Днем 8-го сентября 2005-го года президент В. Ющенко подписал указ об отставке Кабинета Министров Украины во главе с Ю. Тимошенко, назначив в тот же день исполняющим обязанности премьер-министра Кабинета Министров Украины Ю. Еханурова, и поручил ему сформировать новое правительство.

13-го сентября 2005-го года В. Ющенко внес на рассмотрение Верховной Рады Украины кандидатуру Ю. Еханурова на пост премьер-министра Украины. 20-го сентября 2005-го года за его кандидатуру проголосовало необходимое большинство депутатов.

5-го октября 2005-го года Ющенко выступил на заседании Кабмина, потребовал, чтобы члены нового правительства не занимались партийной деятельностью и не использовали министерские посты в интересах своих партий.

Чтобы обеспечить утверждение кандидатуры нового премьер-министра Ю.И. Еханурова, который был первым заместителем в руководимом им правительстве, а затем стал главой Днепропетровской областной администрации, В.А. Ющенко вынужден был пойти на заключение меморандума со своим «кровным врагом» лидером «Партии регионов» В.Ф. Януковичем, который предусматривал целый комплекс соглашений, в том числе освобождение всех регионалов от уголовной ответственности.

Осенью 2005-го года переговоры Украины с «Газпромом» по ценам за российский газ зашли в тупик, поскольку Россия отказалась «субсидировать украинскую экономику». В результате в новый 2006-ой год Украина вошла с неподписанным газовым контрактом, что сразу ударило по всей экономике и финансам, особенно по экспортным отраслям.

Зимой 2006-го года под давлением западных партнеров В.А. Ющенко в спешном порядке дает отмашку на заключение нового соглашения с «Газпромом» на его условиях, что вызвало новый политический кризис внутри страны. Под таким давлением Ющенко противники и бывшие союзники — фракции КПУ, СПУ, ПР и БЮТ быстро объединились в Раде и приняли в парламенте постановление об отставке правительства Ю.И. Еханурова. В.А. Ющенко пытался всячески сопротивляться мощному напору оппозиции и, в конце концов, путем тайного сговора с ПР действующий Кабинет Министров получил статус «временного правительства».

26-го марта 2006-го года на Украине прошли выборы, по итогам которых большинство в парламенте получила Партия регионов (список партии возглавил Янукович). Партия Тимошенко и Ющенко — БЮТ и «Наша Украина» в результате раскола в лагере «оранжевой революции» пошли на выборы самостоятельно, и в ходе борьбы между собой за общий лекторат заняли второе и третье места соответственно. Однако некоторые СМИ оценили проигрыш Ющенко на выборах как очередную его победу, поскольку результаты голосования подтвердили: на Украине состоялись свободные выборы.

После выборов парламентское большинство должно было назначить нового премьер-министра, но многие считали, что пост премьер-министра должен занять Янукович. Существенные разногласия по ряду вопросов между парламентским большинством, составившим «оранжевую» коалицию в Раде и фракцией Партии регионов, привели к тому, что «регионы» заблокировали работу Рады и предупредили, что готовы продолжать эту акцию вплоть до роспуска парламента и назначения досрочных выборов. В июле 2006-го года коалиционное большинство в составе БЮТ, «Нашей Украины» и Социалистической партии в ответ на ультиматум Партии регионов заявило о своем праве на действия, которые позволили бы начать работу Верховной Рады, избрать руководство парламента и сформировать новое правительство, но воплотить свои планы в жизнь не успело. Спустя несколько дней пресса сообщила о том, что лидер СП Александр Мороз, ради того чтобы стать спикером Рады, пошел на союз с Партией регионов, что привело к созданию новой коалиции с участием Партии регионов, Соцпартии и Компартии, и в итоге к развалу «оранжевой коалиции». Политолог Владимир Фесенко высказал мнение, что именно Ющенко ответственный за произошедшее, поскольку он «дистанцировался от процесса» создания коалиции демократических сил и в результате «утратил контроль за повседневной политикой». Ющенко указал на нелегитимность новой коалиции, переговоры же о создании «широкой» коалиции в Верховной Раде зашли в тупик. СМИ писали, что возможно, Рада будет распущена. Вместе с тем «Коммерсант» отмечал, что на «Украине, даже когда переговоры зашли в тупик и прекращены, они все равно продолжаются, только тайно».

В августе 2006-го года президентом и лидерами парламентских фракций (кроме Тимошенко и секретаря ЦК Компартии Петра Симоненко, которые не поддержали несколько пунктов документа), был подписан выработанный в результате длительных консультаций текст «Универсала национального единства». Документ определял, что вопрос о вступлении Украины в НАТО будет решаться на всенародном референдуме, предусматривал использование украинского языка как государственного, и при этом гарантировал гражданам Украины свободное использование русского или других языков в соответствии с Конституцией и Европейской хартией региональных языков меньшинств.

На основе Универсала «Наша Украина» и Партия регионов создали коалицию национального единства, после чего премьер-министром страны был избран Янукович (согласно договоренности с Ющенко, гарантией внесения его кандидатуры на пост премьер-министра стало подписание Партией регионов пункта Универсала о выполнении плана действий Украина — НАТО). Английская газета назвала избрание нового премьера «самым приличным вариантом выхода из многомесячного политического тупика». По оценке издания, Ющенко, поддержав кандидатуру Януковича, сумел предотвратить минипереворот.

Многомесячные переговоры о «расширении» правительственной коалиции завершились полным провалом. Более того, премьер-министр В.Ф. Янукович, будучи с официальным визитом в Брюсселе, сделал громкое заявление о неготовности его страны к вступлению в НАТО, что прямо противоречило всему президентскому курсу по внешней политике.

Несмотря на то, что противоречия были преодолены, общество жило в ожидании конфликта между Ющенко, с одной стороны, правительством и парламентом — с другой. По мнению ряда СМИ, к декабрю противоречия переросли с полномасштабную войну, одним из последствий которых стала отставка неугодных Януковичу глав МИДа Бориса Тарасюка и МВД Юрия Луценко. Однако украинский лидер заявил, что на данном этапе он не видит условий для роспуска Рады. При этом он подтверждал намерение провести референдум, который сможет отменить или изменить конституционную реформу, приведшую, по его мнению, к разбалансированности власти в стране.

Осенью 2006-го года российское руководство пошло навстречу В.Ф. Януковичу в вопросе о цене на газ, что, естественно, вызвало резкое недовольство президента Ющенко, который понял, что теряет последние рычаги влияния на всю властную вертикаль. В сентябре этого года он назначил новым главой президентского секретариата бывшего министра МЧС В.М. Балогу, руководителем СНБУ донецкого («оранжевого») миллиардера В.А. Гайдука и поручил первому заместителю своего секретариата А.П. Яценюку курировать все силовые ведомства, особенно МВД, которое возглавил социалист В.П. Пушко.

Между тем, противоборство сторон нарастало, и 12-го января 2007-го года Верховная Рада приняла предложенный правительством Януковича закон «О кабинете министров Украины», несмотря на то, что ранее президент наложил на него вето. Все было преодолено благодаря поддержке фракции Тимошенко (ряд аналитиков расценил это как стремление БЮТ приблизить досрочные выборы в парламент). Отмечалось, что новый закон сужает права главы государства и значительно расширяет права исполнительной власти. Ющенко назвал принятый закон «подрывом политической системы и политической стабильности на Украине». Тем не менее, 2-го февраля 2007-го года закон «О кабинете министров» официально вступил в силу.

2-го апреля 2007-го года Ющенко подписал указ о досрочном прекращении полномочий Верховной рады Украины. Он обвинил украинский парламент в принятии нелегитимных и антиконституционных решений, а также в несоблюдении достигнутых договоренностей, политике мошенничества, интриг и предательства и попытке узурпации власти. Формальным основанием роспуска стал якобы неконституционный процесс формирования парламентского большинства. По мнению Ющенко, коалиция должна была окончательно сформироваться в течение одного месяца со дня открытия первого заседания Верховной Рады на фракционной основе, при этом отдельные депутаты не могли выходить из состава фракции партии или блока партий, от которых они были избраны, тогда как в марте в коалицию вошли шесть депутатов из фракции «Наша Украина» и пять депутатов из фракции БЮТ, последние даже образовали межфракционистское объединение, еще через неделю коалиция увеличилась до 260 депутатов. По некоторым сведениям, накануне подписания указа Ющенко убедили в том, что правящая коалиция скоро будет насчитывать 300 депутатов, получит возможность внести изменения в Конституцию, упразднив пост президента страны.