Встраивание карательного аппарата в систему власти проходило с многочисленными трениями и конфликтами. Необходимость подчинения директивам Лубянки, а также политическое доминирование Сибревкома и Сиббюро ЦК РКП(б) явно тяготили нового полпреда ВЧК, стремившегося к максимальной власти. Прибыв в Сибирь, Павлуновский сразу стал ревностно оберегать свой аппарат от тех назначенцев центра, которые его не устраивали. Для собирания компромата на «варягов» он использовал самих же чекистов.
Одним из первых документов за подписью Павлуновского стал циркуляр, который в незашифрованном виде был разослан в губернские центры и произвёл ошеломляющее впечатление на руководителей губчека, ибо предлагал наладить слежку за всеми вновь прибывшими чекистами: «Всех сотрудников, прибывающих из центра, брать под сугубое наблюдение». 22 марта 1920 г. коллегия Томской (Новониколаевской) губчека отправила протестующую телеграмму в ЦК РКП(б), Дзержинскому и в Омский областном партии. В ней говорилось, что такой циркуляр «бьёт [в] глаза своей безтактностью [и] дискредитирует ЧЕКА среди населения»; коллегия губчека выражала протест «против огульных подозрений сотрудников своего ведомства[,] прибывающих [из] центра». На телеграмме сохранилась резолюция омских властей: «Запросить Павлуновского». Результаты запроса остались неизвестны, но косвенным ответом на него стала скорая замена председателя Томгубчека А.В. Шишкова, убранного с чекистской работы.
Таким образом, сразу после прибытия в Сибирь Павлуновский взялся за откровенные внутриведомственные интриги. Он не имел возможности предотвращать появления в губернских чека назначенцев Лубянки, но мог играть на противоречиях между губревкомами, губкомами и губисполкомами, с одной стороны, и прибывающими из других регионов работниками чека, с другой. Сменяемость руководящих чекистов была стабильно высокой, на что определённо влияли и личные качества полпреда, который был деспотичен и крайне груб. Кадровая чехарда позволяла ему иметь определённую степень свободы, которую он постоянно пытался расширить, противодействуя попыткам сибирских руководителей контролировать работу многочисленных губчека и политбюро.
Многозначительным выглядит факт назначения члена Сиббюро ЦК РКП(б) В.И. Хотимского в замы Павлуновского осенью 1921 г. Это была очевидная попытка партийного синклита присматривать за чекистскими делами. Но бывший подпольщик Хотимский очень скоро ушёл из чека. Возможно, его устранение из «органов» стало результатом усилий опытного в политическом интриганстве Павлуновского. Во всяком случае, у Сиббюро ЦК РКП(б) планы откомандировать Хотимского из Сибири под предлогом плохого здоровья были ещё летом 1921 г. Отметим, что в сентябре 1921 г. Сиббюро особо выделило из своего состава С.Е. Чуцкаева в качестве представителя в полпредство ВЧК — для совместного с чекистами санкционирования приговоров к высшей мере наказания. До того времени полпред ВЧК единолично давал санкции на расстрелы осуждённых[139]. Однако неизвестно, занимался ли Чуцкаев такой работой.
Противоборство чиновников различных ведомств и регионов приводили к большой кадровой чехарде. Особенно это проявилось в Новониколаевской губернско-уездной чека, где с декабря 1919 до мая 1920 г. успели сменить друг друга И.М. Кошелев, В.П. Брауде, В.Ф. Тиунов, А.В. Шишков, С.Л. Пупко и А.В. Прецикс. С осени 1920 до осени 1921 г. в Новониколаевске во главе чека побывали ещё четверо руководителей: Н. Смирнов, Р.Т. Махль, А.Г. Шайкевич и А.П. Николаев. Но и в Красноярске была сходная ситуация — с января по июнь 1920 г. там поочерёдно сменяли друг друга А.И. Мосолов, И.Г. Фридман, В.И. Вильдгрубе, Э.П. Белов и Р.К. Лепсис. Очень частая смена чекистского начальства была характерна и для Якутии. В остальных губернских чека в течение первого года работы поменялось обычно не более двух руководителей.
Начальствующие чекисты неоднократно обращались с жалобами в партийные инстанции на своевольные действия нижестоящих органов власти, а губкомы нередко принимали по этим сигналам соответствующие меры. Так, Томский губком в ноябре 1920 г. разъяснил укомам, что они имеют право контролировать только политическую сторону работы политбюро, но никак не техническую. Тезис о политической работе понимался широко. Черепановское политбюро в 1921 г. жаловалось на то, что уездные власти дают массу сторонних поручений (участие в комиссиях по улучшению быта детей, охране транспорта, учету строительных материалов), но категорически отказывают дать сотрудников, из-за чего политбюро не в состоянии удовлетворительно работать.
Некоторые поручения вышестоящих властей были для чекистов прямым унижением. В марте 1920 г. Тюменский ревком приказал чекистам следить за чистотой улиц, а секретарь Сиббюро ЦК РКП(б) в сентябре 1920 г., потребовав от отдела коммунхоза в три дня очистить выгребную яму дома ответработников Сибпартцентра, за выполнением работ поручил проследить работникам Омгубчека[140].
В ответ чекисты то и дело пеняли на расслабленную работу, а порой и на неблагонадёжность местных властей. Председатель Алтайской губчека И.И. Карклин в июне 1920 г. сурово раскритиковал деятельность губмилиции (часть рядового состава которой перешла на сторону повстанцев партизана Г.Ф. Рогова), губпродкома, совнархоза и гублеса, посетовав, что «почти во всех отделах Губревкома введён 6-ти часовой рабочий день, и после 3-х часов [дня] в них уже никого не увидишь». Тогда же глава Бийской уездчека З.А. Александров обвинял (вполне справедливо) руководство укома РКП(б) как нерешительных и не имеющих организационных способностей работников, которые не могут руководить анархичными комячейками на местах, идя им на уступки и отменяя собственные же постановления[141].
В декабре 1920 г. преемник Карклина Х.П. Щербак заявил, что в среде видных чиновников заметны «контрреволюционные влияния», выражавшиеся в том, что они препятствуют чекистам арестовывать тех или иных специалистов, представляя последних в качестве лояльных советской власти. В декабре 1921 г. новониколаевские чекисты сообщали, что «служащие Сибмилиции на службу приходят поздно, а уходят очень рано». Здесь же они отмечали, что беспартийный начальник Сиброзыска Синев «ведёт агитацию в пользу религии», в связи с чем за ним «установлено наблюдение»[142].
В целом работа Павлуновского высоко оценивалась в Сиббюро, но руководящие кадры губернских чека, невзирая на покровительство со стороны Павлуновского, постоянно натыкались на оппозицию в лице глав губкомов, губревкомов и губисполкомов. Все без исключения губкомы и губкомиссии по чистке партии в начале 1920-х гг. очень жёстко преследовали руководящих чекистов, небезуспешно изгоняя их из своих регионов — как в связи с личными конфликтами и несработанностью, так и за различные должностные проступки и моральные прегрешения.
К примеру, глав Томской губчека Б.А. Бака и С.Г. Чудновского местные власти заставили уехать из Томска; председателя Омской чрезвычайки П.В. Гузакова, а также его соратников А.И. Мосолова, Л.А. Мамендоса-Поляка и Л.Т. Богданова — из Омска (троих последних исключили из партии, причём Мамендоса-Поляка «за связь с контрреволюционерами и выдачу поддельных документов» даже предложили арестовать и отправить под конвоем в Москву); глав Новониколаевской губчека И.М. Кошелева и С.Л. Пупко — из Новониколаевска, председателя Алтгубчека И.И. Карклина — из Барнаула. Осенью 1921 г. руководитель Новониколаевской губчека А.Г. Шайкевич, а также начальники отделов губчека И.Е. Богданов и В.М. Алексеев получили строгие партийные взыскания за получение двух пайков за совместительство. Тогда же Тюменская губкомиссия по чистке партии вынесла взыскание предгубчека П.И. Студитову за бюрократизм и некие служебные преступления, постановив опубликовать об этом в печати[143].