В конце 1941 года резидент НКВД в Сан-Франциско Григорий Хейфец получил задание из Москвы выйти на двух агентов «глубокого оседания», еврейских эмигрантов из Польши. Они разделяли коммунистическую идеологию и были близки к прогрессивно настроенным членам семьи видного ученого-атомщика, лауреата Нобелевской премии Роберта Оппенгеймера. Задание было поручено Китти Харрис. Она успешно справилась с ним, а в дальнейшем работу с этими источниками вела «Эрна».
В ноябре 1942 года Зарубин пришел к выводу, что дальнейшее пребывание Китти в США становится для нее опасным: она поддерживала связь со своей семьей, периодически посещала сестер, встречалась и со старыми друзьями по компартии США и профсоюзному движению. Это могло привлечь внимание к ней американской контрразведки. Центр принимает решение направить Китти в Мексику в качестве связной резидентуры НКВД в Мехико.
Следует отметить, что это решение было весьма своевременным. Положение Китти как разведчицы осложнялось тем, что Яков Голос в нарушение правил конспирации с 1940 года стал жить со своей связной Элизабет Бентли (оперативный псевдоним «Умница»). Благодаря этой связи она знала практически все о его агентурной сети. Знала она и о Китти Харрис. 25 ноября 1943 года Голос скончался от инфаркта на квартире Бентли в Нью-Йорке. Вскоре Бентли, которая не смогла отчитаться перед резидентурой о расходовании ею финансовых средств, добровольно выдала ФБР всех известных ей агентов советской внешней разведки.
Поездка Китти Харрис в Мексику была тщательно подготовлена Зарубиным. В мексиканскую столицу она отправилась в качестве туристки. Ей был подобран «родственник» для регулярного перевода в Мехико денег на проживание. Китти было рекомендовано не торопиться с устройством на работу, так как это могло вызвать осложнения с иммиграционной комиссией. В Мехико она в очередной раз стала «студенткой», изучающей испанский язык для поступления в университет.
В мексиканской столице Китти принял на связь Лев Василевский, с которым она уже работала в Париже. Они встретились как старые друзья. Китти было поручено поддерживать конспиративный контакт со «Штурманом», с которым она познакомилась накануне своего отъезда из США. Он занимал видное политическое положение в стране и был весьма информированным источником резидентуры.
«Штурман» располагал штатом личных сотрудников и предложил Китти поступить к нему на работу. В годы войны, особенно после Сталинградской битвы, престиж СССР в мире был как никогда высок. Зная, что Китти является советской разведчицей, он часто интересовался у нее положением в СССР. Кроме того, «Штурман» поддерживал личный контакт с советским послом в Мехико Константином Уманским, которому передавал секретную информацию, минуя резидентуру НКВД в стране. Вскоре резидент узнал, что Китти вопреки запретам переписывается со своими сестрами в США, что являлось нарушением правил конспирации.
Когда резидент доложил об этом в Центр, руководство разведки поручило ему лично проверить Китти на предмет надежности. Проверочные мероприятия в отношении Китти проводились впервые и показали, что она добросовестно сотрудничает с советской разведкой.
25 января 1945 года Василевский был отозван в Москву в связи с завершением служебной командировки. По трагическому совпадению в этот же день в авиакатастрофе погиб посол СССР в Мексике Уманский.
Поскольку Китти осталась единственным советским работником, поддерживавшим связь со «Штурманом», Центр предложил ей активизировать работу с источником. На первых порах Китти успешно справлялась с этим поручением, от нее поступала интересная информация. Однако «Штурман» не воспринимал ее всерьез: слишком разным был их политический вес. Такое положение вещей Китти со своим взрывным характером долго терпеть не могла и в середине 1945 года потребовала своего возвращения в Москву. Переписка по этому вопросу заняла много времени, так как отправлять Китти через США было признано нецелесообразным, а советские суда, на одном из которых она могла бы прибыть в СССР, в то время в Мексику заходили нечасто.
Трудные условия нелегальной работы сказались на здоровье Китти. В январе 1946 года она попала в мексиканскую клинику с сильным нервным расстройством. В апреле того же года она вновь легла в госпиталь, на этот раз в связи с болезнью сердца. Вопрос с отправкой Китти в СССР решился только 16 мая 1946 года, когда она взошла на борт советского теплохода «Гоголь».
12 июля Китти Харрис прибыла в Москву, где вместо наград ее ожидали новые испытания.
В советской столице ее тепло встретила Елизавета Зарубина, с которой они подружились еще в Германии. С Лизой, уже уволенной из разведки, и ее мужем Китти часто встречалась. Она ждала получения советского паспорта, поскольку советское гражданство было ей предоставлено еще в конце 1937 года. Однако 11 октября из ОВИРа пришел ответ, что никаких сведений на этот счет в архивах МВД не имеется. Такой ответ был бюрократической отпиской, поскольку в МВД какой-то малограмотный чиновник проверил по картотеке Китти по фамилии Харрис, в то время как в довоенный период ее фамилию было принято писать по-русски: «Гаррис». Это было большим ударом для Китти, и она вновь направляет ходатайство в Президиум Верховного Совета СССР с просьбой предоставить ей советское гражданство.
Пока длилась переписка по этому вопросу, новый министр госбезопасности Абакумов, у которого были непростые отношения с внешней разведкой, дал указание о высылке из Москвы всех нежелательных иностранцев. 18 февраля 1947 года Китти с советским паспортом, но на чужое имя, прибыла в Ригу. Здесь ей предоставили комнату в коммунальной квартире и устроили в один из институтов преподавателем английского языка. Положение ее было незавидным: бдительные местные чекисты рассматривали ее как подозрительную иностранку, а фашиствующие латышские националисты относились к ней как к убежденной советской патриотке.
16 мая 1947 года она получила выписку из протокола заседания Президиума Верховного Совета о принятии ее в советское гражданство. Но настоящего советского паспорта она в то время так и не получила. Положение Китти оставалось неважным, она чувствовала себя одинокой и никому не нужной. 7 апреля 1948 года Китти пишет письмо руководству внешней разведки: «Мне очень трудно, так как я не оставлена в покое ни дома, ни в институте и очень этим недовольна. Я не заслуживаю того, как обращаются со мной, все это подрывает мое здоровье. Я думаю, что кто-то допустил большую ошибку в отношении меня. Это все, что я хочу сказать. Хочу чувствовать себя членом партии».
Разведка, конечно, не забыла Китти. Несколько раз ее устраивали на работу, предоставляли путевки в санатории, но она рвалась к прежней оперативной работе. Однако направлять Китти на нелегальную работу руководство внешней разведки посчитало нецелесообразным по соображениям конспирации: слишком долго она находилась за рубежом и была расшифрована. Ее бывший муж Эрл Браудер в годы войны стал ренегатом, что тоже учитывалось в Москве. Кроме того, в связи с предательством Элизабет Бентли и развернувшейся в США «охотой на ведьм» ее пребывание за границей становилось небезопасным.
Измученная отсутствием привычной деятельности и одиночеством, Китти стала просить разрешения вернуться к своей семье. Однако это было расценено как желание обратиться в американское посольство за разрешением на въезд в США. Хотя Китти никогда такого намерения не высказывала и грозилась написать письмо в ЦК, руководство МГБ Латвии приняло решение изолировать ее как социально опасный элемент. 29 октября 1951 года она была арестована. Допросы Китти не выявили проведения , ею враждебных действий против СССР. Ввиду того, что в период следственных мероприятий Китти Харрис проявила признаки психического расстройства, 9 февраля 1952 года она была направлена на принудительное лечение в психиатрическую тюремную больницу МВД СССР в Горьком.
Освобождена она была только в январе 1954 года, ей предоставили хорошую квартиру в Горьком, а 17 марта вручили советский паспорт, разрешили переписку с сестрами, жившими в США. Она была устроена на работу, встречалась со старыми друзьями, в том числе с Елизаветой Зарубиной. Впоследствии Китти выплачивали солидную пенсию, привлекали к консультациям по английскому языку. Появились у нее и друзья среди местных жителей, один из которых был старым знакомым по Мексике по имени Оливер.