Меря была полностью ассимилирована славянами и утратила свой язык. Следы его сохранились в многочисленных топонимических и гидрографических названиях восточной части Волго-Окского междуречья, являвшегося основной племенной территорией мери (Vasmer М., 1935, s. 507–580). Истории и реконструкции языка мери посвящена работа О.Б. Ткаченко (Ткаченко О.Б., 1985). Этноним меря сохранился в названии города Галич Мерский, в «мерских станах», упоминавшихся в документах XVI–XVII вв. Под собирательным именем чудь потомки мери известны очень долго (например, Чудской конец в Ростове Великом).
В 1851 и 1852 гг. А.С. Уваров, а в 1853 и 1854 гг. П.С. Савельев и К.Н. Тихонравов раскопали 7729 курганов на территории Владимирской, Ярославской и частично Ивановской обл. Несовершенная методика работ, плохая документация затрудняют и делают подчас невозможным восстановление деталей погребального обряда раскопанных курганов, особенно погребений с трупосожжениями. Огромный вещевой материал в подавляющем большинстве своем оказался к настоящему времени депаспортизованным. Как писал А.А. Спицын, «грандиозные раскопки 1851–1854 гг. в Суздальской области будут долго оплакиваться наукой…» (Спицын А.А., 1905, с. 90). А.С. Уваров был уверен, что раскопал курганы мери, о чем свидетельствует и название его труда «Меряне и их быт по курганным раскопкам» (Уваров А.С., 1872). Он правильно отнес к мерянским такие женские украшения, как бронзовые подвески-коньки и треугольные шумящие подвески. Однако раскопанные А.С. Уваровым и его помощниками курганы X–XII вв. были оставлены, как позднее установлено, славянами, ассимилировавшими мерю.
Во время работ экспедиции А.С. Уварова обследован ряд городищ, причем к мерянским были, отнесены как городища дьяковской культуры, так и славянские. П.С. Савельевым в 1854 г. начаты раскопки Городца на р. Саре. Он пришел к выводу, что на этом поселении жили «меряне и норманны». Выделить специфические мерянские черты в материальной культуре городища не удалось.
Курганы продолжали привлекать к себе внимание археологов и во второй половине XIX в. Так, в 1863 г. К.Н. Тихонравовым раскопаны 172 кургана в районе современного г. Иванова. В 70-90-х годах XIX в. было вскрыто свыше 730 курганов в нескольких десятках могильников в Костромском Поволжье и окрестностях г. Иванова.
В 1883 и 1894 гг. в печати появились первые известия о грунтовых могильниках на территории мери, открытых при земляных работах. Они привлекли к себе внимание А.А. Спицына. В 1895 г. он произвел первые раскопки такого могильника напротив слободы Холуй на р. Тезе. Впоследствии Спицын отнес этот могильник к муроме (Спицын А.А., 1924, с. 11). Он обратил также внимание на погребение с трупосожжением у с. Подольское на Волге, ниже Костромы, в котором были найдены копье, топор-кельт и орудие, напоминающее лопаточку, и предположил, что там может быть мерянский могильник (Спицын А.А., 1924, с. 11).
В 1905 г. А.А. Спицын обратился к материалам владимирских курганов, раскопанных А.С. Уваровым. Полемизируя с последним, он отнес эти курганы к славянским, указав на славянские черты погребального обряда и инвентаря. «Чудскими» он признал только женские зооморфные украшения (Спицын А.А., 1905). Впоследствии он отнес к мерянским также треугольные подвески и перстни с привесками (Спицын А.А., 1924, с. 13). А.А. Спицын полагал, что меря ушла с места первоначального обитания, отступив перед русскими переселенцами, «задерживаясь на пути отступления лишь небольшими клочками» (Спицын А.А., 1905, с. 166).
После работ А.А. Спицына интерес к древностям мери упал и поиск ее археологических памятников по существу прекратился. В одной из работ А.А. Спицын писал (Спицын А.А., 1924), что меря остается совершенной загадкой. Поиск древностей ее исследователь рекомендовал вести среди поздних дьяковских городищ и грунтовых могильников.
Советские археологи начали исследование памятников мери с раскопок поселений. В 1924 и 1925 гг. Д.Н. Эдинг (Эдинг Д.Н., 1928), а в 1929 и 1930 гг. Д.А. Ушаков и Д.А. Крайнов вели раскопки Сарского городища и открытого рядом могильника.
В 30-х годах П.Н. Третьяков осуществил рекогносцировочные раскопки ряда позднедьяковских селищ V–VII вв. Верхнего Поволжья, а в 1934–1935 гг. полностью раскопал позднедьяковское городище у д. Березняки. Результаты этих работ имели большой научный резонанс (Третьяков П.Н., 1941а). Если реконструированная им картина экономической и социальной жизни небольшой родовой общины получила широкое признание, то вопрос об этнической принадлежности населения Березняковского городища вызвал острую дискуссию. П.Н. Третьяков полагал, что в середине I тысячелетия н. э. в Верхнем Поволжье в результате экономического развития и разрушения патриархального строя сложились два этнических массива: славянский (кривичи) — в верхнем течении Волги и мерянский — в районе озер Неро, Плещеево и костромского течения Волги (Третьяков П.Н., 1941а, с. 90, 91). Основой для двух этих различных этносов послужила одна и та же культура — дьяковская. Березняковское городище П.Н. Третьяков считал позднедьяковским, но славянским.
Е.И. Горюнова справедливо указала на ошибочность такой точки зрения, отразившей пороки теории стадиальности (Горюнова Е.И., 1956).
Отвечая Е.И. Горюновой, П.Н. Третьяков в 1957 г. писал, что Березняковское городище могло принадлежать славянскому местному населению или же было сооружено славянской общиной, далеко продвинувшейся на восток (Третьяков П.Н., 1957, с. 77). В рецензии на книгу Е.И. Горюновой «Этническая история Волго-Окского междуречья» он писал о смешанности населения Березняковского городища (в его составе были славяне — потомки племен зарубинецкой культуры и часть балтов (Третьяков П.Н., 1962, с. 261–263). Впоследствии он уже не настаивал на славянской принадлежности этого поселения, но писал о балтийском компоненте в составе его населения (Третьяков П.Н., 1966, с. 289, 290; 1970, с. 41, 123). Точку зрения П.Н. Третьякова поддержал А.П. Смирнов, который полагал, что в Березняках проживала группа славянских колонистов, проникших в среду волжских финнов. В отличие от П.Н. Третьякова он относил местное население к предкам мери (Смирнов А.П., 1958, с. 149).
Рассматривая другие памятники Ярославского Поволжья, П.Н. Третьяков правильно оценил значение Сарского городища как ремесленно-торгового поселения, «эмбриона будущего города». Он обратил внимание на мерянский характер его культуры (подвески-коньки и треугольные). П.Н. Третьяков отнес к мерянским рядовые могильники у с. Подольское и слободы Холуй, присоединив к ним могильник у с. Хотимль, открытый в 1926 г.
Большой вклад в изучение проблемы мери внесла Е.И. Горюнова (Горюнова Е.И., 1961). Она, рассмотрела этногенез этого племени на основе памятников дьяковской культуры, показав своеобразие культуры мери и отличие её от соседних племен мери и муромы. Рассмотрев основные направления славянского расселения на территории мери, она отнесла начало этого процесса к IX в. В 1955–1958 гг. Е.И. Горюнова раскопала полностью два мерянских поселка: Попадьинское (VI–VII вв.) в Ярославском Поволжье и Дурасовское (IX в.) в костромском течении Волги.
Курганные кладбища у сел Тимерево, Михайловское, Петровское близ Ярославля привлекали внимание археологов с 70-х годов XIX в. В 1938–1939 гг. Я.В. Станкевич провела здесь значительные раскопки и указала на присутствие финского (мерянского) элемента среди погребенных (Станкевич Я.В., 1941, с. 82, 83). В 1959–1961 гг. и 1974–1978 гг. большие раскопки курганов Ярославского Поволжья вела экспедиция Государственного Исторического музея. В 1963 г. вышел в свет коллективный труд «Ярославское Поволжье X–XI вв.» (Ярославское Поволжье, 1963), обобщивший итоги многолетних раскопок более 700 Курганов. Впервые на основе тщательного анализа деталей погребального обряда и инвентаря был выделен комплекс признаков, позволивший дать этническую атрибуцию каждого из поддающихся определению захоронений, в частности финских. Большим достоинством труда является также привлечение в качестве археологического источника остеологического материала. Большинство погребений получило не только этническую, но и половозрастную характеристику, что особенно ценно для курганов с трупосожжениями. Финские курганы исследователи отнесли к веси.
