Программа 1796 года свидетельствует, что тогда здесь изучали белорусский, русский, французский и немецкий языки, историю, физическую и политическую географию, алгебру, теоретическую и практическую механику и гидравлику, гражданскую и военную архитектуру, теорию живописи, баллистику, пиротехнику и различные ремесла. На философском курсе преподавались этика и психология, логика, онтология (учение о бытие), этиология (медицинская наука о причинах и условиях возникновения болезней), космология, астрономия, экспериментальная физика, оптика, высшая математика. По сравнению с иезуитскими школами учебные заведения царской империи были настолько примитивны, что российская знать, чтобы дать детям приличное образование, часто привозила их в Беларусь.

Выпускником Полоцкого коллегиума был один из зачинателей новой белорусской литературы Ян Барщевский, автор знаменитой книги «Шляхтич Завал ьня, или Беларусь в фантастических рассказах». Здесь учился известный польский писатель и историк Никодим Мусницкий. Среди воспитанников коллегиума — белорусский художник Валентий Ванькович, российский скульптор и гравер Федор Толстой. В энциклопедии вошло и имя Кароля Карицкого — доктора философии, профессора Виленской академии и ректора Несвижского коллегиума. Степень доктора философии имел питомец полоцких иезуитов Францишек Папроцкий, который был издателем и редактором «Литовского курьера» — первого в Княжестве информационного еженедельника.

В 1812 году коллегиум был преобразован в академию со всеми правами университета.

В тот год украинский казацкий атаман Северин Наливайко с двухтысячным отрядом ходил в богатые земли Трансильвании и Молдовы. Возвращаясь, атаман повернул на владения польского канцлера Яна Замойского и опустошил их. В ответ Замойский направил против Наливайко большое войско реестровых казаков гетмана Рыгора Лабады. Наливайко вынужден был спасаться. Взяв 7 тысяч казаков, он двинулся на Беларусь.

Уже в октябре 1595 года Северин Наливайко занял первый белорусский город — Петриков. Оттуда направился на Слуцк. По пути казаки занимались грабежами и насилием. Атаман поддерживал связь с московским послом. Награбив достаточно богатства, он, видимо, намеревался уйти в Московию.

6 ноября Наливайко вступил в Слуцк. Как ему удалось овладеть этим городом — доныне остается загадкой. Захватить подобную крепость казаки были не в силах. Вероятнее всего, кто-то открыл им городские ворота после написанного Наливайко письма с просьбой впустить его в город. Простояв в Слуцке три недели, атаман облегчил кошельки мещан на 5 тысяч грошей, набрал вдоволь всякого добра и, прихватив почти вес слуцкий арсенал (12 пушек, 80 гаковниц, 700 ручниц), оставил город. Казаки пошли на Омговичи, откуда направились к Бобруйску, но не дошли и по вернули на богатый и близкий к границе Могилев. Оттуда можно было лег ко перейти под опеку московской царя.

Сами могилевчане достаточными силами для обороны не располагали. Ош просили поддержки у гетмана Кришто фа Радзивилла, однако помощь не успела вовремя: в декабре Наливайко взял Могилев штурмом. Казаки жестоко рас правились с городом. Как сообщает летопись, они выжгли большую часть Могилева, в том числе две православны» церкви, ограбили и убили многих жите лей: «мещан, бояр, людей зажиточных как мужчин, так и женщин, детей малых побили, посекли, понасильничали добра также множество позабирали и: домов и лавок».

Две недели Наливайко стоял в Могилеве. Тем временем под Игуменом собралось наконец шляхетское войско — несколько тысяч ополчения Великогс Княжества Литовского. На казаков егс повел речицкий староста Миколай Буйвид. Отряд Наливайко занял удобную для обороны Ильинскую гору у Буйницкого поля. Поставив возы в несколько линий, он образовал замкнутый лагерь.

Битва началась утром и продолжалась до вечерней темноты. Шляхта несколько раз бросалась на штурм лагеря, но казаки легко отражали ее залпами огнестрельного оружия, которое имели в достаточном количестве. Когда стемнело и битва прервалась, Наливайко оставил позиции и лагерем начал отступать вниз по Днепру — на Быхов, затем на Рогачев и Речицу. Войско Буйвида преследовало казаков вплоть до Рогачева, но ничего не могло сделать и повернуло на Менск.

Тогда же на юго-востоке Беларуси появился другой загон украинских казаков, приведенный атаманом Шавулой. Разграбив окрестные деревни и шляхетские имения, он остановился на зиму в Пропойске.

Наливайко же, также «творя шкоду великую», двигался вдоль Припяти, поочередно занимая Давыд-Городок, Лахву, Пинск. К весне 1596 года он ушел на Украину, где его загон был разгромлен государственным войском. Сам Наливайко был схвачен и выслан в Польшу, где его четвертовали.

Позднее официальные российские историки стали утверждать, что поход Наливайко был вызван принятием унии, что казачий атаман защищал православную церковь и что это было крупное антифеодальное восстание в Беларуси.

В начале XVII в. Речь Посполитая развязала против Московского государства войну, длившуюся с перерывами почти пятнадцать лет. Она началась под флагом Дмитрия Самозванца.

Московское боярство и горожане, недовольные царем Борисом Годуновым, поддержали интервенцию. Благодаря этому Самозванец вошел в Москву и занял царский престол, но впоследствии погиб в результате бунта.

В 1607 году, когда появился второй Дмитрий Самозванец, состоялся новый поход на Москву. Вновь московская оппозиция царю искала поддержки в соседней Беларуси, вербовала белорусскую шляхту, привлекала на свою сторону крестьян. Среди добровольцев в походе участвовало немало православных шляхтичей из Могилева, Мозыря, Кричева и других белорусских городов. Через год армия Самозванца стояла у стен столицы и контролировала добрую половину Московского государства. Тогда же из Беларуси на восток двинулся отряд Яна Сапеги, а в 1609 году под Смоленском появился сам король и великий князь Жигимонт III с 20-тысячным войском.

При активной поддержке московского боярства силы Речи Посполитой в 1610 году вошли в Москву, затем штурмом овладели Смоленском. Жители Москвы признали принца Владислава своим монархом. Только два года спустя благодаря широкому освободительному движению, возглавленному Пожарским и Мининым, удалось освободить Москву.

Однако этим борьба не закончилась, и страны еще долго находились в состоянии войны. Жигимонт Ваза пытался вернуть своему сыну Владиславу московский престол. С этой целью мобилизовывались силы в Великом Княжестве и готовился новый поход.

В 1617 году гетманы Хадкевич и Гасевский снова попытались дойти до Москвы. Вновь интервенцию поддержали широкие круги оппозиции московскому царю, в частности «вольное» казачество. Однако продолжительная война истощила силы обеих сторон. В тех условиях Великое Княжество и Польское Королевство предложили Москве подписать перемирие.

Переговоры начались в ноябре 1618 года в деревушке Деулино, неподалеку от Троице-Сергиева монастыря. Московскую делегацию возглавляли бояре Ф. Шереметьев, Д. Мезецкий, окольничий А. Измайлов и другие, а уполномоченными Речи Посполитой были Л. Сапега, А. Гасевский, А. Новодворский. Обе делегации не скупились на взаимные обвинения в «неправдах», и это осложняло переговоры.

Гасевский сетовал, что московская сторона оттягивает к Ржеву и Торопцу бельские и велижские волости и что за эти границы может пролиться еще много крови. Возникали тупиковые ситуации, и однажды послы Великого Княжества уже собрались покинуть Деулино, но московские бояре убедили их остаться и завершить переговоры.

Соглашение было подписано в Деулине 1 декабря. Оно объявляло мир на 14 лет и 6 месяцев. Согласно принятым условиям, к Великому Княжеству Литовскому отходили громадные территории — Смоленщина, Черниговщина и Новгород-Северская земля с тремя десятками городов.

Предусматривался обмен пленными. Когда князю Ивану Шуйскому и Василию Янову, находившимся в обозе Владислава Жигимонтовича, предложили возвратиться в Москву, те ответили, что они целовали крест принцу. Летом 1619 года на речке Поляновка произошел обмен узниками. По одному мостику к своим перешел отец царя Филарет, московские бояре и множество ратников, по другому — «литовский полон».