В 1800—1801 годах Бернадот подавил последние очаги восстания в Вандее и восстановил мир и спокойствие в этой мятежной провинции, до предела опустошенной за несколько лет ожесточенной гражданской войны.
Заглушив свою былую неприязнь к Бернадоту, Наполеон предпринимает активные усилия для привлечения этого человека в число своих ближайших сподвижников. В 1804 году он назначает Бернадота генерал-губернатором Ганновера, награждает командорским крестом ордена Почетного легиона и производит в маршалы Франции.
В 1805 году Бернадот получает Большой крест ордена Почетного легиона (высшая награда в наполеоновской Франции). В 1806 году Наполеон делает его владетельным князем Понтекорво.
Однако все эти почести и награды не изменили отношения Бернадота к Наполеону. В начале 1805 года до императора доходят слухи о враждебных высказываниях Бернадота в его адрес. Он рассматривает возможность удаления неблагодарного родственника из Франции путем назначения его послом в США. Но начавшаяся вскоре война с Австрией заставила Наполеона отложить реализацию этого замысла. Бернадот назначается командиром 1-го корпуса Великой армии.
В кампанию 1805 года Бернадот ничем особенным себя не проявил. Даже в решающем сражении под Аустерлицем он не участвовал в боевых действиях, возглавляя армейский резерв, который так и не был полностью введен в сражение.
В войне 1806—1807 годов Бернадот снова командовал 1-м корпусом. 14 октября 1806 года, в день, когда французская армия сражалась с пруссаками при Йене и Ауэрштедте, Бернадот умудрился уклониться от участия в обоих этих сражениях, за что подвергся гневу Наполеона, угрожавшего ему даже военным судом. Правда, затем Бернадот приложил немало усилий, чтобы как-то реабилитировать себя. Он организовал стремительное преследование остатков разгромленной прусской армии, в ходе которого взял штурмом город Галле, захватил много пленных и большие трофеи, а под Любеком принудил к капитуляции крупный отряд прусского генерала Г. Блюхера.
В кампанию 1807 года в Восточной Пруссии действия Бернадота также отличались противоречивостью. Он храбро сражался при Морунгене [13 (25) января 1807 года], но снова уклонился от участия в генеральном сражении с русскими войсками при Прейсиш-Эйлау [27 января (8 февраля) 1807 года]. Во время этой кампании Бернадот дважды был ранен (оба ранения пулевые — в голову и шею) и оставил армию еще до завершения боевых действий (в начале июня).
В 1807—1809 годы — генерал-губернатор Ганзейских городов в Германии. В войне с Австрией 1809 года командовал 9-м (саксонским) корпусом Великой армии и снова проявил себя не лучшим образом, а в решающем сражении этой кампании — при Ваграме (5—6 июля 1809 года) — вообще действовал крайне неудачно. Тем не менее это не помешало Бернадоту в целях саморекламы в приказе по корпусу объявить своих саксонцев, которые на одном из этапов сражения позорно бежали с поля боя, а заодно и себя, чуть ли не героями битвы. Узнав об этом, Наполеон пришел в ярость и публично отчитал Бернадота за нескромность и очковтирательство, а его корпус приказал расформировать. Лишенный командования маршал покинул армию и уехал в Париж.
В конце лета 1809 года французское правительство поручило Бернадоту сформировать и возглавить 30-тысячную Северную армию, предназначавшуюся для разгрома высаженного англичанами в Голландию крупного десанта. Однако Бернадоту (вступил в командование 15 августа 1809 года) не довелось проявить себя и здесь: англичане начали эвакуацию еще до подхода возглавляемой им армии. Как только опасность миновала, Наполеон в сентябре 1809 года сместил Бернадота с поста командующего армией и послал его генерал-губернатором в Рим (1810).
Пробыв в Риме несколько месяцев, маршал подал в отставку, которая Наполеоном была сразу же принята. Этому событию предшествовали следующие обстоятельства. В 1806 году войска Бернадота захватили в плен до 1,5 тыс. шведов. Рыцарское отношение к пленникам и их последующее быстрое освобождение Бернадотом очаровали шведов и принесли последнему большую популярность в Швеции. Это сыграло решающую роль в решении шведского парламента об избрании Бернадота наследником шведского престола при бездетном и безнадежно больном шведском короле Карле XIII. Наполеон, хотя и не был доволен таким выбором шведов, тем не менее не стал препятствовать отъезду своего маршала в Швецию, но сначала он приказал ему оставить французскую службу.
Вообще-то это было довольно странное соглашение для обеих сторон. Оно было инициировано шведами, стремившимися таким образом угодить всемогущему Наполеону (истинные отношения между французским императором и его маршалом оказались вне поля зрения шведов) и в благодарность за это рассчитывавших избежать нависшей над Швецией угрозы присоединения к континентальной блокаде, грозившей ей разорением. Наполеон же надеялся, что, отпуская своего маршала в Швецию, он приобретет очередного послушного вассала. Ни одна из этих надежд не оправдалась. Хотя вызванный к императору перед отъездом в Швецию Бернадот и отказался дать ему обязательство никогда не поднимать оружия против Франции, но вынужден был подчиниться категоричному требованию Наполеона сразу же присоединиться к континентальной блокаде и объявить войну Англии, что шло вразрез с национальными интересами его нового отечества.
По прибытии в Стокгольм бывший якобинец перешел в лютеранство, был усыновлен шведским королем под именем Карла Юхана, назначен регентом королевства и фактически с этого времени (1810) стал управлять страной.
В 1812 году Наполеон, обвинив Швецию в нарушении условий континентальной блокады, захватил шведскую Померанию. В ответ на это Бернадот 24 марта (5 апреля) 1812 года заключил союз с Россией, направленный против Наполеона.
После оставления французами Москвы он разорвал с Наполеоном дипломатические отношения (октябрь 1812), а весной 1813 года присоединился к 6-й антифранцузской коалиции, образовавшейся после поражения Наполеона в России.
В мае 1813 года 30-тысячная шведская армия в главе с Бернадотом высадилась в Померании. После Плесвицкого перемирия Бернадот возглавил Северную армию союзников численностью свыше 100 тыс. человек (июль 1813 года).
Однако действия Бернадота в кампании 1813 года носили недостаточно решительный характер, он явно уклонялся от решительных столкновений с французами. Сражения при Гросс-Беерене [11 (23) августа 1813 года] и Денневице [25 августа (6 сентября) 1813 года], в которых войска Северной армии последовательно разгромили армии маршалов Н. Удино и М. Нея, были выиграны не благодаря усилиям Бернадота, а скорее вопреки. Главную роль в этом сыграли прусские войска, а также бегство с поля сражения саксонцев, не пожелавших сражаться против своего бывшего начальника, пользовавшегося среди них большой популярностью. То же самое произошло и в «битве народов» под Лейпцигом [4—7 (16—19) октября 1813 года], когда саксонские войска в самый разгар сражения неожиданно изменили Наполеону и повернули оружие против французов.
После разгрома наполеоновской армии в Германии Бернадот двинул свои войска против союзницы Франции — Дании и принудил ее к капитуляции (январь 1814 года).
Основные силы Северной армии, действуя затем в Нидерландах, так и не перешли границы Франции. После взятия союзными войсками Парижа Бернадот прибыл в поверженную французскую столицу, имея тайную надежду сменить Наполеона, когда тот отречется от престола (в 1812 году на такую возможность ему намекал русский император Александр I). Но холодный прием, оказанный соотечественниками, считавшими его предателем, а также решительный отказ большинства европейских монархов поддержать претензии бывшего якобинца на французский трон, быстро рассеяли все иллюзии Бернадота о французской короне. Будучи от природы человеком неглупым, он быстро уяснил сложившуюся ситуацию и покинул Францию.
В том же 1814 году Бернадот присоединил к Швеции Норвегию, но на следующий год был вынужден уступить Пруссии последнее шведское владение в Германии — так называемую шведскую Померанию.
