Правящая верхушка Российской Империи была серьезно напугана разразившейся крестьянской войной, поэтому Екатерине II пришлось пойти на ряд крайних мер, предпринятых для искоренения в народе памяти о бунтовщиках. Родную станицу Емельяна Ивановича перенесли в другую местность и переименовали в Потемкинскую. Реку Яик назвали Уралом, а представителей яицкого казачества стали величать уральскими. Запорожскую Сечь расформировали полностью по причине ее большой опасности для Российского государства.

При допросах Пугачева, которыми руководил лично Степан Шешковский, главный секретарь Тайной экспедиции, Екатерина II интересовалась у следствия главным образом вопросом, кто его подтолкнул к восстанию, были ли сподвижники в Москве. В июне 1774 года яицкую секретную комиссию возглавил генерал-майор Потемкин, осенью того же года зачинщиков вооруженного восстания перевели в Москву для проведения дальнейших следственных действий. В результате допросов Потемкиным Пугачев вынужден был оговорить себя и других участников, признавшись в некоем «раскольническом заговоре». Однако данная информация впоследствии не подтвердилась, и следствие было завершено.

Александр Суворов, конвоировавший Пугачева, отзывался о казаке, как о хорошем военноначальнике, который знает толк в военной науке, а также как о человеке, обладавшим превосходной выдержкой и достоинством. Многие люди, удостоенные личной аудиенции Емельяна Ивановича, рассказывали о том, что указывая на портрет Павла, на котором был изображен великий князь, приговаривал: «Жаль мне Павла Петровича, как бы окаянные злодеи его не извели!». Екатерина II в письме Вольтеру зимой 1774 года презрительно отзывалась о лидере народного восстания: «Маркиз Пугачев, о котором вы снова пишете в письме от 16 декабря, жил как злодей, и окончил свою жизнь трусом».

Над биографией Емельяна Ивановича работал Александр Сергеевич Пушкин, создавший образ Екатерины II в своем знаменитом произведении «Капитанская дочка». В нем императрица описывается как румяная молодая 40-летняя женщина с глазами голубого цвета, излучавшая важность и спокойствие. Образ Пугачева в «Капитанской дочке» противопоставлен Екатерине, поскольку предводитель народного восстания был движим чувством справедливости, великая императрица, в свою очередь, являлась олицетворением самодержавного произвола. Гринев, персонаж произведения Пушкина, описал царицу как очень хитрую и изворотливую особу, которая очаровывала людей, после чего пользовалась их простотой и доверием. Об этом красноречиво говорит сцена диалога Екатерины II с Марьей Ивановной в императорском саду.

Поскольку сведения о лидере народного восстания на протяжении сотен лет находились под грифом «секретно», как находятся и до сих пор, узнать достоверную информацию о Пугачеве довольно непросто. По неподтвержденным данным, сама фамилия «Пугачев» происходит от слова «Пугач», и была выдумана пропагандистами царского двора с целью сделать образ знаменитого бунтаря отталкивающим и нелицеприятным. Армию Емельяна Ивановича во многих официальных источниках именовали не иначе, как «бандой», а всех членов вооруженного народного формирования — преступниками.

Правительство Российской Империи на протяжении длительного периода пыталось скрыть происходящие кровавые события от иностранного дипломатического корпуса. Когда армия под предводительством Пугачева вовсю орудовала по территориям Поволжья, немецкий посол граф Сольмс догадался о текущем положении дел благодаря отсутствию черной икры на торговых прилавках. Ряд неофициальных источников, включая отзывы ближайших сподвижников Пугачева, утверждают, что в его распоряжении были несметные богатства, принадлежащие башкирским и татарским ханам. Однако на сегодняшний день имя счастливчика, обнаружившего лошадиную попону, расшитую сапфирами и рубинами или другие сокровища Пугачева, неизвестно.

Торгутский побег или исход в Джунгарию — переселение калмыцкого народа (среди которых преобладала этногруппа торгуты) в Джунгарию в 1771 году, на территории современного Китая. Спасаясь от притеснений со стороны правительства российской империи и стремясь воссоединиться со своими родственниками, почти 170 000 калмыков отправились в коварный путь по среднеазиатским степям. Тысячи погибли из-за суровых условий и вражеских атак. Выжившие обосновались в Джунгарии, где были достаточно гостеприимно приняты в Китайской Тартарии (не путать с Китаем). Сегодня побег торгутов символизирует важность сохранения культурной самобытности среди невзгод.

Переселение калмыков в Джунгарию в 1771 г. в первую очередь было вызвано стечением факторов. Основные причины включают в себя:

• Ограничение ханской власти царским правительством в годы правления Дондук-Даши (1741–1761) и Убаши (1761–1771).

• Кризис в Калмыцком ханстве из-за колонизации земель русскими помещиками и крестьянами, что привело к сокращению пастбищных угодий.

• Ущемление прав правящей верхушки и вмешательство царской администрации в калмыцкие дела.

• Падеж скота в калмыцких улусах в суровую зиму 1767–1768 гг. усугубился указом 1768 г., запрещавшим продажу хлеба калмыкам в неустановленных местах.

• Сужение кочевого ареала после строительства укрепленной Царицынской линии и последующего заселения края донскими казаками.

Эти факторы в конечном итоге привели к широко распространенной идее возвращения на свою историческую родину, Джунгарию, находившуюся в то время под властью Китайской Тартарии.

Переселение в Джунгарию планировалось в течение нескольких лет (1767–1770 гг.) торгутскими и хошутскими нойонами, а также высшим буддийским духовенством, составившим астрологический прогноз, определив благоприятный год и месяц для переселения. 5 января 1771 года нойоны во главе с молодым наместником Калмыцкого ханства Убаши начали переход на историческую родину. В миграции участвовало от 140 000 до 170 000 человек, по разным оценкам количества вагонов, используемых для их перевозки. Путешествие по казахским степям было сопряжено с трудностями, так как они постоянно теряли людей, скот и имущество из-за суровых условий и нападений казаков.

Для противодействия переселению правительство Екатерины II разослало циркуляр яицким казакам, воеводе в Оренбурге и ханам казакских жузов. Однако их усилия не увенчались успехом из-за поздней реакции, отсутствия продовольствия и фуража. Кроме того, казакские жузы относились в то время к Независимой Тартарии (Средняя Азия), влияние на которую у Екатерины II не было. Таким образом, им пришлось воевать не с войском Российской империи, а с войсками Независимой Тартарии. К тому времени Великая Тартария была в состоянии распада, общего управления Волхвами не было. Калмыкам удалось значительно продвинуться на казакские территории, по пути даже разорив несколько казакских селений. Первая битва между калмыками и казахами произошла на реке Жем, где Убаши потерпел поражение. Несмотря на неудачу, калмыки продолжили путь, минуя Моголжар и переправившись через Торгай. По мере продвижения вперед число погибших и ослабленных людей продолжало расти.

В конце концов калмыки достигли берегов реки Мойнта, где их окружила объединенная армия казаков во главе с Абылай-ханом. В ответ калмыцкие вожди направили к Абылай-хану посла, предложив ему доступ в Бодан. Абылай созвал военный совет для обсуждения предложений калмыцких послов. Однако в ночь на третий день калмыки предприняли сильную атаку и прорвали окружение. Казакские войска преследовали калмыков, пытавшихся обойти пресноводный западный берег Балхаша и подняться по реке Или в Джунгарию. Однако казаки заставили их идти по пустыне, что привело к значительным потерям. Лишь наиболее стойкой и хорошо вооруженной группе удалось с большим трудом добраться до Джунгарии.

Отдельная группа калмыков во главе с Танжу Таем прошла вдоль северного побережья Балхаша, а затем по реке Или в Джунгарию. Они столкнулись с многочисленными трудностями, в том числе стычками с местными казаками, нехваткой воды и неумолимой пустынной местностью. Несмотря на эти трудности, они упорно продолжали свой путь, движимые желанием добраться до родины своих предков. Прибыв в Джунгарию, калмыки-переселенцы обнаружили, что их историческая родина сильно отличается от того, что они себе представляли. Китайская Тартария контролировала регион в течение нескольких десятилетий, и многие коренные жители были убиты или перемещены. Земля больше не была плодородным пастбищем, как они себе представляли, а их когда-то процветающая родина превратилась в пустыню и бесплодие.