Потрясённая, подавленная Елизавета Фёдоровна восприняла трагедию по-христиански. «Святой Кремль, с заметными следами этих печальных дней, — признавалась она графине А. А. Олсуфьевой, — был мне дороже, чем когда бы то ни было, и я почувствовала, до какой степени Православная Церковь является настоящей Церковью Господней. Я испытала такую глубокую жалость к России и к её детям, которые в настоящее время не знают, что творят. Разве это не больной ребёнок, которого мы любим во сто раз больше во время болезни, чем когда он весел и здоров? Хотелось бы понести его страдания, научить его терпению, помочь ему. Вот что я чувствую каждый день. Святая Россия не может погибнуть. Но Великой России, увы, больше нет». Все её упования возлагались теперь лишь на Божию милость, возможную с прозрением народа, с покаянием. Ведь не могут же люди без конца находиться в заблуждении, в страшном дурмане. Побывав на службе только что избранного патриарха Тихона, Великая княгиня смогла почувствовать какую-то призрачную надежду на исцеление страны, но как и откуда оно может прийти, оставалось неизвестным. «Пути Господни неисповедимы, — напишет Елизавета Фёдоровна сестре Виктории, — и, может быть, то, что мы не можем знать нашего будущего, — великая благодать. Страна наша распадается на кусочки, всё, что было приобретено за века, разрушается нашим народом, теми, кого я любила всем сердцем. Поистине, душа его больна, он ослеплён и не видит, куда мы все идём, и от этого болит сердце. Но я не испытываю горечи — можно ли критиковать или осуждать человека, находящегося в горячке, лунатика? Его можно лишь пожалеть и уповать на то, что найдутся добрые проводники, которые смогут удержать его от разрушения всего и убийства всех, кто попадётся ему под руку».

Великая княгиня почти не покидала обитель, запретив выходить за ворота и сёстрам. Поначалу большевики были к ним лояльны, считая учреждение больницей — выделяли скудный провиант (хлеб, вяленая рыба, овощи), перевязочный материал, лекарства первой необходимости. Всех сестёр и пациентов заставили заполнить анкеты, что оказалось вовсе не пустой формальностью. Через какое-то время нескольких больных увезли из обители в неизвестном направлении.

В марте 1918 года, подписав с немцами позорный сепаратный мир, правительство большевиков перебралось в Москву. Тяжёлые кремлёвские ворота закрылись перед горожанами, как перед неприятелем, надёжно укрыв за стенами новых хозяев жизни. Предательство не осталось без ответа, в стране ускорилось формирование сил, готовых с оружием в руках сопротивляться узурпаторам власти. Разгоралась гражданская война. Эта ситуация заставила посла Германии графа Вильгельма фон Мирбаха в апреле обратиться к Елизавете Фёдоровне с предложением о выезде в Европу. Она категорически отказалась. Со страной, объявившей войну её России и теперь оккупировавшей огромную часть бывшей империи, Великая княгиня не желала иметь никаких дел.

Приближался праздник «мирового пролетариата» — 1 мая. Москву поспешно приводили в порядок, пытаясь скрыть следы недавних боёв. Красной материей драпировалось всё, что только можно. Под кумачовое полотнище спрятали и образ святителя Николая на Никольской башне Кремля — изрешеченный пулями красногвардейцев, он привлекал повышенное внимание москвичей, собиравшихся перед ним на молебны. В предпраздничную ночь над кремлёвскими куполами взвилась ракета (латышские стрелки уже начали веселиться), а завеса на иконе разорвалась, так что утром израненный святой Николай, как и прежде, взирал на происходящее вокруг. В то же утро, собираясь на демонстрацию, вожди пролетарской революции во главе с В. И. Лениным дружно снесли крест-памятник, стоявший на месте гибели Великого князя Сергея Александровича: «Долой его с глаз на свалку!» Кстати 1 мая пришлось на Великую (Страстную) среду, день, когда вспоминается предательство Иуды. И глядя на недопустимое в такой момент веселье посреди алеющей от флагов и транспарантов Москвы, православные горожане называли праздник «Иудиной Пасхой»... Метко и многозначительно!

Светлое Христово воскресенье наступило 5 мая (22 апреля). В заполненном прихожанами и сёстрами Покровском храме Марфо-Мариинской обители Елизавета Фёдоровна в последний раз встречала пасхальную заутреню. В последний раз христосовалась, разговлялась. Несмотря на тяжёлые обстоятельства, она не забыла в те дни о письменных поздравлениях тем, до кого они ещё могли дойти. С верной подругой Александрой Олсуфьевой поделилась заодно своими размышлениями: «Дорогая Аликс, Христос Воскресе! Как часто мои мысли летят к Вам, и я вспоминаю мою милую графиню, сидящую в своей гостиной и окружённую воспоминаниями. Мы разговариваем за чашкой чая, и в наших воспоминаниях проносятся года, — года светлые, года грустные и года, когда временами чувствовали руку Господню, могущественную, напоминающую нам о раскаянии, как в настоящее время. Как я грущу, что не могу быть с Вами. “Великие” (так перевела она слово «большевики». — Д. Г.) живут в Ваших апартаментах, и Всевышний по Своей милости пощадил Вас, не дав Вам видеть, как ушло от Вас то, что было на этой земле Вашим любимым гнездом.

Если мы глубоко вникнем в жизнь каждого человека, то увидим, что она полна чудес. Вы скажете, что жизнь полна ужаса и смерти! Да, это так! Но мы ясно не видим, почему кровь этих жертв должна литься. Там, на небесах они понимают всё, и, конечно, обрели покой и настоящую родину — небесное отечество. Мы же на этой земле должны устремить свои мысли к Небесному Царствию, чтобы просвещёнными глазами могли видеть всё и сказать с покорностью “Да будет воля Твоя”... Я не экзальтированная, мой друг. Я только уверена, что Господь, который наказывает, есть тот же Господь, который и любит... Подумайте о грозе! Какие величественные и страшные впечатления. Некоторые боятся; другие прячутся; некоторые гибнут, а иные же видят в этом величие Бога. Не похоже ли это на картину настоящего времени?

Мы работаем, молимся, надеемся, и каждый день чувствуем милость Божию. Каждый день мы испытываем постоянное чудо. И другие начинают это чувствовать и приходят в нашу церковь, чтобы отдохнуть душой. Молитесь за нас, моя дорогая».

На третий день Пасхи, 7 мая (24 апреля старого стиля), когда отмечался праздник Иверской иконы Божией Матери, в обитель приехал патриарх Тихон. Отслужил молебен, побеседовал с настоятельницей и сёстрами. А примерно через полчаса после его отъезда в ворота обители позвонили. На всю жизнь сёстры запомнят этот звонок — громкий, долгий, настойчивый. В сопровождении латышских стрелков появились чекисты, сразу предъявившие мандат на арест Великой княгини. Распоряжение исходило от председателя ВЧК Ф. Э. Дзержинского.

Поднялась паника. Со всех сторон сёстры бежали к больничной церкви, плакали, крестились. Елизавета Фёдоровна стояла в Марфо-Мариинском храме, бледная, но спокойная. «Не плачьте, не плачьте, — говорила она, — на том свете увидимся». Ей дали тридцать минут на сборы, в течение которых она ещё успела поблагодарить сестёр и отца Митрофана. Всех благословила. Было около шести часов вечера, когда Великую княгиню вывели из ворот обители.

Вместе с ней вызвались ехать две крестовые сёстры, Екатерина Петровна Янышева и Варвара Алексеевна Яковлева. Екатерина приходилась невесткой (вдовой сына) протопресвитеру Иоанну Янышеву, когда-то наставлявшему Елизавету Фёдоровну в православии и совершившему обряд её перехода в Русскую церковь. Варвара происходила из мещанской семьи Тверской губернии, в тридцатилетием возрасте поступила в обитель одной из первых и вместе с Екатериной выполняла обязанности келейницы (служанки) Великой княгини. Чекисты не возражали. Трёх женщин посадили в машину и под охраной повезли навстречу последним испытаниям судьбы.

Поезд шёл медленно. Тянулись бесконечные вёрсты, сменялись станции и полустанки, менялись часовые у дверей. В вагоне не хватало элементарного, включая стаканы и чайник, которые пришлось добывать самостоятельно. Больше всего Великую княгиню угнетала невозможность питаться, как давно привыкла, по-вегетариански, отчего приходилось полуголодать. Она держалась. Читала Святое Писание и книгу святителя Иоанна Тобольского, черпая в них силу и находя ответы на то, что волновало.