В Голландском походе 1794 года Моро командовал правым крылом Северной армии, а после завоевания Голландии сменил Пишегрю на посту командующего армией. Был ему в то время 31 год.

В 1796 году Моро возглавил Рейнско-Мозельскую армию, которая в то время считалась главной армией Французской республики. Перед ним была поставлена задача во взаимодействии с Самбро-Мааской армией (генерал Ж. Журдан) разгромить австрийцев в Южной Германии и нанести удар в направлении Вены.

Перейдя Рейн, Моро вторгся в Германию, где одержал ряд побед над австрийскими войсками, но медлительность и чрезмерная осторожность в действиях не позволили ему в полной мере воспользоваться результатами своих побед. Австрийский главнокомандующий эрцгерцог Карл умело воспользовался разобщенностью действий французских армий, не объединенных единым командованием. Сосредоточив свои основные силы против Самбро-Мааской армии, он нанес ей поражение сначала при Амберге (22 августа), а затем при Вюрцбурге (3 сентября) и отбросил Журдана за Рейн. Под угрозой с левого фланга и тыла Моро был вынужден оставить Германию и также начать отступление за Рейн. Отступление это было проведено им в образцовом порядке. В ходе его Моро одержал победу при Биберахе, но потерпел неудачу под Эммендингеном, а затем вновь добился успеха при Шлингене.

В целом же кампания 1796 года в Германии оказалась для Франции неудачной, что вызвало резкое недовольство Директории. Не считая себя виновным в неудаче, обиженный Моро подал в отставку и получил ее. В то время, когда основные силы французской армии, действовавшие в Германии под командованием Моро и Журдана, потерпели поражение и вынуждены были перейти к обороне на Рейне, Итальянская армия генерала Наполеона Бонапарта, которая не рассматривалась Директорией как серьезная боевая сила и которой в силу ее ограниченных возможностей в кампании 1796 года отводилась лишь вспомогательная роль — отвлечь на себя часть сил противника, совершила непостижимое. Она не только нанесла австрийцам и их союзникам целый ряд тяжелых поражений, но и заставила австрийское командование перебросить в Италию своих лучших генералов и крупные силы с основного театра военных действий, а также завоевала почти всю Северную Италию.

На дымно-кровавом европейском небосклоне конца XVIII века взошла и засверкала ослепительным светом новая, неведомая до того звезда — звезда Наполеона Бонапарта. Буквально за считанные месяцы, в течение всего одной кампании, никому неизвестный 27-летний генерал Бонапарт (или как его тогда называли — Буонапарте) стремительно ворвался на авансцену истории и превратился в национального героя Франции, стал самым знаменитым полководцем Республики. В ярких лучах наполеоновской славы как-то сразу померкла слава самых знаменитых полководцев республиканской армии — Гоша, Пишегрю, Журдана и Моро.

Победоносно завершив Итальянскую кампанию 1797 года и принудив Австрию к заключению мира, Наполеон Бонапарт окончательно утвердил за собой статус «первой шпаги» Французской республики.

А Моро в это время прозябал в отставке. В 1798 году его снова пригласили на службу. Сначала он получил должность генерал-инспектора пехоты, а затем был назначен членом совета, занимавшегося стратегическим планированием. В начале 1799 года Директория направила его в Северную Италию заместителем командующего Итальянской армией генерала Б. Шерера, которого Моро вскоре заменил на посту командующего (апрель 1799 года).

Едва вступив в должность и не успев еще собрать свои войска, разбросанные на широком фронте прежним командующим, он был разбит А. В. Суворовым в сражении на реке Адда [15—17 (26) апреля 1799 года] и отступил в Пьемонт, а затем в Ривьеру.

Возглавляемые Суворовым союзные русско-австрийские войска в течение двух месяцев после начала кампании в Северной Италии заняли Ломбардию и Пьемонт. Когда Суворов с главными силами своей армии обратился против выдвигавшейся из Южной Италии французской армии генерала Ж. Макдональда, то Моро, воспользовавшись этим, разбил австрийский корпус генерала Г. Бельгарда при Казин-Гроссе (20 июня 1799 года) и освободил от осады Тортонскую цитадель. Но поддержать Макдональда, разбитого Суворовым на реке Треббия [6—8 (17—19) июня 1799 года], он не сумел и вновь был вынужден отступить в Ривьеру.

После этого Моро был заменен на посту командующего Итальянской армией генералом Б. Жубером, а сам получил назначение на должность командующего Рейнской армией. Прибыв в армию, Жубер попросил Моро задержаться на несколько дней с отъездом из Италии, чтобы помочь ему разобраться в обстановке и подготовиться к переходу в наступление.

4 (15) августа 1799 года произошло сражение при Нови, в самом начале которого Жубер был убит, и Моро вновь вступил в командование Итальянской армией. Французы в этом сражении потерпели сокрушительное поражение от Суворова.

Моро при Нови проявил большое мужество и отвагу, под ним были убиты 3 лошади, а сам он ранен, но остался в строю и ценой неимоверных усилий спас основные силы Итальянской армии от полного уничтожения.

Когда он прибыл во Францию, его репутация как полководца, несмотря на поражение, понесенное в Италии от Суворова, в общественном мнении не была поколеблена. Однако нового назначения после выздоровления Моро не получил (должность командующего Рейнской армией была уже занята другим генералом).

В 1799 году внутриполитическая обстановка во Франции была очень сложной. Авторитет Директории, возглавлявшей страну, упал до самого низкого уровня. В воздухе носилась идея государственного переворота с целью отстранения от власти опостылевшей всем Директории и установления нового, более прочного режима. Главным идеологом заговора против Директории был ее же член Э. Сийес. Уже в течение нескольких месяцев он искал «шпагу» (популярного генерала) для осуществления своего замысла. Такой генерал летом 1799 года им был найден — это был Жубер. Но его неожиданное назначение в Италию, срочный отъезд туда и последующая гибель там привели к отсрочке реализации плана Сийеса.

Он снова приступил к поискам кандидата на роль руководителя военного переворота. Однако его попытка привлечь на свою сторону Моро окончилась неудачей. Известный своими твердыми республиканскими убеждениями и далекий от политических амбиций Моро уклонился от предложенной ему роли. В то же время и Директория пыталась найти в нем опору для удержания своей власти. Но и ее постигла неудача.

Тем временем из Египта во Францию вернулся Наполеон Бонапарт, вокруг которого быстро сплотились все антиправительственные силы. К нему был вынужден примкнуть и утративший свою руководящую роль в заговоре против Директории Сийес.

Бонапарт сразу же повел свою игру, и ему не нужны были какие-либо политические наставники. Одна из важнейших задач, стоявших перед Бонапартом в период подготовки военного переворота, заключалась в привлечении на свою сторону или хотя бы нейтрализации генерала Моро, большое влияние которого в армейских кругах ему было хорошо известно. С этой задачей кандидат на роль военного диктатора справился успешно. Ему удалось настолько очаровать Моро (Бонапарт даже подарил ему привезенную из Египта драгоценную дамасскую саблю), что тот, правда, после некоторых колебаний, все же согласился поддержать Бонапарта и принял активное участие в военном перевороте 18 брюмера (9 ноября 1799 года).

В награду за эту поддержку Моро получил от Наполеона Бонапарта, ставшего первым консулом Французской республики, а фактически военным диктатором, пост командующего Рейнской армией.

С началом кампании 1800 года Моро вторгся в Германию и одержал ряд побед над австрийцами (при Энгене, Мезкирхе, Биберахе и др.). Но после отправки значительной части своих войск в Швейцарию он вынужден был приостановить наступление, что вызвало недовольство Первого консула. Успехи французских войск в Италии и Швейцарии заставили австрийцев начать отступление и в Германии. Это побудило Моро к активности — он возобновил наступление, но перемирие, заключенное в июле, остановило его. После окончания в конце 1800 года этого перемирия австрийцы перешли в наступление, но 3 декабря 1800 года были разбиты генералом Моро в сражении при Гогенлиндене (селение в Баварии, в 32 км восточнее Мюнхена).