Тем временем экономическая ситуация на Украине стала стремительно ухудшаться и уже осенью 2008-го года обозначились первые признаки системного экономического кризиса, который поразил всю мировую экономику, особенно самые развитые страны Азии, Европы и США. Хотя еще в октябре 2008-го года В.А. Ющенко, назвав себя «очень грамотным экономистом», убеждал граждан своей страны, что «мировой финансовый кризис не зацепит Украину». Между тем по данным большинства социологических служб рейтинг президента составлял всего 3,5–4 %. Поэтому в середине декабря 2008-го года премьер-министр Ю.В. Тимошенко призвала его немедленно подать в отставку. Именно на этом фоне проходила новая «газовая война» между Украиной и Россией, которая приняла крайне затяжной и опасный характер.

В связи с этим обстоятельством уже в середине января 2009-го года лидеры двух парламентских фракций В.Ф. Янукович и П.Н. Симоненко выступили с требованием импичмента президенту. А буквально на следующий день премьер Ю.В. Тимошенко заявила, что российско-украинские переговоры по поставке газа сорваны по вине президента В.А. Ющенко. Более того, она частично раскрыла схему откатов в «РосУкрэнерго», который возглавлял Д.В. Фирташ, а «крышевали» не только депутаты-миллионеры Б.А. Бойко и С.В. Левочкин, но и сам президент В.А. Ющенко.

В конце января 2009-го года Верховная Рада приняла специальное постановление, в котором прямо говорилось: «Признать, что президент своим бездействием в ситуации, сложившейся в финансово-кредитной сфере, взял на себя личную ответственность за резкое обесценивание денежной единицы Украины, многочисленные спекуляции на валютном и ипотечном рынках, невыполнение коммерческими банками своих обязательств перед вкладчиками, существенные злоупотребления в процессе рефинансирования коммерческих банков, полное отсутствие контроля НБУ за коммерческими банками».

На фоне фактического краха украинской экономики и катастрофического падения рейтинга самого В.А. Ющенко, которому не доверяли почти 88 % респондентов, Верховная Рада Украины назначила новые президентские выборы на 25-ое октября 2009-го года. Однако В.А. Ющенко сумел оспорить это решение через Конституционный Суд, и новые президентские выборы были назначены на 17-ое января 2010-го года.

29-го октября 2009-го года В.А. Ющенко был зарегистрирован кандидатом в президенты Украины. Его кандидатуру официально выдвинула партия «Наша Украина». С ним к участию в президентских выборах ЦИК Украины допустил 18 кандидатов, из которых более половины были лидерами различных политических партий от самой левой КПУ во главе с П.Н. Симоненко до самой «правой» националистической «Свободы», лидером которой был О.Я. Тягнибок. Однако всем было очевидно, что основная борьба развернется между двумя самыми непримиримыми противниками — лидером «Партии регионов» В.Ф. Януковичем и премьер-министром страны, лидером движения «Батькившина» Ю.В. Тимошенко. Новая президентская гонка, как и предыдущая кампания, изобиловала многочисленными скандалами, сливом разнообразного компромата, манипуляцией общественного мнения, которые щедро спонсировались иностранными фондами и «гуманитарными грантами». Все социологические службы изначально прогнозировали очень жестокую риторику со стороны парламентской оппозиции, поскольку лидер регионов существенно опережал свою конкурентку, и уже на исходе первого тура голосования значительно вырвался вперед. По официальным данным ЦИК первый тур президентских выборов, состоявшийся 17-го января 2010-го года, закончился с такими результатами: за В.Ф. Януковича проголосовало почти 8, 68 миллионов (35,3 %) избирателей, а за Ю.В. Тимошенко только 6, 16 миллионов (25, 1 %) человек. Причем совершенно неожиданно третье место в президентской гонке занял лидер «Трудовой партии» миллиардер С.Л. Тигибко, который получил более 3,2 миллиона (13,1 %) голосов. Действующий президент В.А. Ющенко, как и ожидалось, получил всего чуть более 1,3 миллиона (5,5 %) голосов и с треском вылетел из второго тура.

После официального подведения итогов первого тура выборов ЦИК Украины назначил второй тур голосования на 7-ое февраля 2010-го года. По итогам этого тура победу в президентской гонке одержал В.Ф. Янукович, за которого проголосовали почти 12,5 миллионов (48,95 %) избирателей, в то время как за Ю.В. Тимошенко отдали свои голоса только около 11,6 миллионов (45,15 %) избирателей. При этом, как всегда, за лидера «Партии регионов» в основном голосовали Крым и восточные области Украины, а за лидера «Батькивщина» — центральная и западная Украина. Естественно, Ю.В. Тимошенко, для которой проигрыш в президентской гонке грозил смертельной опасностью, подала исковое заявление в Высший Административный суд об обжаловании результатов этих выборов, однако он оставил этот иск без рассмотрения.

После ухода с поста Президента Украины В. Ющенко заявил о намерении продолжить заниматься политикой, несмотря на то, что она, по его заверениям, вызывает у него исключительно отрицательные эмоции. В частности, по итогам выборов в местные органы власти, которые прошли на Украине осенью 2010-го года, он провел ревизию в собственной партии.

Бывший президент создал общественную организацию под названием «Институт президента Виктора Ющенко «Стратегические инициативы», кроме того, занимался проектами «Мистецкий арсенал» и «Больница будущего» для финансирования последнего из которых обращался к действующему президенту Виктору Януковичу за материальной поддержкой.

В январе 2011-го года критиковал решение украинских судов, отменивших его указ о присвоении Бандере звания героя Украины, заявив, что власть это сделала «в угоду Кремлю и Москве», а также охарактеризовал данное событие как «вызов всем украинцам» и» угрозу украинской государственности».

Во второй половине 2011-го года после ареста и заключения бывшего премьера Юлии Тимошенко, которая рассматривается международным сообществом, как политическая расправа над оппозиционным политиком со стороны режима президента Януковича, фактически стал на сторону власти, поддержав в интервью Би-би-си 11-го октября 2011-го года, в день оглашения приговора Юлии Тимошенко, все обвинения против своей бывшей соратницы.

После прихода к власти Януковича (февраль 2010-ый год) практически все ближайшее окружение Ющенко получило значительные посты в правительстве Януковича-Азарова, в частности, посты министров получили В. Балога (глава секретариата президента Ющенко, про которого Ющенко сказал в марте 2008-го года: «Балога — это я»), и Петр Порошенко (глава СНБО Украины в 2005-ом году, которому Ющенко прочил пост премьер-министра), посты руководителей ведомств получили Евгений Червоненко, Владислав Коскив (руководителей национального уполномоченного по инвестициям), Юрий Павленко, Марина Ставинийчук (заместитель администрации президента Януковича), Роман Бессмертный (посол в Белоруссии).

Иван Балога (брат Виктора Балоги) получил пост губернатора Закарпатской области. В этот период по «соратникам Тимошенко» и по министрам ее правительства были заведены десятки уголовных дел. Памятным является заявление Ю. Луценко, который (уже находясь за решеткой) сказал в день рождения Ющенко (23-го февраля 2019-го года): «Ющенко продал Украину, а нас пустил на фарш Януковичу». В итоге авторитет Ющенко среди соратников и избирателей резко упал.

За Ющенко осталась государственная дача, обслуживание которой стоило гражданам 30 миллионов гривен в год. Это закреплено было постановлением Верховной Рады Украины № 2033-XII от 4-го января 1992-го года «Об обеспечении, обслуживании и охране президента Украины».

Однако В. Ющенко съехал с госдачи в собственный дом 1-го сентября 2011-го года. Однако госдачу в Конча-Заспе оставил за семьей. Затем он приобрел себе небольшой особняк, который прекрасно подходит для большой семьи и полноценного роста детей.