Жить ей пришлось в этой обители недолго. На следующий день ворота монастыря сотряс громкий стук. Пришел мессир Мональдо — дядя Клары — в сопровождении группы вооруженных рыцарей. Настоятельница не смогла препятствовать ему, и разъяренные мужчины ворвались в обитель. Дядя был настроен вытащить ослушницу из монастыря силой, но Клара бросилась к алтарю часовни и обнажила выстриженную голову. А по булле папы Иннокентия от 1198 года все монахини этого монастыря имели статус неприкосновенности. Поэтому Мональдо пришлось оставить насилие и прибегнуть к увещеваниям, запугиваниям и проклятиям. Он пробыл в монастыре несколько дней и, не уговорив племянницу, ушел восвояси.

Клару оставили в покое, но скандал пришелся не по душе настоятельнице, и Франциску пришлось перевести свою подопечную в другой монастырь под названием Сант-Анджело-де-Панцо. Скорее его даже можно назвать общиной: женщины, жившие там, не имели устава, просто жили в одном доме, посвящая жизнь молитве и делам милосердия. Франциск знал о них практически с детства, поскольку его отец владел частью земли, на которой стоял их дом. В этой обители Клара тоже не прижилась. Она сильно выделялась своим аскетизмом: постилась, когда все ели, молилась, пока другие спали, за это ее невзлюбили. Кроме того, ее пребывание несло опасность для других женщин, ведь статус неприкосновенности не распространялся на эту общину, а вооруженные люди из дома Оффредуччо временами появлялись у ворот дома, пытаясь подкараулить беглянку. Тогда наш герой оборудовал для нее жилище в месте, где впервые услышал голос Господа, — у церкви во имя Святого Дамиана. Стоило ей поселиться там, как к ней присоединилась ее младшая сестра Катарина. Тут родственники пришли в бешенство. Прискакал целый вооруженный отряд. Девочку выволокли на улицу и жестоко избили. Она кричала и тянула руки к старшей сестре, но товарищи дяди схватили ее и понесли домой. Что произошло дальше, не очень понятно, но забрать Катарину они так и не смогли. По словам дяди, она вдруг стала тяжелеть на глазах. «Можно подумать, что она всю ночь ела свинец» — так высказался мессир Мональдо. Впоследствии у него будто бы отнялась рука, которой он дал племяннице пощечину.

Насмерть перепуганные, мужчины из рода Оффредуччо ретировались вместе с группой поддержки и больше никогда не пытались воздействовать ни на Клару, ни на ее сестру, которая вскоре приняла монашеский постриг под именем Агнес. Через некоторое время к ним присоединились их третья сестра — Беатриче и Пачифика ди Гвельфуччо; потом лучшие подруги Клары — Бона и Кристиана, а за ними — и овдовевшая мадонна Ортолана. Она занялась монастырским огородом. Любопытно, но в честь этого бесхитростного занятия ей когда-то и дали имя. Orto по-итальянски значит «огородный». Впоследствии некоторые писатели, поэтизируя биографию святой Клары, играли образом заботливой огородницы-матери, вырастившей дивный цветок — дочь.

В 1215 году по воле Франциска Клара стала официальной настоятельницей созданного ею монастыря. Этот высокий пост она занимала 38 лет до самой смерти, произошедшей в 1253 году.

Как же развивались отношения Клары и Франциска дальше, после 1215 года? Наши герои встречались, хотя и нечасто, Франциск даже временами советовался со своей сподвижницей по разным вопросам. И в то же время опасался ее и старался по возможности избегать общения. Дело тут не в самой Кларе, а в отношении святого из Ассизи ко всем женщинам. Он, не побоявшийся кровожадного волка, приручивший огонь и назвавший сестрой саму смерть, все время ждал подвоха от прекрасного пола. Разговаривая с дамами, он никогда не смотрел на них, опуская глаза в землю. Строго следил за соблюдением дистанции, не позволяя даже тени фамильярности по отношению к женщинам и требуя такого же такта от них. Известна его фраза, сказанная одному из братьев и процитированная во «Втором житии» Фомы Челанского: «Открою тебе правду, дорогой мой: если бы я посмотрел на их лица, то узнал бы лишь двух. Мне знакомы лица одной и другой, остальных же — нет». Речь шла о Кларе, второй была римлянка Джакомина деи Сеттесоли, много помогавшая ордену и лично Франциску. Интересно, что обеих он бессознательно пытался отделить от принадлежности к женскому полу. Джакомина даже удостоилась обращения «брат Якопа». Клару он в мужском роде не называл, но и свое имя от него она никогда не слышала. По воспоминаниям первых францисканцев, говоря о ней, он всегда употреблял безличное определение «христианка» и никогда не произносил «мадонна Клара» или даже просто «дама».

Порциункула и Сан-Дамиано расположены довольно близко друг к другу. По договоренности Франциск время от времени читал там проповедь. Но довольно часто он пренебрегал этой неписаной обязанностью, к огромному огорчению сестер и особенно настоятельницы. Для них каждый его визит становился праздником, ведь они подпитывались его харизмой и после встречи с ним несли свой тяжкий крест с новыми силами.

Считалось, будто Франциск отменял встречи с Нищими дамами с целью подать хороший пример своим братьям, которым предписывалось по возможности не общаться с женщинами. Но думается, ему просто были тяжелы эти визиты, хотя он всегда интересовался судьбой своей святой подруги и переживал за нее. Иногда он приходил, но беседы не получалось. Описан один случай, произошедший примерно в 1221 году, когда должность генерального викария ордена занимал брат Илья. Тогда Франциска особенно долго уговаривали посетить монастырь Святого Дамиана. Наконец он согласился. Сестры во главе с Кларой радостно собрались в часовне, чтобы послушать наставления духовного учителя. Наш герой встал перед ними, но вместо проповеди прочитал покаянный 51-й псалом. После чего посыпал голову заранее заготовленным пеплом и молча ушел. Подобные разочарования постигали Клару не однажды. Есть даже красивая легенда на эту тему. Как-то, уже в последние годы жизни, Франциск навестил свою святую подругу. По обыкновению, пробыв в обители Нищих дам совсем немного, он засобирался в путь. Клара спросила, когда можно снова ждать визита, но он молчал, потому что был уже тяжело болен и не знал, соберется ли еще в Сан-Дамиано. Она увидела его сомнения и спросила: «А кто же будет наставлять нас?» «Господь тебя наставит», — ответил Франциск, но его сподвижница не могла успокоиться и все спрашивала о новой встрече. Тогда Франциск, желая отвязаться от нее, произнес: «Мы увидимся снова, когда расцветут розы». Сказав, он пошел прочь, но услышал оклик и оглянулся. Клара стояла и улыбалась, а рядом с ней в мокром снегу цвел розовый куст. Другая подобная легенда из «Цветочков» более известна и говорит уже не только об отношениях Франциска и Клары, но и о их особой духовной сущности.