По возвращении в Итальянскую армию был назначен Наполеоном военным губернатором Венеции, а в 1798 году — командующим французскими войсками во вновь образованной Луккской республике.
В 1799 году командовал дивизией в Итальянской армии генерала Б. Шерера. После поражения французских войск в сражении при Вероне своими умелыми и решительными действиями спас Итальянскую армию от полного разгрома.
В сражении на реке Адда (26—28 апреля 1799 года), когда французская армия потерпела полное поражение, Серюрье, несмотря на ранение, продолжал стойко удерживать занимаемые позиции у Вердерио. Окруженный союзными русско-австрийскими войсками А. В. Суворова, он храбро оборонялся, но, исчерпав все возможности, был вынужден сложить оружие, отдав свою шпагу Суворову. Великий русский полководец отдал должное мужеству Серюрье, вернул ему шпагу и отпустил из плена под честное слово не участвовать в боевых действиях до окончания войны. Возвращая Серюрье его шпагу, Суворов сказал: «Кто ею так владеет, как вы, у того она неотъемлема».
По возвращении во Францию Серюрье оставался не у дел, не получив никакого назначения. Осенью 1799 года вернувшийся из Египта. Наполеон Бонапарт сразу же окружил себя прежними сподвижниками, среди которых был и Серюрье. Принял активное участие в государственном перевороте 18 брюмера (9 ноября 1799 года), в результате которого к власти во Франции пришел генерал Наполеон Бонапарт.
В декабре 1799 года Серюрье был назначен членом Государственного совета, а в декабре 1802 года стал вицепрезидентом Сената.
В апреле 1804 года первый консул Французской республики Наполеон Бонапарт назначил Серюрье губернатором Дома инвалидов (одна из наиболее почетных должностей во Франции). После провозглашения во Франции империи (18 мая 1804 года) ставший императором Наполеон не забывает своего старого соратника, хотя перешагнувший 60-летний рубеж Серюрье уже окончательно отошел от ратных дел. Для четырех наиболее заслуженных генералов французской армии, не вошедших в основной список маршалов Франции, Наполеон учреждает звание «Почетного маршала Франции». Одним из этих четырех генералов, получивших звание Почетного маршала, стал Серюрье (19 мая 1804 года). Как и других маршалов Империи, Наполеон в начале своего правления осыпал Серюрье почестями и наградами. В 1803 году он получает орден Почетного легиона, в 1804 году — командорский крест ордена Почетного легиона, в феврале 1805 года — высшую награду наполеоновской Франции — Большой крест ордена Почетного легиона, в 1808 году — титул графа Империи.
Осенью 1809 года император поручает Серюрье командование Национальной гвардией Парижа. После отречения Наполеона (6 апреля 1814 года) перешел на сторону Бурбонов. При 1-й Реставрации сохранил свою должность губернатора Дома инвалидов. Кроме того, король Людовик XVIII пожаловал Серюрье звание пэра Франции и наградил командорским крестом ордена Св. Людовика.
Во время «Ста дней» перешел на сторону Наполеона, который оставил его в прежней должности и назначил пэром Франции (2 июня 1815 года). После вторичного отречения Наполеона (22 июня 1815 года) снова признал власть Бурбонов, но тем не менее за поддержку императора в период «Ста дней» был лишен звания пэра и в декабре 1815 года уволен в отставку.
В 1818 году король удостоил Серюрье высшей награды королевской Франции — Большого креста ордена Св. Людовика, а в 1819 года восстановил его членство в палате пэров. Кроме французских наград Серюрье также имел иностранные ордена — Железной короны (Италия) и Железной короны (Австрия).
* * *
Как и многие наполеоновские маршалы, Серюрье сначала был похоронен на кладбище Пер-Лашез. Однако это знаменитое парижское кладбище не стало местом последнего пристанища старого воина. Спустя 28 лет после кончины он удостоился последней, высшей воинской почести. В 1847 году его прах торжественно был перенесен в собор Дома инвалидов — хранителя воинской славы Франции. И с тех пор могилы императора Наполеона I и его маршала находятся рядом, под гулкими сводами этого величественного культового сооружения, стерегущего их вечный покой. Такой очень редкой в истории Франции посмертной почести заслуженный ветеран был удостоен за свой мужественный поступок, с вершенный им в ночь на 31 марта 1814 года. В те немногие, оставшиеся в его распоряжении ночные часы перед капитуляцией, губернатор Дома инвалидов маршал Империи Серюрье, скрепя сердце и едва сдерживая слезы, сделал все возможное, чтобы спасти честь нации и армии, — он собственноручно (чтобы не попали в руки врага) сжег более 1400 трофейных знамен, захваченных французскими войсками в ходе многочисленных войн, в которых Франция участвовала, начиная с середины XVII века. Благодарная Франция не забыла мужества своего старого маршала, проявленного им в трагический для Отечества час, и спустя годы, по достоинству оценила его.
Серюрье был одним из старейших наполеоновских маршалов. К моменту присвоения этого высшего во Франции воинского звания ему был уже 61 год. Около 50 лет своей жизни до этого он отдал военной службе. Серюрье был убежденным патриотом и способным военачальником. С началом революции, будучи уже в довольно зрелом возрасте и имея за плечами более 30 лет службы в королевской армии, он остался верен своему Отечеству и вполне осознанно встал на сторону Революции, отдав беззаветному служению под ее знаменами многие годы своей жизни.
Полководцем Серюрье, конечно же, не был. Это был типичный дивизионный генерал, действовавший только по указаниям своего главнокомандующего. Как военачальник он отличался суровым нравом, был поборником строгой воинской дисциплины. Так, когда в начале революции в г. Перпиньян (на юге Франции) взбунтовались солдаты, захватившие войсковую кассу и полковое знамя, то майор Серюрье, пожалуй, единственный из офицеров не спасовал перед вышедшей из повиновения вооруженной толпой, а решительными мерами и твердостью восстановил порядок, хотя ему при этом и угрожала смертельная опасность.
Несмотря на свое незнатное происхождение (его отец отвечал за борьбу с кротами в королевских конюшнях), Серюрье считался аристократом, за что в первые годы революции подвергался многим опасностям. Он был храбрым воином, но ему не хватало, как принято говорить сейчас, харизмы. Его высокая фигура, суховатость в общении и чопорность службиста старой закалки наводили уныние на коллег-офицеров, а солдаты не испытывали восторга от общения с требовательным строевиком, скрупулезно вникавшим во все мелочи их службы и быта. Однако абсолютная честность Серюрье, его верность долгу вызывали безусловное уважение. На первом месте у него всегда стояли интересы службы, дело, а все прочее его мало интересовало. Даже глубокий шрам на лице (след старой раны) и суровый взгляд придавали ему грозно-воинственный вид.
Личная отвага и неустрашимость, неоднократно проявленные в боях, высоко ценились как начальниками, так и подчиненными.
Самой знаменательной в боевой биографии Серюрье стала Итальянская кампания 1796—1797 годов. По сравнению с более молодыми коллегами-генералами, возглавлявшими дивизии (Массена, Ожеро, Жубер и др.), спутниками боевой славы Наполеона Бонапарта в Италии, у него было меньше революционного порыва и дерзкой предприимчивости, но зато он превосходил их своим нравственными качествами, умудренностью и осмотрительностью.
Наполеон высоко ценил профессионализм Серюрье и очень уважал этого заслуженного генерала. Несколько лет спустя, когда решался вопрос — кого назначить губернатором Дома инвалидов — Наполеон однозначно остановился на кандидатуре Серюрье. Обосновывая свой выбор, он особо подчеркнул заслуги ветерана: «Кому доверить эту должность, как не старому солдату, который и в самые трудные времена, и тогда, когда мы шли к победе, всегда подавал пример строгой дисциплины и холодной неустрашимости — первейших качеств генерала».
Долгая военная карьера Серюрье была трудной. Целых 23 года он не мог продвинуться выше лейтенанта, несмотря на боевые заслуги во время Семилетней войны и отличную служебную репутацию в последующие годы. Лишь через 34 года офицерской службы в королевской армии он дослужился до чина майора, который для таких, как он, практически являлся пределом. Но свежий ветер революции, всколыхнувший Францию, унес прочь прежние порядки. Перед такими, как Серюрье открылись новые горизонты и создавались благоприятные возможности для проявления дремавших до того военных дарований. В рядах революционной армии Серюрье сделал блистательную военную карьеру. За каких-то 3 года он прошел путь от безвестного провинциального майора до дивизионного генерала (высшее воинское звание в республиканской армии).