В ответ на это Черновицкий 13-го марта 2008-го года обратился к президенту, заявив о том, что готов быть отстраненным на 10 дней от работы, чтобы за это время независимая комиссия провела проверку его деятельности. Вечером того же дня Ющенко своим указом временно отстранил Черновицкого от исполнения обязанностей мэра Киева на 15 дней — на время проведения служебного расследования по фактам невыполнения им служебных обязанностей, нарушения Конституции и законов Украины, а также саботажа актов президента и кабинета министров. Однако уже 17-го марта украинский президент, не дожидаясь результатов расследования, согласился с возможностью переизбрания Черновицкого, и заявил, что считает необходимым рассмотрение Верховной Радой законов о назначении досрочных выборов мэра Киева и киевского городского совета. Постановление о проведении досрочных выборов Рада вынесла на следующий же день. Аналитики сочли, что Черновицкий «стал разменной монетой в подковерном сражении за власть» между Ющенко и Тимошенко. Кабмин в обмен на отставку киевского мэра согласилась на урезание собственных полномочий. Отмечалось, что в тот же день были приняты поправки к закону о Кабмине, согласно которым президент Украины получил практически ту же полноту власти, которая была у предыдущего главы государства — Кучмы. Однако эта уступка была воспринята рядом аналитиков как победа Тимошенко.

Досрочные выборы киевского мэра состоялись 25-го мая 2008-го года. Черновицкий сохранил свой пост: на выборах он получил большинство (37,5 %) голосов избирателей.

В конце июля 2008-го года в Киеве проходили торжества по случаю 1020-летия Крещения Руси. В этот период состоялся визит патриарха Константинопольского Варфоломея I в столицу Украины. Выступая после торжественного богослужения, которое совершил патриарх, Ющенко попросил предстоятеля Константинопольской Церкви благословить создание национальной поместной Украинской церкви. Однако, как писала «Независимая газета», ответная речь Варфоломея «была весьма туманна», и в результате так и осталось непонятным, что именно было скрыто за «обтекаемыми формулировками». Действительно, ряд СМИ сообщили о том, что Варфоломей не дал благословения на создание поместной Украинской церкви, а выступление Ющенко явно не прибавило ему популярности среди верующих относительно себя к пастве Московского патриархата. Однако уже на следующий день агентство ИТАР-ТАСС заявило о том, что патриарх Константинопольский «поддерживает создание единой православной церкви на Украине, но в рамках каноничности». «Мы заинтересованы в единой украинской церкви», — цитировало агентство Варфоломея.

В августе 2008-го года, после начала вооруженного конфликта в Южной Осетии, Украина, возложившая ответственность за развязывание войны на Россию, одной из первых выступила с официальной поддержкой Грузии. Ющенко направил в Тбилиси главу МИДа В. Огрызко для обсуждения «конкретных мер по прекращению военного противостояния», а также поручил правительству «обеспечить предоставление гуманитарной помощи Грузии». МИД Украины предостерег российскую сторону от участия Черноморского флота в конфликте, пригрозив в случае участия его судов в блокаде морского побережья Грузии заблокировать возвращение кораблей на базу Севастополь. В этом месяце Ющенко подписал указ, обязывающий руководство Черноморского флота за 72 часа предупреждать украинскую сторону об операциях, в которых будут участвовать его корабли. Кроме того, согласно указу президента Украины, «в случае получения согласия», флот должен не позже чем за сутки до пересечения государственной границы проинформировать об этом штаб Азово-Черноморского регионального управления Государственной таможенной службы Украины и соответствующий таможенный орган страны. Черноморский флот РФ, в соответствии с документом, также должен сообщать украинской стороне о транспортируемых им лицах, вооружении, боеприпасах и взрывоопасных веществах, военном имуществе и оборудовании. Российской стороной указ Ющенко о Черноморском флоте был воспринят как «новый серьезный антироссийский шаг». 15-го августа 2008-го Ющенко направил руководству РФ срочное предложение двухстороннего соглашения об использовании Черноморского флота, дислоцирующегося на украинской территории (о реакции руководства России на эту инициативу не сообщалось). 17-го августа Ющенко написал указ о прекращении действия соглашения, о средствах систем предупреждения, о ракетном нападении (СПРН) и контроле космического пространства, странами-участниками которого также являлись Армения, Белоруссия, Казахстан, Узбекистан, Украина, Грузия. В секретариате президента подчеркивали, что это решение никак не связано с событиями на Кавказе и лишь стало ответом на отказ России использовать две располагающиеся на территории Украины станции СПРН в Мукачево и Севастополе. Между тем российская сторона объясняла отказ от услуг украинской стороны завершением ресурса эксплуатации РАС, а также недоверием к получаемой информации и стремлением использовать собственные станции.

Мнение политиков на Украине по поводу конфликта на Кавказе разделились. Если руководство страны выступало сторонником сохранения территориальной целостности Грузии, то Партия регионов и коммунисты заявили об агрессии со стороны Тбилиси и поддержке России, склоняясь к укреплению военно-политических отношений с ней. Различия позиций Тимошенко и Ющенко по поводу ситуации в Грузии проявились с первого дня военного конфликта. Президент открыто заявлял о полной поддержке Тбилиси, Тимошенко никаких комментариев не давала, заявляя, что не хочет «пиариться на крови». По мнению СМИ, разногласия между премьером и президентом по поводу конфликта в Южной Осетии, а точнее, молчание Тимошенко и ее сторонников, очень скоро были использованы как повод для обнародования претензий в ее адрес. В том же месяце секретариат президента Ющенко, не представив при этом каких-либо доказательств, заявил о существовании «теневых договоренностей «между российским руководством» и украинским премьером, о поддержке ее кандидатуры на президентских выборах. Комментариев по поводу этих обвинений со стороны Тимошенко не последовало, однако после этого заявления БЮТ озвучил свою позицию по ситуации в Грузии, мотивируя свое долгое молчание тем, что за внешнюю политику на Украине отвечает президент. Фракция БЮТ осудила использование оружия для разрешения региональных конфликтов и призвала обе стороны «стать на путь мирных договоренностей в рамках международного права». После этого некоторые политологи сочли, что активность в связи с ситуацией в Южной Осетии, если и добавит ему очков в глазах украинских избирателей, то совсем немного.

Пиком очередного политического кризиса на Украине стало заседание парламента 3-го сентября, на котором БЮТ, Партия регионов, коммунисты и партия Литвина проголосовали за ряд законопроектов, ограничивших полномочия президента и не передававших его ключевые полномочия кабинету министров, а также упростили процедуру импичмента главы государства. Это дало повод Ющенко заявить о том, что «в Верховной Раде де-факто образовалась новая коалиция». По его словам, союз БЮТ с Партией регионов и коммунистами стал предательством «демократического большинства». В своем обращении к нации, которое транслировали украинские телеканалы, Ющенко обвинил Тимошенко в организации переворота и попытку установить «диктатуру премьера». Он выразил решимость «не дожидаться переворота», наложив на принятое парламентом решение президентское вето.

Следствием нового витка борьбы за власть на Украине стал развал «оранжевой коалиции»: первой ее покинула партия «Наша Украина», расценившая результаты голосования в парламенте, как предательство со стороны БЮТ. СМИ отвечали, что после того, как это решение «Нашей Украины» вступит в законную силу, в Верховной Раде должна быть сформирована новая коалиция (в противном случае президент имеет право досрочно прекратить полномочия парламента). Среди сторонников сохранения существующей коалиции звучали мнения о том, что наиболее вероятным способом примирения может быть отставка главы президентского секретариата В. Балоги, который неоднократно упоминался в прессе как «серый кардинал», сталкивающий президента с премьером. Однако примирение не произошло: 16-го сентября 2008-го года на заседании Верховной Рады было официально объявлено о прекращении деятельности «оранжевой коалиции».