Вряд ли случайным было появление в Сибири в конце декабря 1919 — начале января 1920 г. (то есть до приезда Павлуновского) руководящего работника ВЧК М.С. Кедрова, который по личным заданиям Дзержинского ревизовал местные органы безопасности. Кедров не только помогал сибирским властям бороться с опустошительной эпидемией тифа, что было его официальным поручением, но и присутствовал на первых заседаниях, например, Томской (Новониколаевской) губчека и санкционировал своей подписью «полномочного представителя ВЧК» приговоры к высшей мере наказания. Специфика миссии Кедрова подтверждалась и тем, что он прибыл не один — его воспитанник и муж племянницы, молодой чекист И.Ф. Тубала (будущий крупный чиновник ОГПУ-НКВД) активно участвовал в следствии[56].

С помощью ЦК Дзержинский смог «продавить» своих назначенцев и подчинить сибирских чекистов. Одновременно он убрал из аппарата ВЧК Павлуновского, который не вполне справился с задачей реорганизации особых отделов и проявлял местнические тенденции. Теперь тот обязывался выстроить независимый от сибирских властей аппарат представительства ВЧК, руководимый присланными москвичами.

Сибирские власти не мыслили своей работы без активного участия политической полиции и продолжали вмешиваться в конкретные решения ВЧК. Телеграмма председателя Сибревкома И.Н. Смирнова Ленину, принятая в Кремле 12 января 1920 г., гласила (не публиковавшийся ранее текст выделен полужирным шрифтом):

Из ВЧК Ленину ответили, что 11 января распоряжение о выезде Особого отдела было отменено, после чего он стал базой для формирования Иркутской губчека и пополнения прочих местных органов госбезопасности, отдав свыше 100 работников. Павлуновский, задержавшийся в Москве, прибыл позже.

Тревога Смирнова относительно отсутствия чекистов в Восточной Сибири не была преувеличенной. В Иркутске до середины февраля 1920 г. существовала только Чрезвычайная следственная комиссия под председательством сначала бывшего меньшевика К.А. Попова, а затем большевика С.Г. Чудновского, отличавшаяся активным участием эсеров. Правда, в этом городе вскоре дислоцировался Особый отдел 5-й армии Восточного фронта во главе с А.П. Марцинковским. Иркутский ревком 17 февраля 1920 г. принял решение о создании губернской ЧК на базе Чрезвычайной следственной комиссии Политцентра, а затем ревкома. Председателем Иркутской губчека стал бывший председатель Чрезвычайной следственной комиссии С.Г. Чудновский, его заместителем — К.А. Попов.

Ключевые оперативные должности заняли эсеры, по наследству перешедшие в губчека из Чрезвычайной следственной комиссии: заведующим разведывательным и секретно-оперативным отделами весной 1920 г. был А.Н. Сперанский, а членом коллегии — член ЦК ПСР Л.Я. Герштейн. Но относительно быстро эсеры оказались вытеснены и заменены опытными работниками из армейского особого отдела[58].

Ситуация в Западной и Центральной Сибири не вызывала больших опасений: Тюменская губчека действовала с сентября 1919 г., а Омская губчека, из которой в большой степени черпались кадры для остальных, была крупным подразделением, располагавшим рядом уездных органов. Томская (Новониколаевская) губчека заработала с конца декабря, когда в ней насчитывалось два десятка работников. В середине января 1920 г. в Томской губчека работало уже 60 сотрудников, а к началу февраля — 130. В течение января были сформированы также Алтайская и Енисейская губчека. В конце 1919 — начале 1920 г. появились и отделения дорожно-транспортной чека на крупнейших станциях, имевших депо (например, участковые ТЧК в Тюмени, Томске, Новониколаевске, Барнауле, Барабинске и других городах), а присланный в Сибирь из Перми опытный чекист П.П. Ивонин успешно формировал аппарат районной ТЧК Сибири, Омской железной дороги и бассейна рек Западной Сибири.

Немногочисленный костяк оперсостава губернских чрезвычаек довольно быстро пополнялся опытными кадрами из Особого отдела ВЧК 5-й армии и бригадами из Москвы, прибывавшими по путёвкам ВЧК во все губернские центры. В Новониколаевске с начала февраля начал работу бывший глава Владимирской губчека А.В. Шишков, в начале марта 1920 г. в Красноярск по распоряжению Дзержинского прибыли опытные чекисты В.И. Вильдгрубе и Д.М. Иванов. Рядовые сотрудники набирались из числа военнослужащих, бывших партизан, а также партийных, комсомольских и профсоюзных работников; сотрудников транспортных органов ЧК вербовали из числа тех, кто имел опыт работы на железнодорожном и водном транспорте.

Сибирь считалась регионом, глубоко поражённым контрреволюцией, изобиловавшим белогвардейцами и кулачеством. Поэтому в этой удалённой от центра территории всю систему управления строили с известной автономией, предоставляя местным властям особые права. Сибирь была сверху донизу пронизана системой ревкомов, а Сибревком — внеконституционный чрезвычайный орган действовал на правах отдела Совнаркома до 1925 г.

Сиббюро ЦК РКП(б) и Сибревком руководили громадным краем, приводя в движение губернские, уездные и волостные ревкомы, советы, парткомы всех уровней и сельские комячейки. Структура органов ЧК (полпредство, губчека, уездные чека и политбюро, волостные уполномоченные) копировала эту систему управления, за исключением того, что на нижнем (волостном) уровне действовали в большей степени конспиративные сотрудники-резиденты, вербуемые нередко из представителей местной власти.

Зимой-весной 1920 г. функции общесибирского органа ВЧК исполняла Омская губчека, в которую с 1 января 1920 г. была преобразована Сибчека. 26 декабря 1919 г. Левитина сменил бывший начальник Секретного отдела ВЧК С.Г. Уралов. Судя по всему, он не был столь радикален, как приехавший позднее Павлуновский (возможно, именно с этим обстоятельством оказалось связано удаление Уралова из ВЧК почти сразу по возвращении из Сибири). С конца декабря 1919 г. до апреля 1920 г. Уралов руководил сначала Сибчека, а затем Омской губчека, будучи де-факто лидером всех региональных чрезвычаек[59].

Организационный период Уралов явно затянул: только к 1 февраля 1920 г. Омгубчека в основном закончила формирование основных своих отделов — Секретно-оперативного во главе с Петровым (в марте его заменил П.В. Гузаков) и Юридического под начальством Я.С. Гранова. К этому моменту Омская ЧК насчитывала 158 сотрудников, в том числе 32 — ответственных; коммунистами из них была почти половина — 72. Охранял губчека 208-й батальон из 1.500 бойцов, включавший в том числе 160 кавалеристов, 40 конных разведчиков и располагавший четырьмя пулемётами.

В отчёте для Сибревкома Уралов сообщал, что с 7 декабря 1919 по 1 февраля 1920 г. чекисты не зафиксировали ни восстаний, ни контрреволюционных заговоров. Сибчека занималась регистрацией всех прибывших в Сибирь с августа 1918 г., то есть после ликвидации советской власти, а отделы управления при губревкомах обязывались взять на учёт всех активных участников свержения большевиков. Обысков за указанный период произвели 325, конфискаций имущества — 33. Арестовано было 577 чел., в том числе 378 — за контрреволюционную деятельность, 15 — антисоветскую агитацию, 25 — спекуляцию, 26 — хулиганство, 16 — хранение оружия, 9 — шпионаж. 48 чел. были задержаны с целью выяснения личности, 5 — за убийство, 4 — за бандитизм, 4 — за саботаж, 3 — «за провокацию», по одному — за побег, дезертирство и грабёж, а одного арестовали как заложника.