Губчека и уездные чека возглавлялись коллегиями, обычно состоявшими из трёх и более человек: председателя, начальника секретно-оперативного отдела, начальника транспортной чека и секретаря. В коллегию часто входили представители партийно-советских и военных органов. К заседаниям коллегий уполномоченные готовили доклады по следственным делам, в которых сообщались обстоятельства преступления, доказательная база, классовая характеристика обвиняемого и его отношение к власти, а также предлагалась мера наказания. Члены коллегий с начала 1919 г. секретным распоряжением ВЧК обязывались наблюдать за приведением в исполнение приговоров к высшей мере наказания либо непосредственно участвовать в расстрелах.

Основными оперативными отделами полпредства ВЧК-ОГПУ были секретно-оперативный (СОО), контрразведывательный (КРО), экономический (ЭКО), особый и информационный (ИНФО). В общую административную часть входили секретариат, шифровальное отделение, комендатура, хозяйственная часть. В губчека первоначально основными были юридический и секретный отделы, а затем — секретно-оперативный и особый. Руководитель СОО одновременно являлся и заместителем председателя губчека. Штаты канцелярских и прочих вспомогательных служб были раздутыми: к примеру, в конце 1921 г. почтовой цензурой в Иркутской и Омской губчека занимались отделы, насчитывавшие по 50 чел.

В апреле 1921 г. в Секретно-оперативном отделе Омской губчека во главе с А.В. Прециксом и Л.А. Казанским было 84 работника, в том числе: заведующие ИНФО и регистрационной частью, 4 сотрудника для поручений, 12 уполномоченных и их помощников, 29 информаторов, помощник коменданта, 17 агентов по обыскам, 2 фотографа и 15 канцеляристов. В Особом отделе Омгубчека главным подразделением была активная часть, насчитывавшая 7 оперативников[83].

Уполномоченные были основными оперативными работниками, которые занимались вербовкой агентуры и разработкой — вместе с руководителями — различных агентурно-оперативных комбинаций, а также следствием. В составе уездных чека и политбюро были уполномоченные по политпартиям, по шпионажу и военным делам, по экономическим делам и советским органам, по спекуляции, по бандитизму.

Каждый уполномоченный обязывался найти конспиративную квартиру для явок с агентурой. Хорошим тоном для следователя считалось участие в приведении в исполнение смертного приговора в отношении его подследственного, что должно было поднимать ответственность чекиста за тщательность расследования. Многочисленным отрядом чекистов были так называемые «комиссары», занимавшиеся обысками и арестами, а также «разведчики», осуществлявшие наружное наблюдение за подозрительными лицами. Эта была наименее квалифицированная часть оперсостава; как отмечал приказ ВЧК от 1 сентября 1920 г., во всех обследованных губчека наружная разведка была расконспирирована[84].

Чекисты объединяли в одних руках функции агентурного и наружного наблюдения, ареста, ведения следствия, вынесения приговора и приведения его в исполнение. Наличие собственных вооружённых сил давало им военную, а бесконтрольные обыски, реквизиции и конфискации имущества — ещё и определённую имущественную власть. Полпредство ВЧК занималось разведкой и контрразведкой, охраной границ, подавлением вооружённых выступлений, борьбой с бандитизмом и экономическими преступлениями, саботажем, диверсиями, а также обеспечением властей широким спектром политико-экономической информации. Но главным делом чекистов был политический сыск.

Чекисты-транспортники занимались как охраной тягового и путевого хозяйства, так и слежкой за политическими противниками. В их штате имелись специальные уполномоченные по политическим партиям, налаживавшие обширную осведомительную сеть. Часть усилий транспортников уходила на чисто милицейские функции — борьбу с хищениями грузов, носившими массовый характер.

В ноябре 1919 г. была образована Омская районная транспортная ЧК. По докладу председателя районной транспортной ЧК (РТЧК) Омской железной дороги П.П. Ивонина, Сибирский ревком 13 марта 1920 г. дал взаймы чекистам 5 млн руб. на организацию РТЧК в Томске и Иркутске. Сформированная летом 1920 г. сибирская окружная транспортная ЧК (СибОКТЧК) включала в себя аппараты РТЧК Омска, Томска и Иркутска, отделения на крупных железнодорожных и речных узлах, равные по штатам уездным чека, а также линейных уполномоченных на менее крупных станциях. Коллегия окружной ТЧК состояла из руководящих работников Омской, Томской и Забайкальской (с центром в Иркутске) РТЧК. СибОКТЧК подчинялась Транспортному отделу ВЧК, начальники РТЧК входили в состав коллегий губчека. Транспортные чека самостоятельно вели следствие, коллегии РТЧК выносили приговоры и имели собственные комендатуры для исполнения расстрелов.

Помимо охраны безопасности и порядка на железной дороге, органы ЧК предпринимали значительные усилия для контроля водных коммуникаций. Однако заполнить вакансии оказалось трудно. В начале августа 1920 г. томское отделение водной РТЧК, возглавляемое Н.А. Собесским, имело вместо 108, положенных по штату, всего 53 чел., из которых 25 находились в командировках. В числе 28 сотрудников имелись: начальник отделения водной РТЧК, 6 уполномоченных, 4 комиссара, 10 агентов, а также 7 машинисток и канцеляристов. Учитывая, что канцелярия работала в Томске, можно заметить, что большая часть оперативного состава постоянно находилась в разъездах[85].

Штаты отделений транспортных ЧК оказались громоздкими, но стабильно росли, в значительной степени за счёт находившихся внизу иерархии разведчиков-«топтунов». В конце января 1920 г. председатель участковой ТЧК ст. Новониколаевск обращался к партийным властям с просьбой выслать 20 чел. для пополнения в связи с откомандированием части штата на фронт, а на апрель 1920 г. в УТЧК состояло 49 чел., в том числе 32 партийца. На ст. Барабинск Омской железной дороги в середине 1921 г. работало свыше 65 чекистов: заведующий отделения, его заместитель, секретарь, комендант, уполномоченный по делам службы движения, телеграфа и военных сообщений, уполномоченный по наружной разведке и уполномоченный по делам магистральной службы и подготовки топлива, два помощника уполномоченных. Остальные чекисты были рядовыми: линейных агентов на станциях — 19, разведчиков наружного наблюдения — 28, оперативных разведчиков — 3, канцелярских и курьерских работников — 8[86].

О широте задач, стоявших перед транспортными чекистами, говорит инструкция (утверждённая полпредом ВЧК и Сибревкомом) об образовании в июне 1921 г. секретного пункта районной ТЧК из 7 чел. на судах торговой экспедиции Сиботделения Внешторга. Он имел право на слежку, обыски и аресты, должен был вести борьбу «с политической и технической контрреволюцией», саботажем, хищениями, проникновением в экипажи дезертиров и шпионов, предотвращать провоз под видом загрантоваров оружия и белогвардейской литературы. За беспорядочные аресты, которые чуть не сорвали экспедицию Сибвнешторга по Оби и Енисею, в июле 1921 г. представитель ЧК Б.В. Феоктистов полпредством был отозван.

Спецификой состава транспортных ЧК было то, что их наполняли лица с опытом работы на железнодорожном транспорте. Квалификация и дисциплина чекистов-транспортников были такой же низкой, как и у их коллег из губчека и губотделов ВЧК-ГПУ. С целью повышения квалификации в Омске в сентябре 1923 г. была открыта школа Транспортного отдела ГПУ с 8-месячным курсом обучения, в которую сибирские губкомы обязывались послать 50 курсантов-коммунистов[87].

Из-за отсутствия четкого разграничения функций железнодорожные и территориальные чекисты нередко действовали несогласованно. В связи с этим руководство Иркутской губернии и РВС 5-й армии в марте 1921 г. предложили Павлуновскому объединить в одних руках руководство Иркутской губчека и РТЧК Забайкальской железной дороги, базировавшейся на территории губернии. Однако ведомственная разобщённость оказалась сильнее здравого смысла.