Диофант завоевал для Митридата не только скифов и тавров. Заодно с этим в Понтийское царство вошли Боспор, Херсонес Таврический, Ольвия и Тира. После присоединения этих центров имя Диофанта не упоминается. Покоренные скифы больше не угрожали греческим городам. Некоторые римские историки даже называли Митридата Евпатора скифским царем. Очевидно, под этим подразумевалось, что в Понтийское царство вошли обширные земли в Северном Причерноморье, которые исконно назывались Скифией. Но около 96 г. до н. э. римский сенат постановил, чтобы Митридат Евпатор возвратил скифам их родовые владения. После этого вопреки Риму со скифскими вождями были заключены союзные договоры, по которым те обязывались поставлять войска для ведения войны. В Понтийскую державу вошли также многие области Западного Причерноморья и Фракии. После присоединения всех причерноморских земель Митридат, преисполненный силы и уверенности в победе, решил завоевать Малую Азию, Македонию, Грецию и Рим.

Все припонтийские города выпустили на протяжении короткого времени монеты, на которых в том или ином образе был изображен Митридат Евпатор. Наиболее интересно то, что он идентифицировал себя с Александром Македонским. Его портретным изображениям в облике Геракла придавались черты Митридата Евпатора. Начиная с 102 г. до н. э. он носил эпитет Дионис, и его изображения в образе этого бога украшали понтийские царские монеты.

Объединение всех припонтийских греческих городов в одно государство поначалу принесло много выгод. Избавление от выплаты дани и прекращение варварских набегов позволило грекам возобновить занятие сельским хозяйством, ремеслами и торговлей. Несмотря на то, что только сатрапия с центром в Пантикапее поставляла Митридату Евпатору, по сведениям Страбона, 180 тыс. медимнов хлеба и 200 талантов серебра, боспорские города вновь начали расцветать. Семь победоносных лет понтийского царя, интенсивное развитие торговли, усмирение пиратских разбоев на Понте Эвксинском привлекли на его сторону греческие города. Так, благодарные граждане Нимфея за избавление от сарматских вторжений и грабежей воздвигли статую Митридата Евпатора, на постаменте которой была высечена надпись. Сохранилась она фрагментарно, но из оставшихся слов ясно, что они величали его царем царей, Дионисом, благодетелем и, видимо, спасителем. Памятники «царю царей» стояли и в других боспорских городах, хотя он сам, по всей видимости, не посещал еще эти местности.

Все военные операции и завоевания проводились на Боспоре под руководством его стратегов — сначала Диофанта, а затем Неоптолема. Первый из них после покорения скифов и включения Боспора в состав Понтийского царства, возможно, попал в опалу потому, что херсонеситы все победы и успехи приписали не Митридату, а Диофанту, увенчав его золотым венком и установив его бронзовую статую в святилище верховной богини города Партенос. Неоптолем воевал в основном с азиатскими варварами. Однако и ему вскоре после перехода его брата, тоже стратега, на сторону римлян пришлось уйти с исторической арены.

После включения в Понтийское царство Пантикапей Фанагория и Горгиппия получили права автономии и самоуправления, началась чеканка серебряных монет. Изображение на них головы Митридата Евпатора и его символики показывает, что на самом деле их права были несколько ограничены. Как и в других регионах Понта, на Боспоре проявлялась его филэллинская политика, нашедшая яркое отражение в поощрении экономического роста полисов. «Краеугольным камнем филэллинской политики Митридата в Азии и Греции было сокращение до минимума частных и общественных долгов полисов, освобождение их от налогов на пять лет, поощрение производственной деятельности и торгово-ремесленных слоев, — считает исследователь Понтийского царства С.Ю. Сапрыкин. — Царь провозгласил освобождение рабов, право полисов давать гражданские свободы ксенам и метекам, отмену долгов, перераспределение собственности, в том числе земельной. Хотя большая часть этих мер была направлена против римских порядков, они во многом способствовали подъему экономической жизни полисов, росту их политической самостоятельности. Перечисленные мероприятия коснулись и Северного Причерноморья. Показатель тому — предоставление серебряной чеканки городам, что служит критерием высокого уровня благосостояния».

В недавно найденном постановлении Совета и Народа Фанагории, датируемого 88/87 г. до н. э., указывается о предоставлении гражданских прав наемникам из других стран, всем, кто отслужил достойно срок службы и вел себя дружественно по отношению к городу. Вместе с тем были даны привилегии не платить налоги за пользование местом жительства при расселении и усыновлении, а также освобождение от всех взносов и повинностей кроме призыва на военную службу. Из сообщения Плутарха известно, что в 80-е годы до н. э. «старинными владениями в Понте и на Боспоре вплоть до необитаемых областей за Меотидой» управлял один из сыновей Митридата Евпатора. Поскольку это были его наследственные земли, то ими мог управлять кто-то из старших сыновей. Обычно считается, что это был Митридат Младший.

Сохранилось также интересное свидетельство Аппиана: «Митридат, уйдя в Понт, воевал с колхами и жителями Боспора, отпавшими от него. Колхи просили его дать им царем сына его Митридата и, получив его, тотчас подчинились. Но так как у царя возникло подозрение, что это произошло по плану его сына, желавшего стать царем, то он, призвав его к себе, заключил в золотые оковы и немного спустя казнил, хотя он оказал ему большую помощь в Азии против Фимбрии. Против же жителей Боспора он начал строить большой флот и готовить огромное войско, при этом размах приготовлений сразу создал впечатление, что все это собирается не против боспорцев, но против римлян».

Эти события происходили после неудач Митридата в первой войне с Римом (89-84 гг. до н. э.). Греческие города вынуждены были платить дань, размеры которой постоянно увеличивались. Все это, естественно, пагубно сказывалось на их экономике и положении населения. Разочаровавшись в силе и добродетели Митридата, многие граждане, в том числе и знать, стали помышлять о выходе из состава Понтийского царства. Этот процесс был характерен как для боспорских городов, так и для многих других центров огромной державы Митридата. Однако царь не хотел мириться с их неповиновением. Боспор чересчур много для него значил.

После второй столь же неудачной, но более короткой войны с Римом Митридат Евпатор, вновь подчинив Боспор и Колхиду, послал туда в 81/80 г. до н. э. наместником своего сына Махара. С этого времени политика понтийского царя по отношению к греческим городам стала более жесткой, лишенной филэллинских черт. Чеканка монет прекратилась. В денежном обращении превалировала понтийско-пафлагонская медная монета. Митридат накануне третьей, последней войны с Римом всеми способами пытался укрепить царскую власть.

Действительно, в период затяжной, длившейся почти десять лет (74-63 гг. до н. э.) войны основные силы и продовольствие поставляли северопонтийские племена и греческие города региона, в первую очередь Боспор. В войсках Митридата Евпатора служили скифы и тавры. Плутарх сообщает, что царь особенно доверял Олфаку, правителю подвластного Боспору племени дандариев, отличавшемуся умом, силой, смелостью и выполнявшему все его поручения. Однако даже самые воинственные племена и народы не смогли предотвратить поражение Митридата. Хорошо организованная армия Помпея в ожесточенной битве разбила его войска в 66 г. до н. э. на территории Малой Армении. Преданный армянским царем Тиграном Митридат около года с небольшим отрядом скрывался в Колхиде. Оттуда он переправился на Боспор, где по-прежнему правил его сын Махар. Он не верил в победу своего отца и еще задолго до его прибытия в 70 г. до н. э. объявил себя другом и союзником Рима. Даже в войне за Синопу столицу Понтийского царства он оказывал помощь римским легионерам, послав им продовольствие, которое было собрано на Боспоре для армии Митридата Евпатора.