Импульсивный по натуре и не лишенный рыцарственности Мюрат был очарован обходительностью и учтивостью польского аристократа. В донесении Наполеону, сообщая о занятии его войсками Варшавы, он охарактеризовал Понятовского в самых что ни на есть радужных тонах. Маршал заверял своего императора, что этот польский генерал «человек рассудительный», а что касается его симпатий к Пруссии и России, в которых его подозревают, то это не соответствует действительности; на самом же деле князь Понятовский — это «добрый поляк».

Но пылкое послание зятя (Мюрат был женат на сестре Наполеона Каролине) не произвело на Наполеона никакого впечатления. Его политическое недоверие к польскому князю, сформировавшееся на основе данных разведки, поступавших к нему как по военным, так и по дипломатическим каналам, не рассеялось. Более того, в этом мнении его всячески укрепляли недруги Понятовского, поляки, уже долгие годы служившие во французской армии. Они не могли простить князю Иосифу его пассивности в деле освобождения своей родины после подавления восстания Костюшко, принятия им прусского подданства, чинов и наград, полученных от прусского короля. Все это в их глазах ассоциировалось с предательством. Кроме того, «французские поляки», как их тогда называли, опасались, что после возрождения Польши под эгидой Наполеона (а что такое произойдет, в этом они нисколько не сомневались) влиятельный в Польше аристократ Понятовский просто оттеснит их всех, простых шляхтичей, на задний план. Этого они стремились ни в коем случае не допустить. Их, борцов за свободу своей родины, сражавшихся вот уже более десятка лет бок о бок с французами под трехцветными знаменами Республики и императорскими орлами на всех фронтах, включая и затерянный на просторах Атлантики далекий остров Сан-Доминго, Наполеон хорошо знал еще со времен своего Итальянского похода 1796—1797 годов и, естественно, не мог не прислушиваться к их мнению.

В адрес Мюрата полетело грозное послание, явившееся для него чем-то наподобие холодного душа. В нем император резко отчитал маршала за его политическую недальновидность, подчеркнув, что Понятовский — это «человек легкомысленный, непоследовательный и не пользующийся в Варшаве уважением». Вскоре вслед затем состоялась первая встреча Наполеона с Понятовским. Она получилась довольно прохладной. Несмотря на открытый переход Понятовского на его сторону, Наполеон продолжал относиться к нему с недоверием. Через некоторое время произошла их вторая встреча. Будучи горячим сторонником обретения Польшей своей государственности при поддержке Наполеона, Понятовский во время этой встречи открыто заявил императору, что основу возрождения Польского государства он видит в личной власти Наполеона над Польшей или, по крайней мере, в назначении им польским королем одного из своих братьев. Столь откровенно продемонстрированная князем Понятовским лояльность произвела на Наполеона благоприятное впечатление. Его недоверие к этому человеку стало рассеиваться. На этот раз отношение императора к собеседнику было несравненно теплее прежнего. С этого времени судьба Понятовского оказалась неразрывно связана с Наполеоном.

В начале 1807 года Наполеон учреждает в Варшаве так называемую «правительственную комиссию», которая фактически стала исполнять функции Временного правительства Польши. В составе этой «комиссии» Понятовский получает давно желаемый им пост военного министра одновременно с производством его в дивизионные генералы (январь 1807 года). Теперь он никак не зависит от своих влиятельных недоброжелателей из числа «французских поляков», которые все оказались в его подчинении.

После заключения Тильзитского мира (7 июля 1807 года) и образования Великого Герцогства Варшавского Понятовский сохранил свою должность. Кроме того, Наполеон наградил его командорским крестом ордена Почетного легиона. Но вместе с тем князя Иосифа ждало и разочарование: его мечтам не суждено было сбыться. Независимость Польши, о которой он мечтал, оказалась чистой формальностью. Великое Герцогство было присоединено к Саксонии, король которой одновременно стал и великим герцогом Варшавским. К тому же, все еще не совсем доверявший новым польским властям, Наполеон установил над ними жесткий контроль, назначив генерал-губернатором Великого Герцогства холодного и неприступного маршала Л. Даву, который одновременно являлся командующим французскими войсками на территории Польши. У Понятовского отношения с этим маршалом сразу же не сложились. Строгий к себе и окружающим, человек до крайности педантичный и нелицеприятный, Даву управлял вверенной ему страной подобно древнеримскому проконсулу. Он буквально изводил князя Юзефа своей грубостью и постоянными придирками, нередко доходящими до абсурда. Служебные встречи между ними часто завершались скандалом. Причина такого отношения Даву к Понятовскому заключалась в том, что он не доверял ему и подозревал чуть ли не в измене. Соответствующие доклады маршал Даву посылал и Наполеону, открыто высказывая свои сомнения в надежности нового союзника. Вечно хмурому и недоверчивому Даву, к тому же обладавшему очень тяжелым характером, постоянно мерещились всякого рода заговоры и предательства, его буквально преследовала какая-то мания подозрительности. Но Наполеон был доволен усердием своего маршала, ревностно стоявшего на страже его интересов. Но так или иначе благодаря совместным усилиям Даву и Понятовского, польская армия, получившая название Войска Польского, была создана.

В 1808 году французские войска покинули Польшу. К этому времени взаимоотношения Понятовского с Даву заметно улучшились. Большую роль в этом сыграла приехавшая к герцогу Ауэрштедтскому его жена — Луиза-Эме-Жюли (сестра знаменитого генерала В. Леклерка, зятя Наполеона, погибшего от желтой лихорадки в 1802 году на острове Сан-Доминго, где он командовал экспедиционным корпусом), женщина умная, тактичная и очаровательная. Покидая Польшу, Даву передал командование польскими войсками Понятовскому, назначенному Наполеоном главнокомандующим Войском Польским. В своем докладе императору Даву особо подчеркнул, что Понятовский — это «человек чести», на которого можно положиться. Одновременно он направил письмо и Понятовскому, в котором заверил князя в своем неограниченном доверии и уважении к нему. Такой поступок Даву говорил о многом. Получить подобную признательность от «железного маршала» удавалось лишь очень немногим.

Боевым крещением для возрожденного Войска Польского стала война 1809 года с Австрией, в которой Великое Герцогство Варшавское выступило на стороне Наполеона. Противостоявшая полякам (около 20 тыс. человек) австрийская армия эрцгерцога Фердинанда располагала более чем двойным численным превосходством над ними. Поэтому разгромить противника шансов у Понятовского практически не было.

С открытием военных действий австрийские войска сразу же вторглись в Польшу и развернули наступление на Варшаву. Понятовский попытался преградить им путь. 19 апреля 1809 года произошло сражение при Рашине. Атакованная противником одновременно по всему фронту польская армия оказала яростное сопротивление. Все сражались геройски, от главнокомандующего до рядового солдата. Сам Понятовский постоянно находился под огнем противника, вдохновляя свои войска личным примером и пренебрегая опасностью. Все офицеры и генералы его штаба один за другим выбыли из строя, одни были убиты, другие ранены. Но сам он остался невредим, хотя смерть ежеминутно витала совсем рядом. Вражеские пули и ядра проносились так близко, что их пронзительный свист почти не воспринимался, сливаясь в одну сплошную какофонию. Но главнокомандующий оставался невозмутим, его оберегала словно какая-то магическая сила. В решающую минуту сражения он лично повел в атаку последний, еще остававшийся в его распоряжении резерв — батальон 1-го пехотного полка. Однако все усилия поляков оказались тщетными. Силы были слишком неравны, противник просто подавил отважно сражавшихся поляков своей численностью. Польская армия потерпела поражение и вынуждена была отступить. На следующий день враг стоял уже у ворот Варшавы.