Некоторые из окружающих становились очевидцами тяжёлых эпизодов. Будущий жандармский генерал, а в то время курский вице-губернатор П. Г. Курлов писал, вспоминая о своём участии в траурных мероприятиях в качестве бывшего секретаря Великой княгини по делам Красного Креста: «Я никогда не забуду той ужасной по своей простоте минуты, когда в 3 часа ночи накануне погребения, во время одного из моих дежурств при гробе, в церковь из соседней комнаты вошла Великая княгиня. Она двигалась автоматической походкой, видимо, не вполне сознавая свои действия. Медленно подошла она к усопшему и, приподняв покров, стала что-то поправлять в гробу, где лежало изуродованное тело. Мы, дежурные, замерли, боясь шевельнуться. Быстрыми шагами к Великой княгине приблизился состоявший при ней гофмейстер Н. А. Жедринский и увёл её во внутренние покои».

Днём или ночью Великая княгиня приходила в церковь и клала в гроб какие-нибудь вещи — то, что было при муже в момент смерти (кольца, образки, ладанки), икону праведной кончины преподобного Серафима, Георгиевский орден, медальон со своим детским портретом, клочья мундира и аксельбантов Сергея, бережно завёрнутые в ткань, сохранённую с их свадьбы. К ним же поместила полученный в день миропомазания золотой медальон с надписью «Не бойся, только веруй» — заветом, которому всегда будет верна. Наконец, она положила к супругу своё обручальное кольцо. В знак вечной преданности, в знак безмерной любви, не разрушимой ничем! В знак неизменного единства и постоянного присутствия рядом, даже по другую сторону жизни!

Погребение состоялось 10 февраля. Кремль был закрыт, но множество простых людей, желающих проститься с Великим князем, собралось на Красной площади, молясь об упокоении его души. «Невыразимо тяжело, — писали в тот день «Московские ведомости», — расставаться с тобою нам, москвичам, свидетелям счастливых дней твоего детства и зрелого возраста, когда ты вступил на самоотверженное служение Царю и Родине и так сроднился с твоею Москвой... Ты был верен до самой смерти своему долгу и запечатлел своею кровью верность твою святым исконным заветам Земли Русской, оставив нам высокий пример непоколебимой веры в Бога, преданности святой Церкви и Престолу и служения ближним, не жалея себя... Вечная память тебе на Святой Руси, наш дорогой, горячо любимый Великий князь! Не забывай нас в твоих чистых молитвах перед Престолом Всевышнего, да ниспошлёт Господь мир и тишину Земле нашей, о которой ты столько болел душою и печалился, живя между нами».

Родственники Сергея Александровича, сослуживцы и официальные лица с утра собрались в Алексеевском храме Чудова монастыря. Адъютанты и офицеры стояли в почётном карауле — навытяжку и с обнажёнными палашами. Службу совершал митрополит Московский и Коломенский Владимир в сослужении двух епископов и многочисленного духовенства. «Литургия началась в 10:30, — записал Великий князь Константин. — Церковь была полна народа, еле можно было двигаться, и митрополиту было трудно проходить с кадилом. В церкви стояла жара и духота. Павел уже в самом начале обедни сел на стул; вскоре маленькой Марии стало дурно, и он её вывел и вернулся только к отпеванию. Чем дальше, тем становилось жарче, дышать было нечем. Элла несколько раз садилась и должна была снять закрывавшую ей лицо креповую вуаль. Синодальные певчие превзошли себя — их пение было бесподобно. Как чудесно гудел большой колокол Ивана Великого... Раздирающие минуты последнего целования не стану описывать. Мы вынесли гроб через западную дверь в Алексеевскую церковь и из сеней повернули направо в небольшую Андреевскую церковь, где наглухо запаянный гроб останется, пока не будет решено, где хоронить...»

Тот монастырский храм Елизавета Фёдоровна будет часто посещать в течение года, пока сооружалась усыпальница Великого князя. «Так много страждущих сердец его друзей тоже обрели силу, молясь здесь, — напишет она вдовствующей императрице. — Рано утром и поздно вечером, кроме дневных молитв, я прихожу сюда и после этого живу с новыми силами». В следующем письме она выскажется полнее и душевнее: «Господь в Своём великом милосердии даровал мне безграничное утешение жить близ маленькой церковки, где такая атмосфера мира и покоя... Там я начинаю и заканчиваю свой день, и, кажется, нерушимый покой осеняет меня в дневные часы, словно я прихожу из другого мира выполнить свой долг, утешить других, и это не я живу, а кто-то другой, тогда как моя душа почиет на небесах подле той чистой и честной души, что руководила мной, помогала во всём и без которой меня больше нет. Я даже не могу плакать, я не здесь, а там наверху. Конечно, жизнь идёт, со своими нуждами, скорбями, тревогами, и надо работать... Только бы мне жить по правде, так, как желал бы мой Серж. Я бы хотела когда-нибудь стать достойной того, что была его женой».

Едва закончилось прощание москвичей с Великим князем, как за стенами Кремля вновь начал проявляться охвативший общество недуг. Умолкли печальные песнопения, завершились устроенные на средства Елизаветы Фёдоровны поминальные обеды для неимущих, прошла растерянность первых дней, и на авансцене московской жизни опять закружилась дикая пляска. Забыв об элементарной порядочности, некоторые обыватели охотно взялись муссировать сплетни и кривотолки, возникшие вокруг трагедии. Разношёрстные молодые нигилисты шли ещё дальше — с радостью и даже зубоскальством они одобряли в своих кругах действия террористов и выражали надежду на скорое крушение порядка.

Однако те, кого не покинул здравый рассудок, искренне скорбели, прекрасно понимая значение и тяжесть утраты. Давая оценку произошедшему, автор брошюры «За что его убили?», изданной в те месяцы, писал о причинах злодеяния: «Лишить Россию не только в настоящее время, но и на будущий период её возрождения сильных и убеждённых защитников — вот гнусная цель наших подпольных и “легальных” революционеров. Вот почему они с ожесточённой злобой накинулись на Великого князя Сергея Александровича, чуя в нём человека, не только бывшего, но и будущего времени». Ближайшие события показали всю правоту этих слов.

В конце весны активизировались московские земцы, готовившие съезд либералов и агитировавшие за конституцию. Вновь напомнил о себе и не собиравшийся исчезать террор. На Пасху Елизавета Фёдоровна вместе с племянниками уехала в Царское Село, где узнала, что полиция успела обезвредить двух боевиков, планировавших под видом церковных певчих (!) проникнуть в храм и во время праздничного богослужения (!) взорвать всю семью императора. В Москве 28 июня эсер П. Куликовский (из недавнего отряда Савинкова) пришёл на приём к градоначальнику и произвёл в него несколько выстрелов. От полученных ранений глава полиции, граф П. П. Шувалов (в своё время управляющий Двором Сергея Александровича), скончался на месте. «Увы, все мы несём такие скорби, — напишет через неделю в Петербург Елизавета Фёдоровна, — и знать, что мой дорогой, наконец, близ Бога, вдали от всех страданий, даёт силы терпеть».

О душе любимого она молилась неустанно. Помимо храмов посещала место его гибели, где за оградой стоял белый крест. Её спальня в Николаевском дворце стала напоминать монашескую келью — белые стены, иконы, горящие лампады, а в углу деревянное распятие, в котором находились обрывки одежды, бывшей на Сергее Александровиче в тот страшный день. «Теперь по вечерам, — признавалась Великая княгиня императрице Марии Фёдоровне, — перед тем, как лечь спать, я говорю “спокойной ночи”, молюсь и засыпаю с миром в сердце и душе». Дорогой супруг постоянно, хоть и незримо оставался рядом, продолжая поддерживать и укреплять. Бросив вызов безжалостной смерти, Елизавета Фёдоровна отныне жила и трудилась за двоих — за себя и за Сергея.

Лето она провела в Ильинском, создав там госпиталь для раненых, а осенью вернулась в Москву. Комитет Великой княгини по оказанию помощи семьям лиц, призванных на войну, начал готовить благотворительную выставку картин под девизом «Помощь семьям богатырей». Продолжалась забота и о самих героях. Арендовав дом вблизи Кремля, Елизавета Фёдоровна устроила в нём ещё один госпиталь, который стала часто посещать и в котором, из-за общей нехватки медперсонала, иногда ассистировала врачам. А ситуация в городе становилась всё напряжённее, и работать в таких условиях было всё труднее. Ещё летом на одном из докладов московских властей Николай II начертал резолюцию: «Где мои верноподданные слуги?» После гибели Сергея Александровича в Первопрестольную назначался то один, то другой генерал-губернатор, но остановить нараставшую крамолу не удавалось. В начале октября по призыву революционных партий Москву охватила политическая стачка. В считанные дни, начавшись на транспорте, она парализовала весь город — остановились фабрики, заводы, электростанции, был отключён водопровод, не работали почта и телеграф, закрылись магазины. Царский Манифест 17 октября о политических свободах и о созыве парламента не остудил горячие головы — напротив, почуяв запах победы, экстремисты бросили клич о свержении строя, и защититься от них казалось невозможным. «В Москве полная анархия власти», — докладывал царю глава правительства С. Ю. Витте.