На следующий год Тромп сдал командование. Формальные причины его приглашения в Данию исчезли. Голландия сама в войне не участвовала, а победа в бухте Кьёге убедила короля Христиана, что в морских делах Дания может обойтись без посторонней помощи. В мае 1678 года Тромп покинул Копенгаген навсегда, а 13 мая Нильс Юэль поднял флаг командующего флотом, который теперь состоял только из датских кораблей. Экипажи радостно приветствовали это назначение. Простые матросы любили адмирала за его благородный и спокойный характер.

Шведский флот больше не мог считаться стратегической угрозой, и на последнем этапе войны Нильс Юэль использовал свой флот для набегов на шведское побережье и морские коммуникации. К началу лета 1679 года война стала понемногу затухать, и 26 сентября был подписан мирный договор. Король Христиан выразил свою благодарность флоту, который сумел одержать победу на море и таким образом избавил Данию от множества несчастий. Но успехи датчан на море были уравновешены их неудачами на суше, и условия мирного договора просто восстановили существовавшее до войны положение.

Адмирал Хенрик Бельке был освобожден от должности председателя совета адмиралтейства в том же году, и с этого момента Нильс Юэль становится настоящим командующим датским флотом. В 1678 году он получает место в королевском совете. Когда в 1683 году Бельке умер, Нильс Юэль официально стал председателем совета адмиралтейства. Его путь к этой должности был долгим и трудным.

По приказу короля Нильс Юэль продолжал развивать датский флот и его береговые базы. Крупная база флота была построена на островах Кристиансё возле Борнхольма, чтобы наблюдать за новой шведской базой в Карлскруне на южном побережье Швеции. Были улучшены условия жизни экипажей и подготовлены новые уставы. Увеличение флота требовало расширения системы базирования, и в конце 1680-х годов Нильс Юэль начал строительство новой базы флота в Нюхольме — районе недалеко от Копенгагена. Главная база датского флота и сегодня расположена там.

Кроме почестей, бой в бухте Кьёге сделал Нильса очень богатым человеком. Его доля в призовых деньгах от захвата шведских кораблей составила около 25000 риксталеров, что равнялось его 5-летнему жалованию как лейтенант-генерал-адмирала. Он приобрел несколько имений, самым известным из которых был замок Вальдемара на острове Тосинге возле южного берега острова Фюнен. В Копенгагене он купил один из лучших участков земли в районе Новой Площади. Там он построил особняк, работы в котором завершились в 1686 году. Это здание стало его зимней резиденцией. Нильс Юэль пользовался большой популярностью у горожан, среди которых было много его бывших матросов. Когда адмирал состарился, он начали звать его «добрый старый рыцарь».

Насколько известно, семейная жизнь Нильса Юэля сложилась счастливо. Один из его сыновей стал высокопоставленным правительственным чиновником и сохранил имение «замок Вальдемара». Дочь в 1687 году вышла замуж за одного из его товарищей адмирала Христиана Бельке.

Здоровье Нильса Юэля впервые пошатнулось в 1690 году. В это время он особенно много работал. Король приказал ему проверить соответствие офицеров флота своим должностям. Список офицеров с пометками старого адмирала является прекрасным свидетельством трезвого ума и доброго характера Нильса Юэля, который всегда проявлял заботу о своих подчиненных.

После 1693 года Нильс Юэль начал серьезно болеть, но продолжал свою ежедневную работу в адмиралтействе. Старый герой скончался 8 апреля 1697 года в 11.00. Похороны со всеми соответствующим почестями состоялись 17 июня. Он покоится в Хольменс-кирке, церкви датского флота в Копенгагене. Под барельефом на саркофаге высечена длинная поэма, девятая строфа которой считается одной из вершин датской поэзии. Она гласит:

Самые крупные морские войны эпохи расцвета парусных флотов вели между собой Англия и Франция. Всего можно насчитать 7 таких войн, объединенных в 3 пары, а еще одна война втиснулась между второй и третьей парой. Первыми были война Аугсбургской Лиги (1689 — 97 годы) и Война за испанское наследство (1702 — 13 годы). Это были континентальные войны, которые были вызваны непомерными амбициями короля Людовика XIV. За ними последовала двадцатилетняя передышка, которую сменили Война за австрийское наследство (1740 — 48 годы) и Семилетняя война (1756 — 63 годы). Хотя эти войны тоже в основном являлись европейскими, Англия и Франция начали упорную борьбу за колониальные империи. Жестокое поражение, которое потерпела Франция, подтолкнуло ее вмешаться в Американскую революцию 1778 года. Франция не столько желала отстоять собственные интересы, сколько пыталась насолить Англии. Эта попытка оказалась успешной, но привела к огромным финансовым расходам. Плачевное состояние французских финансов и послужило одной из причин падения монархии Бурбонов. Это в свою очередь привело к последним англо-французским войнам — Французской революции (1793–1802 годы) и Французской империи (1803 — 14, 1815 годы). В действительности это была одна затяжная континентальная война, лишь изредка маскируемая фарсом переговоров и перемирий.

Среди обстоятельств, которые позволили Великобритании победоносно окончить все эти войны, кроме одной, самым важным являлся географический фактор. Принципиальная разница между положением противников заключалась в том, что вражеская армия не могла вторгнуться в Великобританию по суше. Неуязвимость от вражеского вторжения позволяла Великобритании направлять почти весь свой военный бюджет на развитие флота, тогда как уязвимость северных границ вынуждала Францию отдавать приоритет развитию армии. Кроме того, состояние экономики позволяло Великобритании тратить на оборону гораздо больше средств, что еще более усиливало неравенство. Франция была вынуждена дробить свои ресурсы, и это давало Великобритании преимущество, которое она умело использовала. Англичане всегда находили союзников на континенте, готовых сражаться с французами. Лишь одну войну «коварный Альбион» не сумел выиграть — как раз ту, в которой ему пришлось сражаться в одиночку, — Американскую революцию.

Географическое положение Франции давало Великобритании еще одно преимущество — побережье Франции было разделено надвое Иберийским полуостровом. Поэтому Франция была вынуждена делить свой флот на две части: Атлантическую эскадру, которая базировалась в Бресте, и Средиземноморскую, которая базировалась в Тулоне. Поэтому Франции никак не удавалось сосредоточить флот для прикрытия вторжения через Ла-Манш, что было единственным способом нанести поражение Великобритании. Королевский Флот постоянно срывал попытки объединения французских эскадр. Именно неспособность сосредоточить флот сорвала попытки французов организовать вторжение в 1692, 1759 и 1805 годах. Провалилась и попытка заменить Тулонскую эскадру объединенным испано-голландским флотом, предпринятая в 1797 году. Лишь однажды Франции действительно удалось создать условия для высадки на берегах Альбиона — в 1779 году. В конце лета в портах были собраны транспорты и 40000 солдат. Французам удалось объединить Брестскую эскадру и испанский флот, что дало им господство в Ла-Манше. Но тут на борту кораблей началась эпидемия оспы, вспыхнула цинга, и вторжение провалилось, так и не начавшись.