В сроки, предусмотренные Конституцией страны, в парламенте политические силы сформировать коалицию так и не смогли. 8-го октября 2008-го года Ющенко в обращении к украинскому народу объявил о роспуске Верховной Рады, а на следующий день подписал указ о досрочном прекращении полномочий парламента и назначении внеочередных выборов на 7-ое декабря 2008-го года. В дальнейшем противостояние Ющенко и Тимошенко переросло в настоящую «войну судов» (приостановление указа президента в суде, обжалование решений суда, ликвидация судов и их создание, увольнение и назначение судов).

15-го октября 2008-го года Тимошенко на совместной с президентом Европейской народной партии Вилфредом Мартенсомом пресс-конференции в Брюсселе заявила, что указ о роспуске парламента Украины утратил силу. Она отметила, что сейчас провести досрочные выборы невозможно, поскольку не истек годовой срок, в течение которого согласно Конституции запрещено объявлять новые выборы, а финансирование избирательной кампании не предусмотрено бюджетом. Тимошенко призвала Ющенко принять политическое решение о возобновлении коалиции, подчеркнув, что ее возобновление зависит исключительно от решения президента. В том же месяце Ющенко распорядился перенести досрочные парламентские выборы с 7-го на 14-ое декабря и продлить полномочия Верховной Рады Украины, чтобы депутаты успели принять пакет законов для минимизации последствий мирового финансового кризиса для украинской экономики. Верховная Рада отказалась поддержать законопроект о финансировании досрочных парламентских выборов, внесенный президентской фракцией «Наша Украина — народная самооборона», и тогда Ющенко в очередной раз перенес сроки выборов, заявив, что они смогут состояться в 2009-ом году. Между тем из-за финансового кризиса разговоры о досрочных выборах на Украине начали стихать еще в ноябре, а украинские партии, по сведениям «Коммерсанта», стали отказываться от забронированных рекламных площадей в Киеве и других городах.

Назначение досрочных парламентских выборов разворачивалось на фоне скандала, связанного с поставками Украиной оружия. Расследование нарушений в экспорте украинского вооружения в Грузию было начато в день, когда в Верховной Раде распалась правящая коалиция, а в начале октября Тимошенко фактически обвинила в незаконной торговле оружием самого Ющенко, отметив, что вся торговля вооружением, изымавшегося с боевого дежурства украинской армии находилась под непосредственным контролем президента. В свою очередь СБУ информацию о каких-либо злоупотреблениях при поставке оружия в Грузию опровергло, ссылаясь на результаты проведенного им расследования. Один из возможных вариантов развития противостояния на Украине газета «Коммерсант» называла импичмент президента Ющенко в результате дебатов в Раде по поставке оружия Грузии. Это, как отмечало издание, предоставило бы Тимошенко и Януковичу «дополнительное пространство для маневра».

29-го ноября 2008-го года прошедший в закрытом режиме съезд «Наша Украина», единогласно избрал Ющенко ее председателем. Несмотря на то, что «Наша Украина» в сложнейшей политической ситуации сочла необходимым провозгласить своим идейным лидером Ющенко, «ежедневным менеджером управлением партии» остался занимавший ранее пост председателя В. Кириленко. Вторым принципиальным решением съезда СМИ назвали решение о невозможности коалиции «Нашей Украины» с БЮТ и Партией регионов.

В конце 2008-го года разразился очередной скандал, который был вызван задержкой подписания соглашений о газовых поставках. В ноябре 2008-го года «Газпром» оценил долг «Нафтагаза» в 2,4 миллиарда долларов против 1,5 миллиардов в начале этого года. Российская сторона настаивала на заключении нового договора только после выплаты этого долга. Кроме того, Украина отказалась переходить на новую европейскую цену на газ и настаивала на цене в 230 долларов за тысячу кубометров, тогда как «Газпром» предлагал цену в 250 долларов. До нового года стороны так и не договорились. Тогда Россия сначала прекратила поставки газа по украинской квоте, а после того как Украина начала отбор газа из транзитной квоты, поставки газа из России на Украину были полностью остановлены. Это оставило некоторые европейские страны без газа, причем особенно пострадали регионы восточной и центральной Европы. Россия пыталась возобновить транзит газа через территорию Украины, для контроля процесса были приглашены наблюдатели ЕС, однако поставки газа не были восстановлены. Конфликт привел к тому, что некоторые европейские государства вообще перестали получать газ из Украины. Издание «Время новостей» сообщало, что, по словам Тимошенко, отсутствие договоренностей стало результатом действий тех «сил», которые противятся ее намерениям устранить из схемы посредника в лице швейцарского рейдера «РосУкрэнерго».

Соглашение о возобновлении поставок газа было подписано Тимошенко и Владимиром Путиным. Российская сторона отказалась от скидок и посредников в схемах поставки. В итоге «Газпром» начал продавать газ Украине по цене в 360 долларов за 100 кубометров при условии сохранения цен на транзит. Газовый кризис привел к ухудшению отношений между Ющенко и Тимошенко: президент Украины заявил, что на премьер-министре лежит ответственность за проблемы в украинской экономике. Также он негативно отозвался о заключенном договоре, по которому в 2009-ом году Украина должна будет за газ на 25 миллиардов гривен больше, чем в прошлом году.

«РосУкрэнерго» по-прежнему поставлял газ в Европу по долгосрочным контрактам. К моменту заключения договора между Россией и Украиной в подземных газовых хранилищах (ПГХ) находилось 11 миллиардов кубов газа, выкупленных «РосУкрэнерго» у «Газпрома» в 2005-ом году, когда «РосУкрэнерго» взяла на себя задолженность «Нафтагаза». По соглашению они должны были быть использованы в качестве «технического» газа, необходимого для работы газотранспортной системы Украины. «Нафтагаз» должен был выкупить его у «РосУкрэнерго» по льготной цене в 153, 9 доллара за тысячу кубометров. «Нафтагаз Украины» по поручению Тимошенко предпринял попытки изъять этот газ из ПГХ, однако собравшийся в феврале 2009-го года Совет национальной безопасности и обороны Украины, возглавляемый Ющенко, принял решение, согласно которому «Нафтагаз Украины» не имел право изымать принадлежавший «РосУкрэнерго» газ из хранилищ. Тимошенко заявила, что президент саботирует русско-украинское газовое соглашение, а Ющенко обвинил премьер-министра в подрыве национальной безопасности страны. В офисах «Нафтагаза» были проведены обыски предположительно сотрудниками СБУ. «Газпром» не стал предпринимать активных мер в связи с попытками отобрать у «РосУкрэнерго» газ из ПГХ, но в процессе появились сведения о том, что это может привести к новому газовому скандалу. 23-го марта 2009-го года суд признал незаконным возбуждение уголовного дела о растаможивании газа, отменив соответствующие распоряжения СБУ. В том же месяце Тимошенко заявила о намерении Украины получить от России кредит в размере 5-ти миллиардов долларов для покрытия дефицита бюджета, в первую очередь, чтобы помочь «Нафтагазу», которому нужно было рассчитаться с» Газпромом». Ющенко в ответ на это обвинил Тимошенко в том, что она ведет переговоры с Россией о предоставлении кредита за его спиной. Однако намеченные переговоры не состоялись.

23-го марта 2009-го года в Брюсселе прошла международная конференция по вопросам модернизации украинской газотранспортной системы (ГТС), на которой Евросоюз и Украина (в лице Тимошенко) подписали договор о модернизации ГТС Украины. После этого российская сторона заявила об игнорировании интересов своей страны Украиной и возможном пересмотре отношений с ней. Отношение России к данной ситуации не смягчили даже уверения Тимошенко в том, что решение конференции не направлены против нее, а также последовавшее от президента Ющенко приглашение принять участие в совместном проекте.

В марте 2009-го года, выступая с ежегодным обращением к Верховной Раде, Ющенко предложил радикально пересмотреть Конституцию страны. В частности, он заявил о формировании двухпалатного парламента, переименовании его в Национальное собрание, нижняя палата которого, кроме законодательной функции, несла бы ответственность за формирование правительства и контроль за его деятельностью, а также изменение территориально-административного устройства Украины, проведении реформы судебной и правоохранительной систем. В июле того же года Венецианская комиссия Совета Европы в целом поддержала представленный Ющенко проект изменений Конституции Украины. Общественное обсуждение изменений к основному закону страны, во исполнение специального указа Ющенко, было начато в сентябре 2009-го года. Назвав «гражданским долгом» участие украинцев в работе по реформированию Конституции, украинский президент особо отметил, что политики обязательно должны выразить «свою позицию по поводу того, как должна реформироваться и развиваться страна».