Когда южнопонтийские города Синопа, Амис, Гераклея, с которыми боспорцы издавна торговали, перешли на сторону римлян, недовольство населения Боспора усилилось. Махар после своей измены не мог покорить вновь отложившиеся Пантикапей, Нимфей, Феодосию и другие города по берегу Понта. В течение 65-63 гг. до н. э. стратеги Митридата силой подчиняли их, хотя ясно было, что жители не хотят поддерживать побежденного царя. Когда он прибыл в Фанагорию, там против него поднялось восстание, к которому примкнули и другие города. Узнав о приближении отца, Махар хотел скрыться в Херсонесе. В пантикапейском порту по его приказу были сожжены все корабли, которые могли быть использованы для погони. Но и это не помогло. По одной версии он покончил с собой, по другой — его убили посланные в погоню митридатовцы.

Сам царь впервые за весь период своего правления и подчинения Боспора обосновался в царском дворце Пантикапея. То, что он, явно помня о своем спасении в детстве в Малой Армении и на Боспоре, снова бросился будучи в опасности в эти места, еще раз подтверждает нашу гипотезу, что Перисад V, как и армянский царь, тогда какое-то время воспитывал его при своем дворе. Поэтому Митридат все еще считал эти земли своими собственными владениями, поскольку они ему были переданы лично, а не завоеваны. Первое, что он сделал, обосновавшись в Пантикапее, — это начал готовиться к новой войне с римлянами. Ни жестокие поражения в битвах, ни измена сыновей и потеря тысяч воинов не остановили его, не утихомирили его воинственность и мечту овладеть всем миром. Все отложившиеся при Махаре города вновь подчинились его силе и вынуждены были способствовать его военным планам. На этот раз он начал подготовку грандиозного похода на Рим. Он планировал начать его на Боспоре, откуда войска вдоль северного побережья Понта через Фракию, Паннонию и Македонию должны были двигаться на Рим с севера. Все вожди причерноморских скифо-сарматских народов поддержали этот план царя. Чтобы еще больше укрепить с ними связи, он обручил с ними своих дочерей.

Римские войска в это время блокировали Боспор с моря. Митридат же с помощью своих сыновей и сподвижников занимался набором солдат в армию, заготовкой оружия и всего необходимого для сухопутного похода. Боспорские города, с одной стороны, зажатые римлянами и не имеющие возможности торговать с южнопонтийски-ми центрами, а с другой, недовольные многочисленными поборами даже с самых бедных, рекрутированием в солдаты, все более понимали, что несет им царствование Митридата Евпатора. Первой восстала Фанагория. Ее сопротивление и дух свободы были так сильны, что Митридат не смог взять этот город. По данным того же Аппиана, несколько сыновей Митридата и его дочь Клеопатра руководили здесь военными действиями, но вынуждены были сдаться в плен фанагорийцам. Вслед за Фанагорией восстали Феодосия, Нимфей, Херсонес, на помощь которых надеялся царь. Предал его и находившийся на Боспоре сын Фарнак. Он перешел на сторону римлян и тайно уговаривал сторонников отца к измене.

В итоге взбунтовались не только жители городов, но и солдаты его армии, с которыми он собирался отправиться на Дунай, чтобы объединиться с кельтами для борьбы с Римом. Восставшие провозгласили Фарнака царем. Митридат, страшась быть выданным римлянам, укрепился в царском дворце Пантикапея. В 63 г. до н. э. в возрасте немногим более 70 лет он вместе с дочерьми принял яд. По сведениям Аппиана, он отличался таким крепким здоровьем и так часто предохранялся от разных ядов, что даже выпитый в этом возрасте смертельный напиток на него не подействовал. Тогда он подозвал к себе командира телохранителей галла Битоита. «Большую поддержку и помощь твоя рука оказывала мне в делах войны, — сказал ему царь, — но самая большая будет мне помощь, если ты теперь окончишь мою жизнь; ведь мне грозит быть проведенным в торжественном триумфе, мне, бывшему столь долгое время самодержавным правителем этой страны ... Самого же страшного и столь обычного в жизни царей яда — неверности войска, детей и друзей — я не предвидел, я, который предвидел все яды при принятии пищи и сумел от них уберечься». Битоит убил Митридата и закололся сам.

Так бесславно ушел из жизни самый закоренелый и опасный враг Рима. Узнав о его смерти, римляне ликовали и праздновали победу над властелином Понта десять дней. Тем не менее Помпей, уважая силу своего непримиримого врага, распорядился похоронить его с царскими почестями в столице его царства. Набальзамированное тело Митридата Евпатора на корабле было доставлено в Синопу и захоронено в царской гробнице.

Митридат VI Евпатор действительно мог бы создать сильное всепонтийское государство с автономными городами и племенными объединениями, если бы постоянно придерживался умеренной филэллинской политики и не стремился к бесконечным захватам чужих территорий, не насаждал в греческих городах полуиранские порядки, которые проводились в жизнь наместниками, сатрапами, тиранами и иными ставленниками, непомерно обогащавшимися за счет жителей. Восстание греков на Боспоре стало одной из главных причин предотвращения новой войны Митридата с Римом. Насколько это было важно для римлян, свидетельствует тот факт, что Фанагория получила права свободного города, а ее правитель Кастор стал другом римского народа. Поднявший против Митридата войска его сын Фарнак был утвержден на боспорском престоле Помпеем и в его подчинение был передан даже Херсонес Таврический. Так началась новая страница в истории Боспора, которая на протяжении трех последующих веков была тесно связана с историей Римской империи.

Получив власть на Боспоре, Фарнак (63-47 гг. до н. э.) предпринял ряд мер, направленных на стабилизацию как внутреннего, так и внешнеполитического положения царства, экономика которого была истощена в ходе войн Митридата VI Евпатора с Римом. В азиатской части Боспора он решительно подавил сепаратизм местных племен, которые, воспользовавшись временным ослаблением центральной власти, решили выйти из подчинения Боспора. Тем не менее экономическое и политическое положение оставалось сложным.

Распад триумвирата и начало гражданских войн в Риме в конце 50-х гг. I в. до н. э. породили у Фарнака иллюзии о возможности объединения под своей властью территорий, входивших ранее в состав царства его отца. Но, будучи реалистичным политиком, он не спешил. Когда к нему обратились сторонники Помпея с просьбой о помощи против Цезаря, Фарнак им отказал. Окончательно решение о реставрации державы Митридата VI он принял, когда, по его мнению, сложилась благоприятная ситуация.

Прежде чем выступить против римлян, царь осадил Фанагорию и ряд соседних с ней городов, настроенных против него. Принудив Фанагорию дать заложников, после января 48 г. до н. э. он двинулся через Колхиду в Малую Азию, оставив вместо себя наместником Асандра, получившего титул архонта в 49/48 г. до н. э. До этого Асандр был этнархом, т. е. вождем одной из племенных группировок.

Фарнак. Изображение на боспорской монете

Начав борьбу с римлянами, Фарнак относительно легко захватил Колхиду и Малую Армению, отдельные города Каппадокии и Понта. К концу 48 г. до н. э. он был близок к своей цели — воссозданию державы отца. Тем более, что Цезарь, занятый войной в Египте, не мог сразу вмешаться в события на Востоке. Однако после окончания Александрийской войны и восстановления в правах Клеопатры, Цезарь форсированным маршем двинулся навстречу Фарнаку. Боспорский царь пытался заключить с ним мир на любых условиях и даже предлагал ему в жены свою дочь, видимо, Динамию. Но Цезарь отклонил эти предложения и в решающей битве при Зеле 2 августа 47 г. до н. э. разбил армию Фарнака, который с тысячей всадников бежал в Синопу. Оттуда он переправился на Боспор и, собрав скифов и сарматов, захватил Феодосию и Пантикапей. Но осенью этого же года был убит в ходе вооруженного столкновения со сторонниками Асандра, опиравшегося на население азиатской части царства.