Главой первой из созданных в Сибири губчека стал С.А. Комольцев, ранее руководивший Ялуторовской уездной организацией РКП(б) и уездчека. Председателем Тюменской губчека он являлся лишь с 15 сентября по 20 октября 1919 г. Деятельность аппарата новорожденной губчека очень скоро вылилась в большой скандал: уже 9 октября Сибревком сообщил Левитину, что постановил «немедленно отстранить» Комольцева от должности. Президиум ВЧК в феврале 1920 г. приговорил Комольцева к заключению в концлагерь за хищение многочисленных драгоценностей, изъятых при обысках. Под арест и суд за мародёрство пошли, помимо председателя, его заместитель П.Ф. Зернин, заведующий Тобольской уездной чека Б.В. Падерня, уполномоченный по Ялуторовскому уезду Ф.В. Залевин, а также четыре комиссара, занимавшиеся обысками и арестами, комендант здания губчека и два кладовщика[51]. Комольцева заменил прибывший из Москвы Ф.С. Степной.

В середине декабря 1919 г. омские власти дали распоряжение срочно отправить вагоны с оперсотрудниками формирующихся губчека в Барнаул и Новониколаевск. К вагонам с чекистами цепляли теплушки с караульными ротами, которые должны были стать вооружённой силой при губчека. Отправление этих спецпоездов, однако, задержалось примерно на две недели — вероятно, из-за трудностей с комплектованием чекистских аппаратов.

Сибчека уже к концу осени 1919 г. располагала рядом уездных органов и уполномоченных в уездах. Петропавловский уездный ревком 1 ноября 1919 г. постановил образовать уездную чека, которая начала свою деятельность с 9 ноября. Ревком тогда же постановил, что чека будет временно исполнять функции губернской и «обслуживать» уезды Омской губернии. 26 ноября 1919 г. ревком постановил довести до сведения Сибчека, что Петропавловская ЧК слагает с себя обязанности губчека «и начинает работать в уездном масштабе». Чека состояла из 53 чел. во главе с большевиком с 1906 г. П.Я. Петрухо (в январе 1920 г. его сменил Е.А. Анучин). Только до конца 1919 г. она арестовала 104 чел., в том числе 70 — за «контрреволюцию» и агитацию против властей.

С 22 ноября 1919 г. стала работать Ишимская уездная чека во главе с переведённым из Тюмени А.А. Шамариным; под его начальством в Ишиме к исходу года было 33 сотрудника. До своего прибытия в Тюмень чекист Шамарин отличился террором в Пермской губернии. К 31 декабря 1919 г. ишимские чекисты арестовали 111 чел. за контрреволюционные действия и антисоветскую агитацию, одного — за шпионаж, 30 — как подозрительных, 25 — за выдачу белым советских работников, 20 — за должностные преступления, по пять — за спекуляцию и сокрытие вещей «бежавшей буржуазии», четверых — за кражи, троих — за пьянство, двоих — за дезертирство. Из этих 206 арестованных расстреляли до конца 1919 г. двоих: одного — за контрреволюцию, второго — за должностное преступление[52].

Сравнительную немногочисленность первоначальных арестов и расстрелов чекисты «компенсировали» жестоким обращением с задержанными, в чём им деятельно помогали руководящие работники местных органов власти. В начале 1920 г. в представительство ВЧК попала жалоба от содержавшихся в ишимской тюрьме Ф. Нестерова и его сыновей — Николая и 15-летнего Степана. Узники заявили, «что при их аресте в начале января настоящего года их пытали и истязали председатель Больше-Сорокинского 1-го волисполкома Моисей Степанович Сидоренко и комиссар Ишимской уездной ЧК Ефрем Иванов. Николаю Нестерову прижигали подошвы ног сальниками и вбивали в голову гвозди, Фёдора Нестерова били шашкой по спине и Степана Нестерова стегали ремнём, били шомполом и по лицу кулаками, стращая истязуемых тем, что если они заявят или сообщат кому-либо о пытках над ними, то их же расстреляют»[53].

К самому концу 1919 г. аппарат Сибирской чрезвычайной комиссии вполне сложился. Его составляли в основном опытные чекисты, им подчинялись работоспособные губернские и уездные территориальные комиссии. И тем не менее, в результате серьёзной ведомственной интриги Сибчека внезапно оказалась ликвидированной.

Осенью 1919 и в начале 1920 г. обозначилось противостояние Сибревкома и Кремля по вопросу о принципах подчинённости чекистских органов и руководства ими. Сибирские власти, хотя и задыхались от нехватки кадров, с исключительной ревностью относились к усилиям центра навязать им своих людей. Попытка Дзержинского в сентябре 1919 г. прислать руководителем Сибчека московского чекиста Ф.С. Степного явно возмутила сибиряков из-за его несоответствия масштабам Сибири.

Телеграмма члена Сибревкома М.И. Фрумкина председателю Сибчека М.Ф. Левитину, отправленная в начале октября 1919 г., гласила, что, хотя в Челябинск уже прибыл Ф.С. Степной, посланный Дзержинским на должность председателя Сибчека, полномочия Левитина не отменяются. Левитину поручалось «в случае надобности» назначить Степного председателем Тобольской (Тюменской) губчека. Именно так и было сделано, в результате чего кандидат на руководство Сибчека застрял в Тюмени до середины следующего года, а Сибчека продолжала действовать на правах отдела Сибревкома. Одновременно в Сибирь для организации органов ЧК был отправлен начальник Секретного отдела ВЧК С.Г. Уралов, но о его деятельности осенью 1919 г. сведений пока не обнаружено (за исключением нахождения в Уфе в начале ноября 1919 г.), и трудно точно сказать, когда он появился в Сибири. Известные источники утверждают, что это произошло только в конце декабря 1919 г.[54].

Дзержинский сделал паузу и, когда Сибирь была в основном занята красными, более удачно попытался сменить Левитина своим доверенным лицом и превратить самостоятельную Сибчека в региональное подразделение ВЧК. Сибревком до последнего полагал, что Сибчека должна быть руководима Левитиным и подчиняться Сибревкому. Его председатель И.Н. Смирнов 13 декабря телеграфировал секретарю ЦК РКП(б) Н.Н. Крестинскому: «Нужно организовать областную Сибирскую чека, подчинённую Сибревкому. Просим Дзержинского утвердить своим уполномоченным [в Сибири] Левитина».

Вскоре руководство Сибревкома сообщило непосредственно Дзержинскому следующее мнение: «Сибревком считает существование Сибчека необходимым. Председателем Сибчека назначен тов. Левитин, знающий Сибирь и лично известный Сибревкому как работник. Вами прислан товарищ Уралов на пост лредгубчека Омской. Сибревком настаивает на утверждении кандидатуры предсибчека Левитина и сохранении Сибчека как организации областной для непосредственной организации, контроля и инструктирования чрезвычкомов Сибири. Сибчека за всю свою деятельность отвечает перед ВЧК и работает по инструкциям последней. Сибревком просит откомандировать товарища Уралова в распоряжение Сибчека для организационной работы…».

Однако Дзержинский, заручившись поддержкой ЦК РКП(б), всё же отправил в Омск именно С.Г. Уралова. Омские власти, смирившиеся с отстранением Левитина, хотели получить для его замены бывшего зампреда ВЧК Я.Х. Петерса, чтобы, возможно, подчеркнуть тем самым особый статус Сибири. Но, посоветовавшись с Дзержинским, Крестинский не позднее 3 января 1920 г. послал Ленину записку: «Владимир Ильич! Сибревком просит в Сибирь для организации чрезвычайной комиссии и борьбы с контрреволюцией Петерса. Дзержинский предлагает послать Павлуновского…». Ленин ответил согласием.

Дзержинский счёл, что одного члена коллегии ВЧК Уралова будет недостаточно для успешного и подконтрольного строительства органов безопасности на огромной территории. 4 января 1920 г. Крестинский телеграфировал Сибревкому: «Дзержинский с согласия Цека командирует [в] Омск для руководства всеми Сибирскими Чека члена президиума Вечека Павлуновского точка Уралов остаётся председателем Омской губчека»[55]. Таким образом, шеф ВЧК отослал в Омск своего зама по Особому отделу И.П. Павлуновского, назначив его полномочным представителем ВЧК по Сибири. Левитин ушёл с чекистской работы (получив вполне соответствующую его статусу должность главы Томского губревкома), а Сибчека реорганизовали в Омскую губернскую чека. Одновременно было принято решение о создании регионального полномочного представительства (ПП) ВЧК. Член коллегии ВЧК Уралов должен был «подпирать» полпреда Павлуновского, возглавив крупнейшую из губернских чека. Сотрудник аппарата ВЧК М.Т. Ошмарин сначала стал начальником административного отдела полпредства ВЧК, а потом и заместителем полпреда.