С первой волной негодования Минору Аракава столкнулся в мае 1988 года, когда лицензиаты перестали получать свои заказы в полном объеме, поскольку Nintendo столкнулась с мировым дефицитом микрочипов. Nintendo обвиняли в том, что она намеренно подстроила нехватку или, по крайней мере, сгущала краски. Аракава и его коллеги держали лицензиатов на коротком поводке, выдавая им игры, словно конфеты M&M's ребенку. Критики начали обвинять Nintendo в выполнении заказов только избранных компаний и игнорировании других, не столь приближенных.

В тот период действительно возникла нехватка чипов, что повлияло на всю индустрию электроники. Nintendo производила в месяц почти 2 миллиона устройств и 6 миллионов картриджей, и ко всем требовались дефицитные чипы. Когда в середине 1989 года нехватка стала особо острой, Nintendo убрала из своего каталога дюжину игр. Одной из жертв стала игра Donkey Kong. Также пришлось отложить производство новых игр, включая продолжение The Legend Of Zelda и, позднее, Super Mario Bros. 3 от Сигэру Миямото. Nintendo также ввела спорную практику распределения картриджей среди лицензиатов. Шон МакГован, аналитик по рынку игрушек из компании Gerard Klauer Mattison Co., в интервью The Wall Street Journal сказал: «Чем больше дефицит чего-либо, тем больший статус у обладателя этого. Выгодно поддерживать дефицит [игр]». Тем не менее он признал, что Nintendo не виновата в дефиците до такой степени: «Спрос оказался намного выше ожиданий, они бы хотели выпускать намного больше продуктов. Неполное удовлетворение спроса — одна из их стратегий, но не до такой же степени».

Возникли вопросы о размере ущерба Nintendo от нехватки чипов и возможности найти альтернативные источники чипов. Кроме того, яростной критике подвергся способ распределения картриджей. Судьбы лицензиатов находились в руках Хироси Ямаути и Минору Аракавы. Хироси Иманиси объяснил японским журналистам систему распределения: «Лицензиаты заказывают определенное количество картриджей, затем мы оцениваем их игру. Основываясь на этих оценках, мы делаем вывод о количестве картриджей, которое можем отгрузить». Представители американских компаний, крупно вложившихся в бизнес с Nintendo, были оскорблены. Дефицит случился в то время, когда клиенты покупали все игры подряд.

Аракава, Линкольн и Хуана Тингдейл, отвечавшая за работу с лицензиатами, держали оборону от всех посетителей, диапазон настроений которых варьировался от просьб до угроз. Руководство Nintendo не могло успокоить президентов компаний, разместивших свои заказы, например, на миллион картриджей и получивших сто или двести тысяч. Некоторые обвиняли Nintendo в саботаже. Риторика других была откровенно антияпонской: «они» делают это с «нами». Их доводы заключались в том, что Nintendo могла бы получить достаточное количество чипов, но отказывалась работать с неяпонскими производителями полупроводников. Аракава немного умерил общий пыл, сказав, что неяпонские чипы были слишком плохого качества. «Если американцы начнут делать хорошие чипы по нормальной цене, мы с большой радостью их будем покупать, — сказал он. — Но пока мы не смогли найти здесь хорошее качество по хорошей цене». Говард Линкольн добавил: «Программа лицензирования всегда строилась по принципу равенства лицензиатов. Мы никогда не отклонялись от этого. Мы были бы рады помочь нашим друзьям, но по факту исключений мы никогда не делали».

Боб Ллойд, один из самых близких друзей Аракавы и Линкольна, подтвердил, что никаких преференций не получал, хотя и настойчиво их об этом просил. Грег Фишбах из Acclaim звонил и умолял Линкольна о привилегиях, но также остался ни с чем. «Дефицит уравнял всех, — говорил Фишбах. — Любая компания распродавала весь тираж любой игры вне зависимости от качества и уровня управления компанией. Каждый, у кого был готовый продукт, мог с легкостью его продать».

С ослаблением дефицита Nintendo смогла закупать больше чипов. Однако цены изменились, некоторые чипы стали стоить вчетверо дороже. По некоторым заказам Nintendo уже установила цену, поэтому теперь решила подождать, а не продавать картриджи с невысокой маржой. К тому времени, как цены во второй половине 1989 года упали, момент был упущен и многие компании недополучили миллионы долларов.

Но это был только один из спорных моментов, настраивавших лицензиатов против Nintendo. Гэйл Тильден в Nintendo Power олицетворяла возможность NOA вершить судьбы компаний. Каждый месяц она с помощниками просматривала список новых игр с оценками. Вместе с Говардом Филлипсом и несколькими другими людьми она лично тестировала большинство игр из списка, после чего советовалась с начальством о степени освещения игры в журнале. Тильден наблюдала за тем, насколько игра «глубока» и насколько, по ее выражению, «подробное описание потребуется, чтобы дать полную картину». Освещение в Nintendo Power сильно влияло на то, станет игра хитом или нет. Лицензиаты, выпуская очередную игру, считали материал в Nintendo Power сопоставимым по влиянию рекламы с другими элементами стратегии продвижения.

Начали возникать обвинения в том, что Nintendo использовала журнал для манипуляций и контроля за индустрией. Хорошие игры от компаний, не пользовавшихся благосклонностью Nintendo, игнорировались, в то время как некоторые ужасные игры обширно освещались в журнале. Глава одной из компаний-лицензиатов сказал: «Если бы Nintendo была недовольна моими играми, я бы получил меньше картриджей и низкие оценки в Nintendo Power». Он мог разочаровать Nintendo, например, выпуская игры для Sega или других конкурентов или критикуя систему чипов либо условия лицензионного соглашения.

Тильден утверждала, что игры лицензиатов имели равные с играми Nintendo шансы получить крупный обзор в Nintendo Power. Однако представитель одного из лицензиатов сказал: «Их игры всегда попадают на обложку, им посвящают множество страниц, в то время как мы должны довольствоваться упоминаниями между делом». Тильден возражала, что игры Nintendo получали высокие оценки и заслуживали соответствующего освещения. Nintendo действительно придерживалась своей философии, сформированной Ямаути еще в NCL: выпускать несколько игр высокого качества в год. Обычно NOA выбирала из списка NCL несколько игр, выпущенных в Японии. Как правило, это были действительно выдающиеся игры. Уровень отбора в совокупности с оградительным маркетингом NOA позволял «выстреливать» каждой третьей игре, в то время как для игр лицензиатов это соотношение примерно равнялось одному к двадцати.

Чтобы доказать свою заинтересованность в лицензиатах, Nintendo предложила им помощь в разработке игр. Говард Филлипс встречался с разработчиками и высказывал свои критические замечания и предложения. Советы «мастера игры» многие компании считали бесценными. «Я оценивал игры так, будто я был обычным игроком, получившим новинку, и сравнивал ее со всеми предыдущими играми», — рассказывал он. Другие компании не были столь благодарны. «Они считали, что мы учим их строить бизнес», — говорил Филлипс.

Тони Харман, работавший в группе оценки игр, также работал с лицензиатами. Помимо того, что он давал советы, его группа проверяла разрабатываемые игры на соответствие стандартам Nintendo. Однако за всем они уследить не могли. Харман работал с компанией Jaleco, готовившей версию игры Maniac Mansion для NES; для этого Jaleco купила лицензию у создателей игры, компании LucasArts. В итоге Хартман дал добро на выпуск игры, и уже были проданы тысячи картриджей, как вдруг кто-то в Nintendo заметил в игре сцену, в которой хомяка можно было положить в микроволновую печь, где он взрывался.

Nintendo сообщила Jaleco, что эту сцену необходимо удалить из будущих картриджей. В пресс-релизе Jaleco выступила в защиту оригинальной версии игры: «Jaleco USA ни в коем случае не призывает помещать грызунов внутрь бытовой техники, но этот момент забавно выделяется даже на фоне столь эксцентричной игры».