Новая фаза исследования Behouden Huys началась в 1992 году, когда за дело взялся П. В. Боярский и его Морская арктическая комплексная экспедиция (МАКЭ). Результатом первой разведки стало обнаружение приблизительно 730 предметов, лежавших на поверхности земли, в том числе большого фрагмента корпуса исторического деревянного корабля, который по данным Кравченко находился на берегу. В то же лето в Ледяной Гавани провели разведку также исследователи из Арктического центра Гронингенского университета под руководством Лауренса Хакеборда. И русские, и нидерландские исследователи сошлись во мнении, что необходимо срочно осуществить тщательное исследование, т. к. сохранившиеся фрагменты Behouden Huys были крайне нестабильны и подвержены эрозии под влиянием изменяющихся климатических условий, а также арктического туризма. Требовалось безотлагательно задокументировать имеющиеся остатки постройки. Несмотря на историческую информацию в журнале Херрита де Вейра, на различные музейные коллекции и наблюдения предшествующих экспедиций, неясными оставались такие элементарные вопросы как точное расположение, устройство и размеры деревянного дома. Только детальные археологические раскопки могли дать ответы.

Поэтому в 1993 и 1995 гг. Морской арктической комплексной экспедицией (МАКЭ Фонда полярных исследований и Российского научно-исследовательского института культурного и природного наследия имени Д. С. Лихачёва) и Амстердамским археологическим центром при Амстердамском университете, Археологическим институтом Российской Академии наук были организованы две исследовательские экспедиции. Программа этих экспедиций имела широкий междисциплинарный характер и ставила целью геологические, климатологические и биологические исследования, а также инвентаризацию культурно-исторических памятников в регионе Новой Земли. Археологические исследования касались дома, корабля и могилы Виллема Баренца и Клааса Андрисса Хоутлейка, умерших 20 июня 1597 г. на пути домой. На песчаном побережье Спорого Наволока было найдено и задокументировано большое количество разрозненных деревянных элементов корабля. Корабль Баренца, севший на лед и оставленный здесь после зимовки, по-видимому, затонул у берега. По расположению корабельных обломков и обнаруженного ранее большого фрагмента корпуса можно заключить, что остов корабля находится совсем близко от береговой линии.

Для обнаружения могил была проведена операция в заливе Иванова на западном побережье. Эта попытка найти могилы была продолжена в 1998 г. Морской арктической комплексной экспедицией (МАКЭ), но в результате было выяснено, что никаких могил там нет (Zeeberg e. a. 2002). Вполне возможно, что Баренц и его спутник были похоронены на льду, так что их могилы в итоге не сохранились.

Главным пунктом программы экспедиции были системные раскопки места, где стоял Behouden Huys, и археологическое исследование следов на всем ареале. Во время раскопок 1993 г. в центре внимания оставалась внутренняя часть дома, а в 1995 на карту были нанесены точные места всех находок вокруг лома. В результате, несмотря на эрозию и ущерб, нанесенный охотниками за сувенирами, была собрана богатейшая информация. Находки 1993 и 1995 гг. — это не только существенное дополнение к имеющимся музейным экспонатам. Еще более важно то, что в совокупности с обнаруженными следами на всем ареале и остатками строения они проливают новый свет на конструкцию Behouden Huys и деятельность его обитателей в 1596 г.

Строение расположено приблизительно в 45 метрах от края обширного плато на берегу Ледовой Гавани на восточной стороне Новой Земли. Пляж находится примерно четырьмя метрами ниже и имеет в этом месте ширину около 120 метров. От первоначальной постройки теперь осталось только четыре не скрепленных друг с другом бревна, лежащих прямоугольником, ориентированным с севера на юг, размерами приблизительно 8,5*5,9 м. Бревна представляют собой грубо обработанные и частично оставшиеся круглыми стволы деревьев диаметром от 20 до 40 см. Анализ древесины показал, что это сибирская лиственница (Larix gemelinii). Это те стволы, о которых Х. де Вейр сообщает, что для строительства дома их доставили с берега Ледяной Гавани.

Хотя есть все основания считать, что это остатки постройки XVI века, нельзя быть уверенными, что тот прямоугольник, который мы видим сейчас, совпадает с изначальным расположением дома. Кроме того, исследования прошедших лет дают разные результаты измерений дома. В 1933 г. русский геолог Б. В. Милорадович говорит о прямоугольнике 9*6 м (Милорадович 1934), Кравченко зафиксировал в 1982 г. величину дома 8,6*6,2 м (Кравченко 1983 а, б), Хакеборд указывает внутренние размеры 7,8*5,5 м (Hacquebord 1996,1996), а Боярский во время своей экспедиции 1992 г. записал цифры 8*6,9 м (Боярский 1994). Не исключено, что за время, проходившее от одного измерения до другого, бревна меняли свое положение. Ситуация, описанная Карлсеном, была ближе всего к первоначальной. В своем письме 1872 г. он упоминает о нижней части дома, состоящей из нескольких стволов деревьев, соединенных между собой по типу сруба. Это описание согласуется с замечанием Де Вейра о том, что они строили дом «норвежским способом». Согласно Карлсену, прямоугольник имел размеры 10,5*6,28 и нижняя его часть состояла из четырех бревен (80 см), положенных одно на другое (Bonke & Floore 1995. Hacquebord 1995,1996. Нопогё Naber 1917). Бревна, которые сегодня находятся на восточной и западной стороне, имеют длину лишь 5,32 и 5,56 м, т. е. они короче, чем указанная Карлсеном длина дома, в то время как от сильно обветренного северного бревна осталось только 5,8 м. У южного бревна сохранились неповрежденные концы с замковыми вырезами. Его длина 6,24 м соответствует ширине дома, указанной Карлсеном. Пятое бревно длиной 6,2 м, лежавшее в стороне от прямоугольника и служившее, видимо, элементом конструкции крыши, также указывает на такую ширину.

Другие указания на расположение и размеры дома были скрыты в земле. Жизненный ареал зимовщиков оказался обозначен кругообразной концентрацией мхов и прочей арктической вегетации с прямоугольником в середине. Органические остатки и фосфаты в человеческих фекалиях, оставшиеся на почве после десяти месяцев пребывания здесь голландцев, стали плодородной почвой для растений в крайне бедной на органику полярной пустыне. Территория распределения археологических находок в земле шла полукругом к югу от прямоугольника на расстояние примерно в 3 метра от восточного бревна и в 5 метров от южного. Эта территория была ограничена канавкой глубиной 15-20 см, заполненной органическим материалом и археологическими находками. Данная канавка являлась элементом природной топографии и не была специально вырублена зимовщиками.

Кроме того, были обнаружены три примечательные полукруглые концентрации камней на том уровне, где была поверхность земли в XVI веке, рядом с восточным и западным бревнами, соответственно у северо-восточного, юго-восточного и юго-западного угла. Это природные скопления камней, возникшие в результате геологических процессов под влиянием вечной мерзлоты и промерзания почвы. Однако они несут на себе следы вмешательства рук человеческих. Структура камней здесь более мелкая, чем обычно, и они имеют форму полукруга с одной ров ной стороной, так как другая половина круга была удалена при закладке дома, чтобы получить ровную площадку. Бревна, составлявшие нижний венец, были затем уложены прямоугольником вдоль наполовину удаленных кругообразных скоплений камней. Это — первое конкретное указание на первоначальное расположение прямоугольника из бревен.

Восточное бревно сейчас лежит вдоль срезов двух из этих маленьких плато и вплотную к ним, однако западное бревно изначально должно было лежать чуть западнее. Если провести прямые линии вдоль этих срезов, то западное и восточное бревна оказываются сориентированными точно на север и лежащими под прямым углом к северному бревну, которое заглублено в землю и потому, по всей видимости, лежит на своем первоначальном месте.