Превосходя нападавших общим числом, бухарцы сильно проигрывали русским солдатам в слаженности и сплоченности. Оружейный огонь и последовавшая за тем штыковая схватка, обратили воинов эмира в паническое бегство, оставив подполковнику Романовскому в качестве трофея пушки, вьюченных животных и знамена.

Когда малик явился в Бухару с дурными вестями о падении Ура-Тюбе, эмир не долго раздумывал, что ему делать с неудачником. Одно универсальное движение правой брови на заплывшем от жира лице правителя и злосчастный малик уже никогда никому не смог рассказать всю правду о тайном указе своего коварного владыки.

Избавившись от ненужного и опасного свидетеля, эмир решил не торопить события и не предпринимать никаких действий в отношении русского отряда, которому явно ворожит сам шайтан. Владыка Бухары был истинным сыном востока и тонко чувствовал запах опасности для своей власти.

Когда главные силы генерала Перовского подошли к воротам Коканда, то их взору предстала большая крепость, достойная носить звание ханской столицы. Конечно, за многие десятилетия боевая крепость Коканд заметно утратила свое прежнее значение, по желаниям своих правителей постепенно обрастая красивыми и ажурными дворцами и покоями, однако свой главный остов, высокие стены и крепкие ворота, она еще сохранила.

Каменные стены, окружавшие ханскую столицу, шли непрерывными тремя рядами, и при этом каждая следующая стена была выше предыдущей. Взять такое укрепление простым штурмом было практически невозможно и потому, правитель Коканда хан Наср-Эддин отверг предложение Перовского о сдаче города.

Имея в своем распоряжении одиннадцать тысяч человек отборной пехоты, огромный запас провианта, хан решил отсидеться за крепкими стенами Коканда в надежде на скорые перемены. Иронически поглядывая из высокой башни своего дворца на русский стан, Наср-Эддин твердо верил, что не сегодня так завтра в тыл проклятым пришельцам ударит бухарский эмир, соблазненный богатыми дарами и щедрыми посулами. Кроме этого, хан очень надеялся на своего двоюродного брата, которого он отправил в Маргилан за сбором нового войска. Одним словом, чем дольше враг простоит под стенами Коканда, тем меньше у него будет шансов унести отсюда ноги. По воле всевышнего нечестивые гяуры пришли сюда, по его же воле они найдут свой конец, и огромная гора из отрубленных вражеских голов вырастет у стен ханской столицы в назидание иным пришельцам.

Генерал Перовский так же хорошо понимал, как опасно для его воинов стояние под Кокандом. Вот потому он и решился вновь применить метод массированной бомбардировки, уже опробованной на стенах Ходжента.  

Здесь и пригодился весь тот трофейный порох, который с таким упорством русские артиллеристы везли с собой всё это время. Теперь все должно было быть пущено в дело для достижения главной цели этого похода взятия Коканда.

Перовский лично проводил рекогносцировку возле стен ханской столицы и выбирал места для установления батарей. Все приготовления к штурму велись с максимально возможной быстротой и 16 сентября кокандцы были разбужены гулкой канонадой русских осадных батарей.

Выставив впереди себя пехотное прикрытие на случай внезапной вылазки неприятеля, артиллеристы подполковника Лерхе стали методично обстреливать вражеские укрепления, намереваясь их полностью разрушить и открыть доступ внутрь крепости своим штурмовым колоннам.

Противостояние русских бомб и кокандских стен, закончилось в пользу первых уже через полтора часа непрерывной бомбардировки. Расположившись чуть в стороне от артиллерийских позиций, генерал Перовский отчетливо видел в подзорную трубу многочисленные разрушения наружных стен Коканда. Сбитые каменные зубцы, огромные трещины и многочисленные обрушения фрагментов стенной кладки, наглядно свидетельствовали в правильности шага предпринятого Василием Алексеевичем.

Кокандцы так же смекнули, чем грозит им вражеский обстрел и в течение дня, дважды совершали вылазки, пытаясь заставить замолчать русские батареи, однако всякий раз неудачно. Русские пехотинцы были готовы к отражению нападения и всякий раз, когда ханские воины с громкими криками бросались в атаку, их встречал густой ружейный огонь и залпы картечи из картечниц, заблаговременно приготовленных к бою.

Действия пехотинцев и канониров были столь слаженны и четки, что мало кто из атакующих успевал добежать до русских позиций, а тех, кого миновали пули и картечь пехотинцы дружно принимали в штыки и, приподняв высоко вверх отчаянно извивающегося от боли человека, бросали на землю и добивали. Все это делалось для устрашения стоявших на стенах кокандцев и уже во время второй вылазки, противника желающих испробовать русской стали, было куда меньше, чем в первый раз.

К первому вечеру бомбардировки, стены ханской столицы были похожи на швейцарский сыр, столь много было на них всевозможных повреждений и разрушений. Обрадованные столь удачными результатами стрельбы некоторые командиры предлагали Перовскому уже следующим утром атаковать врага, но генерал ответил отказом.

- Еще не все разрушено из того, что следовало разрушить. Да и наш противник уже научился воевать против нас, -  произнес Перовский и предложил недоумевающим офицерам рано утром прийти на позиции осадных батарей. Когда это было исполнено, и начался обстрел вражеских укреплений, со стен Коканда ударили мощные оружейные залпы. Они длились около часа, а затем стали стихать, чтобы затем превратиться в вялую перестрелку и благополучно затихнуть к десяти часам утра.  

- Враг хорошо изучил нашу привычку атаковать рано утром и ждет нас - любезно пояснил генерал находившимся в недоумении офицерам - атаковать Коканд утром, это для нас подобно смертоубийству, господа. Я нисколько не сомневаюсь, что мои славные орлы возьмут мне на штык этот город, однако я очень дорожу ими, ибо каждый из них сейчас для меня на вес золота. Помните, мало одержать победу над Кокандом, надо еще удержать её, а это подчас бывает куда труднее.

Получив столь наглядный пример, офицеры больше не смели тревожить Василия Алексеевича своими предложениями и смиренно разошлись по своим местам.

В это день русские пушкари все слаженнее и слаженнее проводили обстрел своих целей, что уже к обеду в двух местах произошел обвал больших участков наружной стены, при этом погибло много воинов стоявших в это время в карауле. Кокандцы в ответ провели большими силами  вылазку, но застать русских врасплох они не смогли, и были отбиты с существенными потерями.

Ободренные успехом, артиллеристы подполковника Лерхе с удвоенной энергией принялись обстреливать вторые стены и к концу второго дня они так же имели многочисленные разрушения. Перовский остался очень доволен достигнутым результатом.

- Господа, завтра атакуем, - объявил он на военном совете. - Но начнем штурм не утром как обычно, а в обед, когда враг нас не будет ждать.

- Но может стоит дождаться полного разрушения стен и тогда идти на штурм? - спросил полковник Григорьев.

- Нет, Иван Никифорович. Точно так же рассуждают и кокандцы, и они будут готовы к отражению нашей атаки. Я надеюсь, что завтра к обеду наши молодцы канониры довершат свою работу и вот тогда мы внезапно и ударим.

- А если артиллеристы не успеют сделать проломы, что тогда?

- Владимир Карлович, - обратился Перовский к Лерхе, - передайте своим орлам, что я очень надеюсь на них.  

На следующий день, все произошло так, как и планировал Перовский. Начало обстрела крепости кокандцы встретили густым оружейным огнем, который постепенно сошел на нет. Убедившись, что и в это утро русские не собираются атаковать, кокандцы отвели своих солдат со стен, оставив только часовых.

Артиллеристы не подвели своего генерала и уже к полудню, они пробили несколько проломов в глинобитных стенах, попутно согнав с них большинство часовых. Видя, как много погибло воинов при вчерашнем обрушении, кокандцы беспечно оставили свои посты, спасая свои жизни.

Штурм начался ровно в два часа, когда пушки стихли и по звонкому свистку фельдфебелей, две солдатские колонны бросились в атаку. Действия русских были столь стремительными и неожиданными, что кокандцы заметили врагов только когда, они уже приблизились к развалинам наружных стен. Быстро преодолев их, русские отряды сразу приступили к штурму второй линии крепостных стен, преодолевая их либо с помощью лестниц, либо проникая внутрь через широкие проломы и пробоины.