Обращение Ивана в Кирилло-Белозерский монастырь, а затем к английскому двору породило широкие надежды в земщине. В случае пострижения или бегства Грозного законными претендентами на трон оставались его двоюродный брат и малолетние сыновья. Родня и советники князя Владимира негласно обсуждали с ним близкие, как им казалось, перемены. Будучи человеком недалеким и желая выгородить себя в глазах брата, Владимир сам донес ему на своих благожелателей. Царь выслушал удельного князя и дал ему деликатное поручение. Князь Владимир, следуя воле Грозного, попросил Федорова составить списки: лиц, на поддержку которых он может рассчитывать. Розыск и заговор в земщине начались, таким образом, с чудовищной провокации.
Поход короля к русским границам расстроил царский план наступления на Ливонию. Вину за просчет опричники немедленно возложили на крамольных бояр. Сигизмунд II выступил с армией якобы по тайному сговору с заговорщиками, выполняя обещание помочь им.
Соглашение митрополита с царем 20 июля 1566 года связало руки и одному и другому. По возвращении из похода Грозный не решился арестовать Федорова и казнить за государственную измену. Дело ограничилось тем, что конюшего сослали в Коломну и заставили заплатить громадный штраф. В этот самый момент митрополит Филипп открыто выступил с обличением опричного произвола. Оценивая упорное противоборство церковных иерархов опричнине, историк А. А. Зимин писал: «Главным мотивом было сопротивление высших церковных иерархов централизаторской политике правительства Ивана IV»; сама «русская церковь в XVI веке представляла собой один из наиболее могущественных рудиментов феодальной раздробленности, без трансформации которого не могло оыть и речи о полном государственном единстве».
С такой оценкой трудно согласиться. Церковь помогла светской власти объединить страну и преодолеть раздробленность. Церковные писатели участвовали в разработке идеологии самодержавия. Именно они обосновали тезис о божественном происхождении царской власти. Достижение полного государственного единства не требовало разгрома церкви. Нельзя считать высших церковных иерархов носителями идей раздробленности, а опричников — поборниками централизации.
Союз с осифлянским руководством церкви помог зарождению самодержавной идеологии и самодержавных порядков в России, но события получили неожиданный поворот с того момента, как Иван Грозный ввел опричнину, чтобы утвердить свою неограниченную власть. Началось сползание государства к террору. В таких условиях митрополит Филипп проявил величайшее мужество, пытаясь остановить кровавый кошмар.
Протест митрополита Филиппа находился в самой тесной связи с судом над главой земщины Федоровым. О выступлении Филиппа рассказывают новгородский летописец, опричники Таубе и Крузе, а также авторы «Жития Филиппа». Летописец сообщает краткие фактические сведения о протесте митрополита и суде над ним. Очевидцы событий опричники Таубе и Крузе составили через четыре года после суда пространный, но весьма тенденциозный отчет о событиях. «Житие митрополита Филиппа» было написано много позже, в 90-х годах XVI века в Соловецком монастыре. Авторы его не были очевидцами описываемых событий, но использовали воспоминания живых свидетелей: старца Симеона (Семена Кобылина), бывшего пристава у Ф. Колычева и соловецких монахов, ездивших в Москву во время суда над Филиппом. Все эти свидетели были хорошо осведомлены о судебном преследовании митрополита в 1568 году и гораздо хуже — о предыдущих событиях.
По свидетельству опричных авторов, Колычев на первых порах пытался избегать публичных выступлений и предпочитал вести душеспасительные беседы наедине с царем, убеждал его прекратить кровопролитие, «претил страшным судом». Не достигнув цели, митрополит попытался воздействовать на царя, опираясь на авторитет священного собора. По словам составителей «Жития», Филиппу удалось убедить епископов выступить против опричнины всем собором: «Филиппу, согласившемуся со епископы и укрепльшевси вси межи себя, еже против такового начинания (опричнины. — Р.С.) стояти крепце». Отнеся описанный эпизод ко времени учреждения опричнины, авторы «Жития» исказили истину. При посвящении в сан Филипп клятвенно обязался не вмешиваться в опричные дела. Выступив против опричнины, он нарушил клятву. Чтобы избежать упоминания об этом неприятном факте в биографии мученика, авторы «Жития» стали утверждать, будто Филипп стал митрополитом до учреждения опричнины. Однако тогда церковь возглавлял не Филипп, а Афанасий и в то время в состав собора не входили епископы Корнилий, Варсунофий и Пафнутий, упомянутые с этим чином в «Житии».
Колычев мог рассчитывать на поддержку осифлянского большинства собора. Негодование земского духовенства по поводу безобразий опричнины было неподдельным и искренним. Но единодушие собора оказалось непрочным. Против митрополита выступили иерархи, близкие ко двору и опричному правительству. К их числу принадлежали Пимен, архиепископ опричного Суздаля Пафнутий, царский духовник Евстафий и др. Особенно усердствовал духовник, доносивший на Колычева «яве и втаи». Чтобы урезонить Евстафия, митрополит наложил на него епитимию, действовавшую на протяжении всего собора. В конце концов один из епископов окончательно предал Колычева и его приверженцев и «общий совет их изнесе» государю. Авторы «Жития» не называют имени епископа, но можно полагать, что им был новгородский архиепископ Пимен, наиболее энергичный противник митрополита на соборе. Донос поставил членов собора в трудное и щекотливое положение, многие из них «своего начинания отпадоша».
Как только члены собора удостоверились, что их замыслы раскрыты и самодержец гневается, их обуял страх и они «страха ради и глаголати не смеяху и никто не смеяше противу что рещи, что [бы] царя о том умолити и кто его возмущает, тем бы запретите». Священный собор проявил бы больше твердости, если бы мог опереться на поддержку Боярской думы. Однако Земская дума сама понесла большие потери. Неугодные царю бояре либо подверглись казни, либо были удалены из Москвы. Титулованная знать была запугана ссылкой и земельными конфискациями. Старомосковские фамилии (Челяднины, Морозовы, Шеины, Колычевы и Головины) испытали на себе действие террора.
Во время решающих прений на священном соборе Филипп обратился к епископам с вопросом: для того ли они собрались, чтобы молчать? «На се ли взираете, — сказал он, — еже молчит царский сеньклит: они бо суть обязалися куплями житейскими». В своем выступлении против опричного произвола Филипп не смог опереться ни на Земскую думу, ни на священный собор, ни на старцев обители, которой он посвятил всю свою жизнь.
В первых посланиях к соловецким старцам митрополит обращался к «старцу Ионе и старцу Паисеи, келарю и казначею, священником и всей братии». В уставщике Ионе Шамине Филипп, возможно, видел наиболее достойного инока и подвижника. Старцы избрали игуменом Паисия. Местный летописец описал все, что произошло на Соловках после отъезда Колычева, кратко и, по-видимому, точно: «В лето 7075-го. На Соловках на игуменство Паисею поставили… В лето 7076-го Паисея игуменом в монастыре зимовал. Того же. году на весну в монастырь в Соловки приехал суздальской владыка Павнутей, да архимандрит Феодосий, да князь Василей Темкин, да с ним 10 сынов боярских дворян, про Филиппа обыскивали».
Путь из столицы на Белое море был далек, и если комиссия прибыла в монастырь к весне, значит, из Москвы отправилась, скорее всего, на исходе зимы. Записки соловецкого летописца наводят на мысль, что инициатива окончательного разрыва принадлежала не Филиппу, как думали до сих пор, а самому монарху. Не желая терпеть поучений митрополита и получив донос насчет готовившегося выступления церковного собора, Грозный решил избавиться от неугодного пастыря.
Даже в глазах членов опричной думы суд над первосвященником был делом сомнительным. Главные руководители опричнины предпочли остаться в тени, поручив подготовку суда над Филиппом человеку, случайно оказавшемуся в опричнине. Розыск возглавил князь В. И. Темкин-Ростовский, имевший весьма запятнанное (в глазах опричников) прошлое. Много лет Темкин служил боярином в удельном княжестве Старицких. В начале Ливонской войны Темкин попал в плен к литовцам и только благодаря этому обстоятельству избежал царской опалы. Сын Темкина и все его братья были сосланы на поселение в Казанский край, откуда вернулись благодаря амнистии. 5 июля 1567 года В. И. Темкин вернулся из плена на родину. За ним на границу были высланы два опричника, а это значило, что Иван IV уже тогда решил взять его в «государеву светлость». Зачисление в опричнину литовских пленников объяснялось довольно просто. Все они не поддались на уговоры русских эмигрантов в Литве и вернулись на родину, невзирая на преследование их родни.
