Скобелев, признав необходимым покончить с Пулат-ханом во что бы то ни стало, 24 октября выступил из Намангана по направлению к городу Чусту с тремя ротами, полутора сотнями и четырьмя орудиями. С уходом русских войск уже в самом Намангане началось народное восстание, и жители его при помощи подошедших кипчаков осадили наманганскую крепость со всех сторон. Три дня русские войска отражали приступы неприятеля на еще не вполне приведенную в оборонительное состояние крепость, делая постоянные вылазки.

К счастью, 27 октября возвратился генерал Скобелев, узнавший о начавшемся восстании. Подойдя к Намангану, он бомбардировал мятежный город, жители которого, понеся большой урон (до 3000 убитыми и ранеными), попросили пощады.

Но и этот урок мало подействовал на кипчаков, и они снова вскоре сосредоточились в числе до 20 тысяч человек около города Балыкчи, под начальством Вали-Тюры-хана. Перейдя вброд реку Нарын, генерал Скобелев направился со 2-й ротой 2-го стрелкового батальона и полусотней конных стрелков на штурм балыкчинских завалов; артиллерия открыла огонь, а кавалерию послали в обход города, чтобы преградить отступление неприятелю. Быстро взяв с бою три завала, штурмовая колонна заняла базар, где наткнулась на конных кипчаков, задержанных своим же завалом. Под огнем стрелков в этой тесноте кипчаки падали рядами, запрудив всю улицу. Общая потеря неприятеля составила до 2000 убитыми и ранеными.

Очистив край от шаек смутьянов, Скобелев направился к Маргилану, где снова сосредоточилась масса кипчаков. Желая выместить свое поражение на наших пленных, их вывели в Маргилане на площадь, потребовав принять мусульманство, но так как русские солдаты остались тверды, то их зверски зарезали. Унтер-офицера 2-го стрелкового батальона Фому Данилова подвергли продолжительной мучительной пытке: отрубали пальцы, вырезали ремни из спины и поджаривали на угольях. Несмотря на страшную боль, мученик остался непреклонен и умер, оставив долгую память о своем непоколебимом мужестве даже среди врагов.

В это время Пулат-хан, торжественно въехав в Коканд, начал собирать там новых приверженцев.

Разорив по дороге все кишлаки, брошенные жителями, Скобелев выслал сильный отряд в горы, куда вывезены были мятежниками их семьи. Видя тогда свое безвыходное положение, часть кипчаков выслала депутацию с просьбой о пощаде. Наложив контрибуцию и потребовав выдачи вожаков газавата, Скобелев 4 января вновь подошел к Андижану и, произведя рекогносцировку подступов, решил штурмовать город, для чего были заготовлены штурмовые лестницы, тараны, топоры и зажигательный материал. Перед штурмом два раза предложено было андижанцам сдаться, но из высланных парламентеров первый вернулся без ответа, а второго зарезали и голову его выставили на стене.

Утром 8 января после молебна и залпа из 12 орудий передовой отряд есаула Штакельберга (одна рота и полсотни казаков) взял штурмом пригородный кишлак Екимск, а затем начали бомбардировку Андижана, во время которой выпущено было до 500 снарядов. Ровно в полдень огромные конные массы кипчаков внезапно напали сзади на наш вагенбург, но командовавший им майор Ренау отбил ружейным огнем это нападение. В это же время под рев летевших снарядов колонны полковников барона Меллера-Закомельского и Пищемуки и капитана Ионова двинулись на штурм.

Неприятель, по-видимому, ждал атаки со стороны оврага Андижан-Сая, по которому шли русские войска на штурм три месяца тому назад, и поэтому особенно сильно укрепил в этом месте свою позицию. Заметив свою ошибку, андижанцы стали наскоро строить новые завалы и укрепления, осыпая в то же время русские войска градом пуль. Колонны капитана Ионова были направлены на высоту Гуль-Тюбе, сильно укрепленную, господствовавшую над городом и являвшуюся как бы цитаделью. Беря один завал за другим, лихо поднялись стрелки 1-го батальона на высоту и, переколов ее защитников, утвердили свой значок на ней.

Но сам город приходилось брать с бою, так как каждая сакля, а в особенности медресе и мечети, окруженные высокими стенами и занятые засевшими за ними андижанцами, представляли собой нечто вроде маленьких крепостей. С вечера и всю ночь наши батареи посылали свои снаряды по тем местам, откуда раздавались выстрелы. Масса снарядов, с воем рассекавших воздух и осыпавших дворы, производя пожары, заставила большую часть кипчаков вместе с Абдурахманом искать спасения в бегстве.

9 января улицы города очищались от завалов посланными ротами, а 10 января Андижан уже окончательно был в наших руках, и Скобелев занял ханский дворец, перед которым был отслужен благодарственный молебен. На высоте Гуль-Тюбе устроили редут на 17 орудий и поставили русский гарнизон. На андижанцев наложили контрибуцию.

Но и после занятия Андижана до полного умиротворения края было еще далеко. Рассеявшиеся по всему ханству шайки кипчаков волновали мирное население, нападая в то же время на русские отряды, вследствие чего началась чисто партизанская война.

Решив окончательно очистить ханство от мятежников, Скобелев с отрядом из двух рот, сотни конных стрелков, пяти сотен казаков, четырех орудий и ракетной батареи направился к городу Асаке, около которого сосредоточились до 15 тысяч кипчаков под начальством Абдурахмана-Автобачи, по-видимому, в последний раз решившего вступить в бой с русскими войсками. Обстреляв Асаки и высоты, занятые неприятелем, отряд, переправившись через глубокий овраг, полез на высоты и быстрым натиском выбил неприятеля, а казаки лихой атакой рассеяли 6-тысячную колонну сарбазов, составлявшую резерв. Потерпев полное поражение, Абдурахман-Автобачи 28 января сдался на милость победителей.

12 февраля русские войска снова заняли город Коканд, а кокандскому хану Наср-Эддин-хану было объявлено, что ханство присоединяется навсегда к России.

Успевший бежать с небольшой частью своих приверженцев, Пулат-хан все еще пытался продолжать восстание, уйдя в горы, пока не был пойман и по распоряжению генерал-губернатора казнен в Маргилане, на месте его зверской расправы с русскими пленными. Бывший же кокандский хан Наср-Эддин-хан и Абдурахман-Автобачи высланы в Россию.

Но каракиргизы, привыкшие в ханские времена к своеволию, долго еще не могли успокоиться. Для прекращения волнений Скобелев выступил по направлению к Гульче с тремя сотнями и одним ракетным станком. Затем, заняв выходы с гор в Ферганскую долину небольшими отрядами и сформировав несколько летучих отрядов под командой полковника Меллера-Закомельского, сам с двумя ротами стрелков, полусотней казаков, одним горным орудием и двумя ракетными станками двинулся из города Оша к Алайскому хребту, направив в обход две колонны — майора Ионова и полковника князя Витгенштейна.

Каракиргизы, оказавшие вначале сильное сопротивление, стали быстро отступать, понеся большой урон. Во время одного из поисков отрядом князя Витгенштейна была взята в плен царица Алая Мармонджок-Датха, управлявшая алайскими киргизами. Поскольку алайская царица, пользовавшаяся большим влиянием, признавала власть России, то и каракиргизы изъявили вскоре полную покорность. Таким образом, закончилось фактическое присоединение Кокандского ханства к русским владениям.

Из Ферганы с предместьями была образована Ферганская область с назначением первым военным губернатором области ее завоевателя, генерала М. Д. Скобелева. В память о нем впоследствии главный город Новомаргилан переименовали в Скобелев[5].

Вместе с покорением Кокандского ханства окончено было завоевание Туркестана, давшее России возможность окончательно и прочно утвердиться в Средней Азии.

Генерал-адъютант генерал от инфантерии М. Д. Скобелев. Есть счастливые имена, которые, получив известность еще при жизни самих деятелей, после их смерти передаются от одного поколения к другому, вставая в памяти народной во весь свой гигантский рост, а подвиги таких лиц, окруженные легендами, оттеняются особенно сильно в представлении народа; это какие-то богатыри, не только стоящие на голову выше своих современников, но и имеющие особые свойства, выделяющие их из числа всех остальных людей, получивших известность. К ним несомненно принадлежит имя генерал-адъютанта М. Д. Скобелева.