Чекисты активно участвовали в пресечении бандитизма и экономических преступлений, осуществляли мероприятия по линии контрразведки, вели разведывательную деятельность, но основная доля их усилий по-прежнему приходилась на область политического сыска. Постоянные репрессии изымали, в первую очередь, активных критиков существовавших порядков. С началом наступления на нэп в 1927 г. политические преследования ужесточились, а в 1929 г. приблизились к уровню начала 20-х гг.

Полпред Л.М. Заковский, обладая полноценной информацией о реакции общества на государственное насилие, оказался в противоречивой ситуации: логика классового противостояния и чекистская психология диктовали необходимость быть на острие репрессий, а необходимость поддержания политической стабильности — регулировать их так, чтобы не вызвать крайних форм противостояния народа и власти. Исполняя директивы верхов и сибирской правящей верхушки, полпред ОГПУ до начала эпохи «великого перелома» проявлял меньше радикальности, чем экстремистски настроенные местные партийные руководители, требовавшие самых крутых мер по противодействию «кулацкой опасности». Однако с октября 1929 г. Заковский практически оставил колебания и, уяснив курс на полную ликвидацию «кулачества», сразу вывел полномочное представительство в число наиболее активных по СССР с точки зрения развёртывания прямых репрессий, о чём говорят цифры арестов осени 1929 г.

В течение 1920-х гг. основная масса населения Сибири, особенно сельского, жила и хозяйствовала относительно самостоятельно (в отдалённых районах даже существовала купля-продажа земли), достаточно свободно отправляла религиозные обряды и имела немало возможностей уклоняться от соприкосновения с властями, особенно в наиболее глухих местах края. Распространение коммунистической идеологии сильно ограничивалось малочисленностью партийно-комсомольской прослойки и относительной слабостью местного управленческого аппарата. Однако сравнительно немногочисленные органы безопасности имели большие агентурные возможности и огромный опыт силового, в том числе террористического воздействия на общество. Они играли роль висящего на стене заряженного ружья, обречённого выстрелить в момент, указанный режиссером.

Возобновление политики массовых репрессий потребовало нового качества чекистской работы. Получив широкие возможности для внесудебной расправы с помощью «троек», органы ОГПУ добились согласия властей на стремительное наращивание своей численности. И аппарат, и политическое влияние ОГПУ вскоре после начала «великого перелома» оказались сопоставимыми с численностью и влиянием органов безопасности периода существования ВЧК.

В период 1918–1929 гг. в Сибири была создана мощная карательная структура, ядром которой выступали органы ВЧК-ОГПУ, приданные им войска, а также милиция. Органы безопасности быстро стали важнейшей частью государственного аппарата, подвергаясь реформированию в соответствии с текущими потребностями системы. Перед ЧК-ОГПУ не было закрытых учреждений и неприкосновенных лиц, пределы их вмешательства в общественную жизнь в большой степени определялись ими самими, что соответствовало пониманию роли чекистов со стороны правящей элиты.

В течение всего рассматриваемого периода ВЧК-ОГПУ старались расширять свои полномочия, быстро освоив методы исполнения социального заказа со стороны как политического руководства, так и собственно чекистского начальства. Власть, прибегавшая к методам террора, нуждалась в бесчисленных врагах и заговорах как для устрашения всех нелояльных, так и для поддержания в обществе атмосферы взвинченности, ненависти к «шпионам», «вредителям», «диверсантам», «саботажникам». В свою очередь, карательный механизм, исходя из ведомственных интересов и демонстрируя свою эффективность, поставлял верхам как можно более внушительные цифры разоблачённых «врагов народа». Органы безопасности вели интенсивную агентурно-оперативную работу против нелояльных лиц, периодически обрушиваясь на них всей силой репрессивного аппарата. Физическое истребление политических противников и подозреваемых в сочувствии им было призвано не только гарантировать стабильность режима, но и создать совершенное общество, свободное от «эксплуататорских классов».

Масштабный красный террор в Сибири начали осуществлять партизанские отряды, а сразу после изгнания колчаковцев для репрессирования причастных к белогвардейской власти создавались следственные комиссии на местах. К весне 1920 г. по всей Сибири были образованы губернские и уездные чрезвычайные комиссии, руководимые полпредством ВЧК, а также крупные подразделения транспортных органов ВЧК и военной контрразведки, сформирован агентурный аппарат. Был твёрдо пресечён сепаратизм сибирского руководства, пытавшегося отстоять независимость Сибчека от центра. До начала 1922 г. численность органов ВЧК непрерывно возрастала. Будучи вооружённым отрядом коммунистической партии, они демонстрировали подчёркнутую жестокость к врагам режима, культивируя идеологию и традиции гражданской войны.

Карательная политика региона подчинялась общим направлениям, диктуемым Москвой, но в Сибири была значительно жёстче в течение всего десятилетия. В начале 20-х годов это было связано с размахом повстанческого движения, а также с отношением властей к населению как «кулацкому» и «спекулянтскому», в середине и второй половине 20-х — с постоянными кампаниями внесудебных расправ над уголовными элементами. Официальную карательную политику усугубляли проявления крайне распространённого в Сибири «красного бандитизма».

В ходе первой масштабной социальной чистки 1919–1922 гг. в Сибири были уничтожены многие десятки тысяч политических противников коммунистического режима, причём основная часть репрессированных приходится на жертвы подавления Западносибирского и других восстаний. Чекисты внесли существенный вклад в разгром крестьянских мятежей, а также в борьбу с организованной уголовной преступностью. Для стиля работы ЧК того периода были характерны повальные аресты, пыточное следствие, преимущественно заочное осуждение обвиняемых коллегиями уездных и губернских чека, массовые бессудные расправы. Количество сфабрикованных «контрреволюционных заговоров» исчислялось сотнями.

В отдельных случаях за фабрикацию дел чекисты могли понести ответственность, но в целом картина, рисовавшая обилие «заговоров», никогда не корректировалась. В практике репрессий начала 1920-х гг., как и позднее, карательные органы сохраняли высокую степень автономности. Уничтожение агентов-провокаторов вместе с членами «заговоров» давало известные гарантии того, что фабрикации дел останутся чекистской тайной. Региональные и центральные власти знали о специфических методах работы ЧК с арестованными и закрывали на это глаза.

С 1922 г. чекистам приходилось согласовывать свои действия с прокуратурой, часто вынуждавшей ОГПУ прекращать заведённые дела. Однако привычные методы получения признательных показаний — угрозы, шантаж, провокации, избиения — сохранялись в арсенале чекистов. Прежним оставалось их отношение и ко всем непролетарским слоям, которые рассматривались как потенциально опасные и подлежащие преследованиям.

Поскольку доктринальные установки большевиков были куда ближе к «военному коммунизму», нэп для большинства из них являлся именно отступлением, тактическим шагом. Поэтому, когда режим почувствовал угрозу своему существованию в связи с сопротивлением деревни, он применил силу и с помощью чекистов физически ликвидировал целые социальные слои и группы, сопротивлявшиеся тотальному огосударствлению жизни. Таким образом, нэповский поворот весны 1921 г. противоречил основной тенденции коммунистической власти, а перелом осени 1929 г. соответствовал её внутренней логике.

Чекисты являлись важной частью аппарата управления и всегда претендовали на особое положение в нём. Партийно-советское руководство старалось контролировать чекистов, часто вмешиваясь даже в агентурно-оперативную деятельность, однако конспиративность работы ВЧК-ОГПУ позволяла органам безопасности иметь известную свободу манёвра, а слежка за номенклатурой, обладание специфической информацией и независимыми каналами её переправки в высшие инстанции позволяли чекистским начальникам активно участвовать в политических интригах. Если в середине 1920-х гг. численность и влияние ОГПУ были наименьшими, то затем обострение политической обстановки вновь привело к возрастанию их роли. При этом органы безопасности оставались под партийным контролем, исполняя установки правящей верхушки.