Начавшаяся после Стоглава борьба за Казань, а затем Ливонию поглотила все силы и средства государства, что поставило под вопрос выполнение обширных программ, намеченных собором.
Деятельность Стоглавого собора была направлена на то, чтобы упрочить нравственное влияние церкви на общество. Для этого духовному сословию предстояло очистить себя от всякой скверны. В глазах инициаторов собора наибольшего порицания заслуживало белое духовенство — городские и сельские священники, жизнь которых немногим отличалась от жизни низших сословий города и деревни. Их царь обличал в значительно более резких выражениях, чем монахов. «Попы и церковные причетники, — говорил Иван IV, — в церкви всегда пьяны и без страха стоят и бранятся, и всякие речи неподобные всегда исходят из уст их».
Средства, которые руководители церкви намеревались использовать для исправления нравов низшего духовенства, были характерны для учеников Иосифа Санина. Иерархи церкви уповали на спасительные административные меры — систему надзора и наказаний. Собор предписал протопопам, поповским старостам и десятским «дозирати почасту» за богослужением в церквах, неутомимо доносить на попов, которые «учнут жити в слабости и в лености и во пьянстве», поощрять тех, кто будет жить «в чистоте и покаянии» с женами. Священникам надлежало стоять в церкви «со страхом и трепетом», читать священные книги, молиться о царском здравии, слушаться «искусных, добрых и житием непорочных» протопопов. Протопопам, старостам и десятским вменялось в обязанность следить за перепиской священных книг, чтобы в них не закрались еретические искажения.
Следствием вековой раздробленности Руси явилось то, что церковные обряды утратили единообразие в разных землях и княжествах. Великий Новгород и Псков по уровню церковного образования стояли выше других земель и допускали меньше отступлений от византийских образцов. Будучи архиепископом в Новгороде, Макарий в «Великих Четиях» ясно высказался за трегубую аллилуйю. В постановлении Стоглава значилось, что в Новгороде и Пскове по многим монастырям и церквам «до днесь говорили трегубую аллилую». Когда же Макарий стал московским митрополитом, ему пришлось отказаться от новгородской старины в пользу московской. Под страхом проклятия Стоглав запретил «трегубую аллилую» и троеперстное знамение и ввел по всей стране двоеперстие вместе с «сугубой аллилуей». Если бы Макарий принялся искоренять троеперстие с такой же нетерпимостью, с какой Никон ополчился на двоеперстие сто лет спустя, церковная смута была бы неизбежна. К счастью для церкви, и митрополит Макарий, и могущественный временщик — бывший новгородец Сильвестр проявили достаточную долю равнодушия к тому, что касалось внешней обрядности. Стоглавый собор осудил продажу церковных должностей, вымогательство и взятки в церковной среде. Епископам предписывалось поставлять игуменов «не по мзде», также и «в попы и во дияконы ставити безо мзды, даже и до самого ключаря и прочих причетников».
Православная церковь всегда терпимо относилась к юродивым. Исключение составляли бесноватые и трясуны, которых собор осудил как лживых пророков. Мужики, и жены, и девки, и старые бабы, значилось в постановлении собора, «наги и босы и волосы отрастив и распустя, трясутся и убиваются», а велят христианам «в среду и в пятницу ручного дела не делать».
Крайнюю нетерпимость «отцы церкви» проявляли в отношении народных празднеств и обрядов, в которых они усматривали грех язычества. Собор решительно осудил всякого рода «бесовские» игрища и скоморошьи представления. Грехом были признаны стрижка бороды, мытье в бане мужчин с женщинами, игра в единственную известную тогда азартную игру («зернь»), всякого рода колдовство. К числу греховных занятий были отнесены шахматы, широко распространенные на Руси, игра на всевозможных музыкальных инструментах. Осуждалось общение с иностранцами, в особенности подражание их «злым обычаям».
Исключительное внимание Стоглав уделил монастырям и монашеству. Царь обвинял черное духовенство в неблагочинии, но в более сдержанной манере, чем белое духовенство. Не ставя под сомнение благочестие монашества в целом, Иван заявил, что «неции» из чернецов стригутся в монахи не для спасения души, а «покоя ради телеснаго, чтобы всегда бражничать». Собор признал, что пьянство наносит наибольший ущерб монастырскому благочестию, и ради искоренения греха запретил монастырям держать у себя «пьянственное питие, сиречь хмельное и вино горячее», а монахов призвал довольствоваться всевозможными квасами. Исключение было сделано лишь для редких в России заморских «фрязских» вин. Их можно было держать в обителях, но пить только «во славу божию, а не во пиянство». Запрет не распространялся на Троице-Сергиев монастырь, чтобы не отпугнуть многочисленных паломников, посещавших это чудотворное место. Среди иноков послабления допускались в отношении знатных постриженников, пребывающих «в немощах или при старости». Причины послаблений объяснялись довольно откровенно: князья и бояре «стрыгутся в великих монастырях» и «дают вкупы (вклады) великие, села и вотчины». Написать указ против бражничества было нетрудно, значительно труднее оказалось провести его в жизнь. Хорошо известна история игумена Трифона — строителя первого в Вятской земле монастыря. Когда Трифон запретил стол с вином по кельям, монахи выразили крайнее негодование, стали запирать игумена под замок, бить, а потом и вовсе выгнали из обители.
Стоглавый собор принял ряд решений в целях исправления монашеской жизни. Наложен был запрет на совместное проживание монахов и монахинь в одном монастыре. Инокам не велено было жить в миру, бродяжничать и собирать деньги.
Проповедь милосердия занимала особое место в системе христианских взглядов. Веками пастыри церкви внушали пастве сочувствие к страждущим, нищим, убогим, больным, престарелым людям — словом, к изгоям общества. Чтобы представить, какую роль играла благотворительность в средние века, надо иметь в виду, что для девяти десятых людей того времени все их заботы и труды были сосредоточены на том, чтобы прокормить себя и своих ближних. За 10–12 лет, составлявших солнечный цикл, один-два были неурожайными и сопровождались голодом. Каждое поколение, по крайней мере раз в жизни, переживало страшный голод, сопровождавшийся массовой гибелью людей. В критические моменты благотворительность со стороны частных лиц, монастырей и казны приобретала исключительное значение. В условиях голода пустынники-нестяжатели усердно возносили молитву к господу о прекращении бедствия и помогали народу, чем могли. Богатые монастыри оказывались в лучшем положении, чем пустынники, поскольку располагали средствами для оказания помощи голодающим. Иосиф Санин в одном из своих посланий отметил, что в обычные годы его монастырь тратит на прокормление нищих и странников ежегодно до 150 рублей (сумму по тем временам неслыханную), а хлеба раздает по 3 тысячи четвертей. Из «Жития Иосифа Санина» узнаем, что при большом неурожае в монастырь за подаянием обращалось до 7 тысяч жителей окрестных сел. Не имея возможности спасти от голодной смерти своих детей, некоторые родители подбрасывали их к монастырским воротам. Монахи забирали подкидышей, а взрослым раздавали по хлебцу. В Кирилло-Белозерском монастыре в годы голода кормилось до нового урожая до 600 голодающих ежедневно.
Монастырская благотворительность считалась частным делом. Но рядом с ней в XVI веке существовала казенная благотворительность. Следуя христианским идеалам, государство пыталось организовать помощь нищим, престарелым и больным в городах. Как следует из царских вопросов собору, власти рассылали по городам милостыню или «корм годовой», включавший хлеб, соль, деньги и одежду. Корм раздавали нуждавшимся через особые «богадельные избы», во главе которых стояли приказчики. Помимо сумм, поступавших из приказов, богадельни получали пожертвования от «христолюбцев». В вопросах собору Иван IV пенял на то, что «милостыня» расходуется не по назначению. Из-за нечестности приказчиков помощь получают «малобольные» горожане с женами, тогда как подлинно больные, калеки («клосные») и престарелые по-прежнему терпят «глад, мраз и наготу», не имеют где преклонить голову, и умирают на улице «в недозоре», без покаяния и причастия, что является грехом.
