В кампании 1814 года, командуя корпусом, отважно сражался при Мормане, Ножане, Лаферте-сюр-Об и Сен-Дизье. В ходе этой короткой кампании Наполеон превзошел самого себя. В почти безнадежной, казалось бы, ситуации он с ничтожными силами раз за разом громил противника, имеющего огромное превосходство в силах, одержал целый ряд блестящих побед, следующих одна за другой. Его маршалы по-прежнему храбры и отважны. Кампания 1814 года изобилует примерами, когда они со шпагой в руке лично водили в атаку не только полки и дивизии, но даже и отдельные батальоны. Но вместе с тем все эти испытанные в многочисленных битвах боевые соратники императора были до предела переутомлены, а их моральный дух надломлен. Они больше уже не верили в успешный исход войны и считали ее дальнейшее продолжение бессмысленным. Во всех своих бедах высшие военачальники наполеоновской армии винили только императора, одержимого, как они считали, непомерной гордыней и невероятным упрямством. И от внимания Наполеона эти изменения в настроении его ближайших боевых сподвижников не ускользают. Он интуитивно чувствует, что маршалы пытаются в той или иной форме саботировать его усилия, направленные на то, чтобы переломить ход событий в свою пользу. Когда требовалось проявить инициативу и решительность в боевой обстановке, пойти на обоснованный риск, маршалы обычно проявляли пассивность и нерешительность, ссылаясь на разного рода обстоятельства. Иногда дело доходило даже до прямого неповиновения. Так, храбрый Макдональд просто отказался выполнить приказ Наполеона пойти на штурм Витри. «Рискуйте своей гвардией, если хотите, — заявил он императору, — а мои войска не в состоянии выполнить сейчас эту задачу». И маршал демонстративно повернулся спиной к своему главнокомандующему. Поступок военачальника в боевой обстановке просто немыслимый! Но стесненный в средствах воздействия на своих подчиненных и даже в какой-то мере зависимый от них в сложившейся обстановке Наполеон, хотя и скрепя сердце, был вынужден с этим мириться.

После падения Парижа Макдональд (31 марта 1814 года) был в числе маршалов, потребовавших от Наполеона отречения от престола. Входил в состав делегации, направленной Наполеоном к союзникам для согласования условий отречения его в пользу малолетнего сына. В результате предательства маршала О. Мармона переговоры закончились неудачей — русский император Александр I от имени всех союзных монархов потребовал безусловного отречения Наполеона.

Макдональд оставался с Наполеоном до конца, приложив немало усилий, чтобы смягчить участь членов семьи павшего императора. Он покинул его последним из маршалов. Наполеон оценил преданность Макдональда. Прощаясь с маршалом, он подарил ему на память драгоценную саблю, привезенную из Египта. Растроганный до глубины души Макдональд не мог сдержать своих чувств. «Сир, если у меня когда-нибудь будет сын, я передам эту саблю ему как самое ценное фамильное достояние!» — дрожащим от волнения голосом заверил он своего императора. Сцена прощания растрогала и самого Наполеона. Забыв об этикете, он молча стиснул маршала в своих объятиях…

После отречения Наполеона (6 апреля 1814 года) Макдональд перешел на сторону Бурбонов. Король Людовик XVIII сделал его пэром Франции, наградил орденом Св. Людовика, назначил командующим 21-м военным округом (Бурж) и ввел в состав Высшего военного совета. Когда в Париже было получено известие о бегстве Наполеона с острова Эльбы и высадке его во Франции (март 1815 года), Макдональд получил приказание отправиться вместе с графом д’Артуа (брат короля) в Лион, возглавить находившиеся там войска и уничтожить «дерзкого авантюриста». Выполнить этот приказ короля Макдональду не удалось: войска, которые он возглавил на востоке Франции, при первом же соприкосновении с крохотным отрядом Наполеона перешли на его сторону. Сам маршал вынужден был бежать в Париж, где по поручению короля вместе с герцогом Беррийским возглавил еще одну армию, собранную близ столицы. Однако и эта армия перешла на сторону Наполеона, как только тот приблизился к Парижу. Проводив бежавшего из страны короля до границы, Макдональд вернулся в Париж и поступил рядовым солдатом в Национальную гвардию. От предложения вновь поступить на службу к Наполеону он отказался, сославшись на болезнь. Его «болезнь» продолжалась ровно сто дней, до возвращения Бурбонов. Вступление же Макдональда в Национальную гвардию, да еще рядовым солдатом, являлось не более чем красивым жестом. В событиях «Ста дней» он никакого участия не принимал.

После второго отречения Наполеона и повторного занятия союзными войсками Парижа на Макдональда была возложена очень трудная, опасная и весьма деликатная задача — распустить отступившую за реку Луару французскую армию. Эта задача была им успешно выполнена.

Лояльность Макдональда по отношению к Бурбонам, его демонстративный отказ вновь встать под знамена императора получили с их стороны должную оценку. Сразу же после 2-й Реставрации (1815) он был назначен Великим канцлером Почетного легиона (занимал эту необременительную, но очень почетную должность до 1831 года), генералом королевской гвардии и государственным министром, а также награжден командорским крестом ордена Св. Людовика. В 1820 году последовали новые награды: Большой крест ордена Св. Людовика и орден Св. Духа, в 1825-м — Большой крест ордена Св. Иоанна Иерусалимского. Из иностранных наград имел только орден Железной короны (Италия).

Все годы правления Бурбонов Макдональд заседал в палате пэров, был вхож в королевский дворец и пользовался большим влиянием в правящих кругах. Крест на его карьере государственного деятеля поставила Июльская революция 1830 года. Он лишился всех занимаемых постов и поместье Курсель-ле-Руа, где в полном уединении и провел последние годы жизни. Написал мемуары. Скончался маршал Макдональд на 75-м году жизни в окружении своего многочисленного семейства. Когда в Париж пришла, весть о кончине Макдональда, то там были нимало удивлены, так как все считали, что он уже давно ушел из жизни.

Как и многие наполеоновские маршалы, был похоронен в Париже на кладбище Пер-Лашез. Память о маршале Макдональде французы увековечили в названии одного из парижских бульваров, названных именами героев великой эпопеи Первой империи.

Храбрый и мужественный офицер, отважный генерал республиканской, а затем наполеоновской армий, маршал Империи, Макдональд, как и большинство наполеоновских маршалов, обладал незаурядным военным талантом, но его военные дарования, как правило, не выходили за рамки тактического масштаба, отдельно взятого боя или небольшого сражения. Он был от личным дивизионным и неплохим корпусным командиром в могучих руках Наполеона, умелым исполнителем его приказов, распоряжений и предначертаний, но как полководец, способный самостоятельно решать крупные оперативно-стратегические задачи, выглядел довольно слабо. Трижды за свою долгую боевую карьеру Макдональду довелось возглавлять армейские объединения и 2 раза из них он потерпел полное фиаско, завершившееся снятием с должности. Первый раз это произошло в Италии в сражении на реке Треббия (1799), второй раз — в Силезии в сражении на реке Кацбах (1813). Правда, в первом случае есть смягчающее обстоятельство: победителем молодого французского генерала был великий русский полководец А. В. Суворов, который перед этим с таким же успехом разгромил куда более опытного по сравнению с Макдональдом полководца — Ж. Моро, считавшегося во французской республиканской армии звездой первой величины. Однако во втором случае победителем Макдональда стал ничем особо не примечательный до того прусский генерал Г. Блюхер, боевая репутация которого была не сопоставима с боевыми заслугами Макдональда. Тогда, в конце лета 1813 года, Наполеон осознал ошибочность своего выбора и уже больше не пытался использовать Макдональда в роли командующего армией.

Но в боевой биографии Макдональда было немало и славных страниц. К ним в первую очередь следует отнести его легендарный Швейцарский поход 1800—1801 годов, когда, командуя сравнительно небольшой армией (2-я Резервная, затем Швейцарская армия), он показал себя как блестящий мастер горной войны. Затем следуют успешные действия в роли корпусного командира в войне с Австрией в 1809 году, в Каталонии (Испания) в 1810—1812 годах и в целом ряде сражений. Что касается похода в Россию в 1812 году, то откровенная пассивность Макдональда в ходе его объясняется не столько недостатком сил, выделенных Наполеоном в его распоряжение, как это пытаются иногда представить, сколько его недоверием к новому союзнику — пруссакам, в надежности которых он, не без оснований, сомневался.