Во время Египетской экспедиции 1798—1801 годов Клебер командовал одной из дивизий экспедиционной армии, возглавляемой Наполеоном Бонапартом. Первым крупным событием после высадки французской армии в Египте (1 июля 1798 года) был штурм Александрии, которая была взята французами 2 июля. Во время штурма Клебер был ранен и в походе Бонапарта на Каир не участвовал, будучи оставлен во главе 2-тысячного гарнизона в Александрии.

Вскоре распространился слух о новом государственном перевороте в Париже. Клебер писал в те дни Бонапарту: «Я решил, генерал, следовать за вами повсюду, последую за вами и во Францию. Я не хочу никому более повиноваться, как вам одному».

Но вскоре отношения между Клебером и Бонапартом стали портиться. Тяготы похода, тяжелые климатические условия и многочисленные невзгоды вызвали сильное недовольство в войсках. Его полностью разделяли не только офицеры, но и генералы. Прямым следствием этого явился поток рапортов об отставке со стороны старших офицеров и даже генералов. В числе недовольных оказался и Клебер, который то и дело менял свое решение об отставке. С большим трудом, благодаря удивительной изворотливости и железной воле, Бонапарту удалось не только удержать войска в повиновении, но и повести их вперед, через песчаную пустыню, на Каир.

Первое столкновение Клебера с главнокомандующим армией произошло в конце 1798 года, во время подготовки Бонапарта к походу в Сирию. Клебер отказался в нем участвовать, сославшись на болезнь. Настоящая же причина изменения отношения Клебера к Наполеону Бонапарту заключалась в интригах некоего Тальена — тайного агента Бурбонов, втершегося в доверие неискушенного в политике Клебера и стремившегося поссорить его с Бонапартом. Но последнему удалось разрушить замысел вражеского агента. Написав теплое и лестное письмо генералу, Бонапарт привлек его на свою сторону и уговорил принять участие в Сирийском походе (февраль — июнь 1799 года), где Клебер с отличием сражался под Яффой (7—8 марта 1799 года), при Сед-Ярре, участвовал в осаде сильной крепости Сен-Жан-д’Акр (март — май 1799 года). Но особенно громкую славу он стяжал в сражении у горы Маунт-Табор (16 апреля 1799 года), когда во главе 2-тысячного отряда выдержал удар 35-тысячной турецкой армии. Отразив все атаки многократно превосходящего в силах противника, которые продолжались в течение 10 часов, Клебер геройски продержался до подхода подкреплений, понеся при этом минимальные потери.

Заслуги Клебера в Сирийском походе еще выше подняли его авторитет как военачальника в глазах Бонапарта. Покидая 23 августа 1799 года Египет, он передал командование армией Клеберу. Однако это неожиданное назначение не обрадовало последнего. Когда Клебер узнал о тайном объезде Бонапарта во Францию, ярости его не было предела. Он был крайне возмущен тем, что командование обреченной на гибель армией ему было навязано без его согласия, даже без предварительного уведомления. Бонапарт не счел нужным лично встретиться с Клебером, а просто оставил письмо, в котором уведомил его о передаче командования. Более того, покидая Египет, Бонапарт оставил преемнику пустую казну и 7 млн франков долга. Снова оказавшийся в окружении Клебера Тальен продолжал упорно настраивать его против Бонапарта. Он убеждал нового главнокомандующего, что Бонапарт, чтобы спастись самому, умышленно оставил его и армию в Египте на произвол судьбы.

Постепенно Клебер попадает в искусно расставленные роялистской агентурой сети. Под диктовку своих новых «советников» он пишет жалобу Директории, в которой выставляет бывшего главнокомандующего в самом неприглядном свете, презрительно называет его «ce petit boygre» (что-то вроде — «этот субчик»).

Находясь в тайной связи с англичанами, Тальен предлагает Клеберу отправить всех больных и раненых во Францию, чтобы они посеяли там вражду и ненависть к Бонапарту. Он сам вызвался сопровождать их в качестве гражданского комиссара, чтобы затем лично воздействовать на правительство в нужном направлении. Но Тальен не знал, что к власти во Франции в результате государственного переворота 18 брюмера (9 ноября 1799 года) уже пришел Наполеон Бонапарт, ставший первым консулом Французской республики, а потому все его интриги оказались тщетными. А письмо-донос Клебера Директории попало в руки Бонапарта, который по достоинству смог оценить вероломство своего боевого сподвижника. Тем временем французская армия в Египте оказалась в безвыходном положении.

24 января 1800 года Клебер заключил в Эль-Арише соглашение с Турцией о перемирии и эвакуации французских войск из Египта, на почетных условиях. Однако англичане заставили Турцию отказаться от этого соглашения. Их представитель на Ближнем Востоке Сидней Смит от имени адмирала Д. Кейта (заместитель командующего английской эскадрой на Средиземном море) заявил, что не выпустит французов из Египта и согласен только на их капитуляцию. Взбешенный наглостью противника, Клебер ответил: «На такое недостойное требование должно отвечать только победой!». Он стремительно двинулся на противника и 20 марта 1800 года наголову разгромил турецкую армию в сражении при Гелиополисе, а затем изгнал остатки ее из Египта.

Глава мамлюков в Египте Мурад-бей объявил себя вассалом Франции. Узнав от прибывшего из Франции полковника В. Латур-Мобура о происшедших там событиях, Клебер решил удерживать Египет. Но слишком строгое и не вполне благородное управление им завоеванной страной (чрезмерные налоги, контрибуции, насильственные займы и т. п.) вскоре вызвало всеобщее недовольство политикой, проводимой французскими властями. В Каире и ряде других мест вспыхнули восстания, организованные турецкими агентами и мамлюкскими беями. Они были жестоко подавлены французами. Дольше всех повстанцы сопротивлялись в Каире, где ожесточенные бои продолжались более месяца.

14 июня 1800 года Клебер погиб от руки убийцы, подосланного турецкими властями. Молодой мусульманский фанатик сумел проникнуть в тщательно охраняемую резиденцию французского генерала и нанести ему смертельный удар кинжалом. Останки Клебера были доставлены во Францию и преданы земле со всеми воинскими почестями. Первый консул Франции Наполеон Бонапарт лично встречал прах доблестного генерала на Елисейских полях и не скрывал своего глубокого горя по поводу его безвременной гибели. Вступивший после Клебера в командование французской армией в Египте генерал Ж. Мену не сумел удержаться там. Потерпев ряд поражений от высадившихся весной 1801 года в Египте англо-турецких войск, он вынужден был капитулировать. В сентябре 1801 года года остатки французской армии покинули Египет.

Клебер был истинным республиканцем, убежденным сторонником революционных преобразований общества, пылким приверженцем провозглашенного Великой французской революцией лозунга «Свобода, Равенство, Братство». С первых же дней революции он посвятил себя делу вооруженной защиты ее завоеваний. Отважный и мужественный офицер, один из лучших генералов революционной армии, он сделал в ее рядах блестящую военную карьеру, доблестно сражаясь в годы Революционных войн Французской республики на многих фронтах (на севере и северо-востоке Франции, в Вандее, Бельгии, Германии, на Рейне, а также в Египте и Сирии). Проявил себя как способный военачальник, обладавший несомненными полководческими дарованиями. Клебер отличался глубоким знанием военного дела и большой личной храбростью — качествами, которые в годы Революционных войн ценились очень высоко. Именно эти качества позволили ему сделать быструю военную карьеру в революционной армии. Буквально за год с небольшим после начала военных действий он из рядового офицера батальонного звена становится генералом. Блестяще одаренный военачальник, один из наиболее прославленных героев революционной армии, Клебер в то же время, подобно Гамлету, постоянно сомневался в своих военных способностях. По всей вероятности, именно эти сомнения и явились основной причиной его отказа в начале 1797 года от должности командующего Рейнской армией — лучшей армии Республики. Командующим армией он стал лишь в конце своего славного боевого поприща, да и то против своей воли. Вполне вероятно, что Наполеон Бонапарт, хорошо изучив характер своего подчиненного и предвидя его несомненный отказ возглавить командование экспедиционной армией в Египте, устроил дело так, что Клеберу отказаться было уже невозможно — он был поставлен перед фактом. Как командующий армией Клебер успешно справился с возложенной на него миссией. Несмотря на исключительно сложные условия обстановки, в которых ему пришлось действовать, он оказался на высоте положения.