Миаолис предусмотрительно разработал и более сложный план на случай, если турки будут двигаться несколькими отрядами. В этом случае часть греческих кораблей, стоявших между Спеце и Пелопонессом, должна была немедленно выдвинуться вперед и постараться окружить врага.
8 сентября оттоманский флот пошел прямо на греческую центральную эскадру, ожидавшую севернее Спеце. Восточная эскадра не смогла отойти в проливы из-за мертвого штиля. Поэтому бой начался в не лучших для греков условиях. После шести часов ожесточенной канонады турки отошли. Греки подожгли 2 своих брандера, но вреда противнику не причинили. Через 2 дня турки совершили новую попытку. На сей раз они пошли прямо в бухту. Эскадра Миаолиса следовала за ними буквально по пятам, чтобы окружить турецкие корабли, как только они войдут во внутреннюю часть бухты. Остальные корабли центральной эскадры получили приказ атаковать турецкие подкрепления, если они попытаются прийти на помощь главным силам флота. Однако турки сообразили, что их завлекают в ловушку, повернули на обратный курс и ушли прочь, так и не доставив снабжение осажденному гарнизону.
13 сентября турецкий флот совершил третью попытку прорваться в бухту. Один бриг вместе со всем экипажем был уничтожен греческим брандером, и весь турецкий флот охватила паника. Это убедило Мохаммеда-Али, что ему лучше вернуться в Константинополь. Канарис использовал предоставленную ему возможность, атаковал отходящий флот и уничтожил турецкий корвет. В Константинополе султан приказал отрубить голову турецкому вице-адмиралу. Зато Миаолиса население острова встретило как героя. Идриоты имели все основания веселиться. Если бы Идра и Спеце были захвачены турками, революция могла погибнуть.
После ухода оттоманского флота истощенные защитники Навплии сдались грекам. Учитывая последствия этих побед на суше и на море, многие историки считают бой в заливе Навплия самым крупным вкладом Миаолиса в общее дело греков.
Однако они не сумели использовать собственные успехи. Центральный революционный совет продолжали раздирать склоки между упрямыми и недальновидными политиканами. Но в это время у турок хватало собственных проблем. На верфях Константинополя вспыхнул ужасный пожар, который привел к крупным разрушениям и сорвал все приготовления к высадке на материковую Грецию. Последствия этой катастрофы удалось преодолеть путем вербовки иностранных моряков и модернизации флота. Старые тихоходные корабли заменялись более современными быстроходными. На помощь султану пришли Алжир, Египет и Триполи, прислав большое число отличных кораблей и опытных экипажей. Оттоманский флот получил нового адмирала — Хозрева-пашу, который оставил дипломатическое поприще. В 1823 году он сначала обеспечил припасами турецкие форты на Пелопонессе, а потом начал крейсерство в Эгейском море, избегая встреч с греческим флотом. Он постарался внушить страх жителям различных островов, и часть из них предпочла заявить о своей верности Оттоманской империи.
Так как положение стало критическим, революционеры должны были действовать быстро и эффективно. Но это было легче сказать, чем сделать. После долгих проволочек и лишь с большим трудом на Спеце удалось подготовить к плаванию 10 кораблей. Зато попытка укомплектовать экипажами 14 кораблей на Идре провалилась. Жители острова совсем не собирались бросать прибыльную работу на берегу и на торговых судах. За свои услуги они заломили такую цену, которую революционный совет просто не мог заплатить.
Когда выяснилось, что долгие переговоры ни к чему не приводят, Миаолис решил вмешаться лично. Хотя он страдал от жестокого приступа ревматизма, он приказал доставить себя в порт на носилках. Вид отважного человека, который превозмогает тяжелую болезнь ради борьбы за независимость, не мог не тронуть сердца моряков. Не тратя времени, корабли Идры вышли в море.
Последовавший бой не принес успеха ни одной из сторон, и турецкий флот вернулся в Константинополь. Но в это время греческий флот раскололи новые распри. Миаолис обвинил командиров эскадры Спеце в неповиновении и отказался выдать экипажам с Псары их долю трофеев, захваченных в бою, в котором они практически не принимали участия. Это привело к новым спорам. Тогда Миаолис приказал сжечь все захваченные корабли, так как попытка раздела добычи вызвала бы очередные склоки.
В результате весь 1824 год прошел в распрях между революционерами. Миаолис организовал морскую блокаду Навплии, чтобы изолировать своих политических противников. Дважды он даже приказал открыть огонь по берегу. К счастью, вскоре революционеры сумели восстановить какое-то подобие порядка.
Пока греки пытались решить свои внутренние проблемы, султан Махмуд II искал способ погасить революционное пламя во взбунтовавшейся провинции. Наконец он обратился к Мохаммеду-Али, фактически независимому правителю Египта. Султан пообещал ему за помощь в подавлении восстания отдать Пелопонесс и Крит. Мохаммед-Али имел крупный флот, который построили ему европейцы. Он понимал, что для подавления греческой революции достаточно будет просто захватить контроль над морем. Капитан 1 ранга Друо, благоволивший к туркам командир французской Левантийской эскадры, помог составить план кампании. Этот план предусматривал захват греческих островов, растянувшихся дугой вдоль побережья Малой Азии. Это позволило бы обезопасить морские коммуникации между Турцией, Египтом и Сирией. Следующим шагом Мохаммеда-Али должен был стать сбор десантной эскадры на Крите для высадки на юге Пелопонесса.
Как только план был готов, турки приступили к его реализации. Первый удар этим же летом они обрушили на острова Касос и Псара, где находились крупные базы греческого флота. Их жители испытали на себе всю мощь гнева султана. Турки проявили неслыханную жестокость. Когда рассеялся дым пожарищ, грекам осталось лишь оплакивать 20000 вырезанных островитян. Обе передовые базы были потеряны.
Несмотря на эти ужасные события, греки не потеряли мужества. 15 июля Миаолис прибыл на Псару с флотом из 60 кораблей и в ходе 5-часовой битвы уничтожил вражескую эскадру из 25 кораблей, стоявшую на якорях. Потом он разгромил береговые батареи и приказал перебить 2000 пленных турок в отместку за опустошение Псары.
Воодушевленный этой победой, Миаолис проследовал к острову Митилини, где базировались главные силы турецкого флота. Однако он не учел, что внутренние противоречия продолжают разъедать силы греков. В результате, пока его флот крейсировал вокруг Митилини в поисках противника, Миаолис неожиданно обнаружил, что сам потерял много кораблей. Они просто дезертировали, даже не удосужившись сообщить адмиралу о своем уходе. Поняв, что с оставшимися в его распоряжении силами будет не слишком разумно искать встречи с турками, Миаолис вернулся на Идру.
Видя угрозу неизбежного объединения турецкого и египетского флотов, Идра и Спеце начали лихорадочную подготовку к ее отражению. К счастью, англичане дали революционерам заем, который позволил финансировать подготовку флота этими островами. Катастрофа на Псаре и Касосе ясно показала размеры грозящей опасности. Поэтому у Идры и Спеце не оставалось иного выбора, как поручить Миаолису создание греческого флота, который сможет противостоять туркам и египтянам.
Миаолис был убежден, что противника следует перехватить как можно дальше от Пелопонесса. Он оправдывал такой метод действий тем, что, если греческие силы и потерпят поражение, они нанесут противнику такие потери, что он будет вынужден отойти, чтобы привести свой флот в порядок перед дальнейшими операциями. Кроме того, отряды партизан на берегу все еще представляли серьезную угрозу для любого турецкого десанта. Эти задержки дадут революционерам время собрать свои силы.
Первым распоряжением Миаолиса в качестве адмирала объединенного флота была отправка эскадры из 22 кораблей под командованием своего друга, уроженца Идры адмирала Георгиса Сактуриса для защиты острова Самос от вторжения. Греческий флот уже собрал достаточные силы, чтобы встретить египетский флот, который готовился выйти из Галикарнасса, расположенного на побережье Малой Азии.
