо этого дал узкую трактовку определения государственной измены в Конституции. Выступая от имени суда, Маршалл заявил, что заговор с целью развязывания войны и фактическое развязывание войны против Соединенных Штатов являются «разными преступлениями», а «заговор не является государственной изменой». Планирование войны, вербовка солдат, даже поход к месту встречи перед «фактическим сбором» армии — всего этого было недостаточно, чтобы считать изменой. По сути, Маршалл проигнорировал аргументы обвинения и показания 140 свидетелей и с помощью своего узкого толкования закона фактически сам определил исход судебных процессов над Бёрром и его соратниками.[1102]

Республиканцы были в ярости. Они с энтузиазмом поддержали своего президента, передавшего дело в суд, и осудили Маршалла за то, что он написал «трактат о наилучшем способе совершить измену без обнаружения и наказания» и за «попустительство побегу предателя». По мнению республиканцев, излагая присяжным закон таким образом, Маршалл фактически узурпировал роль присяжных и подорвал этот священный и популярный институт. Республиканцы были так разгневаны решением, что не обратили внимания на то, что Маршалл отверг английскую доктрину конструктивной измены, которую использовали федералисты в 1790-х годах. Все, что они увидели в решении, — это судебное высокомерие и узурпацию, и многие поклялись ещё раз сократить состав суда «до его надлежащих пределов». Джефферсон, в свою очередь, считал, что это решение продемонстрировало «изначальную ошибку создания независимой от нации судебной власти».[1103] Хотя республиканская толпа в Балтиморе повесила Маршалла в чучеле, ярость, вызванная решением по делу Бёрра, вскоре утихла.