В начале 1798 года Жубер был назначен командующим французскими войсками в Голландии (Батавская армия). По этой причине он не смог принять участие в Египетской экспедиции Бонапарта, так как теперь уже сравнялся по должности со своим бывшим начальником. Через несколько месяцев последовало назначение Жубера командующим войсками, стоявшими под Майнцем (Самбро-Мааская армия), а в начале 1799 года он сменил генерала Г. Брюна на посту командующего Итальянской армией.
Вскоре после вступления в должность Жубер выполнил приказ Директории и оккупировал Пьемонт (основная материковая часть Сардинского королевства), правительство которого начало проводить враждебную Франции политику и вновь вступило в переговоры о союзе с Австрией, одержимой жаждой реванша за недавнее поражение в войне с Францией. Вслед за армией в Пьемонт устремились разного рода чиновники и комиссары Директории, занявшиеся первым делом откровенным грабежом местного населения. Жубер обратился к правительству с резким требованием прекратить творимый чиновниками беспредел. Но его протест ни к чему не привел. Все осталось по-прежнему. Произвол и насилия продолжались. Настойчивость же и резкий тон командующего Итальянской армией, с которыми он требовал от республиканских властей положить конец бесчинствам их представителей, наоборот, восстановили против него Директорию. Через несколько недель он был смещен со своего поста и отозван во Францию.
Прибыв в Париж, Жубер подал в отставку и, сразу же получил ее. Поселившись в столице, он вскоре женился. Вел скромный и уединенный образ жизни. Однако тихая частная жизнь отставного генерала продолжалась недолго. Хорошо зная его военные дарования и не опасаясь найти в нем опасного честолюбца, каковых в то время в столице было немало, Директория весной 1799 года вновь призвала Жубера на службу, вверив ему командование 17-й дивизией, составлявшей парижский гарнизон.
В 1799 году авторитет Директории в стране и прежде всего в столице упал до предельно низкого уровня. Политика слабого, бездарного и коррумпированного правительства вызывала недовольство всех слоев французского общества. Все настойчивее раздавались голоса об установлении в стране «твердого порядка». В общественно-политических кругах столицы витала идея государственного переворота. Наиболее твердым и последовательным ею выразителем являлся Э. Сийес, избранный в мае 1799 года членом Директории. Этот очень осторожный, хитроумный и циничный политик, все годы революции усиленно старавшийся держаться в тени, теперь решил, что настал подходящий момент, когда надо выходить на первый план. Сбросив маску, он взял инициативу в свои руки и развил бурную деятельность. Но для реализации своего замысла ему нужен был исполнитель, или, как говорили тогда, «шпага». Кандидатов на эту роль в то время в Париже было немало. Но большинство из них по тем или иным причинам Сийеса не устраивали. Наконец его выбор пал на Жубера. В отличие от других кандидатов на роль «шпаги», этот генерал, кроме известности, обладал еще и реальной военной силой (был начальником столичного гарнизона). Расчет Сийеса, не без оснований полагавшего, что у Жубера имелись все основания быть недовольным Директорией, оказался верным. Ее мелочная опека, постоянные вмешательства в его распоряжения до предела раздражали генерала, ранили его самолюбие. Не забыл он и того, как с ним обошлись в Италии. И Сийес начал постепенно и методично «обрабатывать» Жубера в нужном направлении, делая основной упор на особенности его характера. А они заключались в том, что генерал был молод, дерзок, самонадеян, ему было присуще здоровое честолюбие. Необычность судьбы, превратившей всего за несколько лет бедного студента в знаменитого генерала республиканской армии, кружила его голову. Его кипучая натура требовала активной боевой деятельности и новых подвигов, но по воле Директории он вынужден был находиться в тылу, охраняя власть и покой презираемых им правителей. Через некоторое время усилия Сийеса достигли своей цели, его задушевные нашептывания попали на благодатную почву. Жубер дал понять ему, что он не против изменения существующего в стране порядка. Жуберу приписывают якобы сказанные им Сийесу слова: «Мне, если только захотеть, достаточно двадцати гренадеров, чтобы со всем этим покончить».
Принципиальная договоренность Сийеса с Жубером была достигнута в начале лета 1799 года. Это был, по существу, замысел государственного переворота 18 брюмера, осуществленного несколькими месяцами позже, но уже другими исполнителями. Реализовать же достигнутую договоренность в реальный план действий летом 1799 года не удалось. Этому помешали непредвиденные обстоятельства.
К лету 1799 года положение на всех фронтах Республики резко ухудшилось. Особенно катастрофическая обстановка сложилась в Италии, где русско-австрийские войска под командованием А. В. Суворова нанесли французам сокрушительное поражение, взяли Милан, Турин и целый ряд других городов. Завоеванная 2 года назад Наполеоном Бонапартом Италия была для Франции потеряна. Возникла реальная угроза вторжения союзных войск на территорию Франции. Обстановка на Рейне и в Нидерландах также не внушала оптимизма. В Париже нарастало смятение.
6 июля 1799 года Жубер был назначен командующим Итальянской армией. Директория поставила перед ним задачу разгромить русско-австрийские войска и отвоевать обратно Италию. Молодой генерал, получив долгожданное назначение в действующую армию, рвался в бой. Он горел нетерпением сразиться с непобедимым Суворовым и восстановить боевую репутацию Итальянской армии, терпевшей до этого от Суворова беспрерывные поражения. Надо сказать, что у Жубера было предвзятое мнение о его будущем противнике. Он наивно полагал, что русская армия — это армия варваров, которая не сможет оказать серьезного сопротивления «цивилизованным» французам, когда командование ими возглавит он, Жубер. При этом ему было неведомо, что «отсталая» в военном отношении русская армия значительно опередила в развитии военного искусства «передовую» французскую, взяв на вооружение новую ударную тактику колонн в сочетании с рассыпным строем стрелков более чем на четверть века раньше западных европейцев, включая и французов. И не только взяла, но и успешно применяла ее на полях сражений в ходе многочисленных войн, которые приходилось вести России в последней трети XVIII века. И далеко не случайно один из основоположников новой, передовой для того времени, тактики в русской армии А. В. Суворов нанес в Италии сокрушительное поражение знаменитому французскому полководцу Ж. Моро, чей авторитет в «табели о рангах» республиканской армии был на порядок выше авторитета Жубера. Но молодой и самонадеянный французский военачальник, не знавший доселе неудач и воодушевленный возложенной на него миссией «спасителя отечества», не сомневался в успехе. И вскоре за свое легкомыслие был жестоко наказан. Прощаясь с молодой женой при отъезде в армию, Жубер, по примеру древних спартанцев, пообещал ей скоро вернуться живым или мертвым. И он… сдержал свое обещание — прошло всего 3 недели и Жубер действительно вернулся в Париж, но только, как говорили спартанцы, «не со щитом, а на щите» (т. е. не победителем, а мертвым).
4 августа с большим триумфом новый командующий прибыл в армию, сменив на этом посту генерала Ж. Моро. Через 4 дня он получил приказ Директории перейти в наступление, атаковать армию Суворова, разгромить ее и овладеть Пьемонтом. 9 августа Жубер двинул свои войска вперед. Им предстояло преодолеть Лигурийские горы и спуститься на равнину у городка Нови, где, по данным разведки, находилась союзная русско-австрийская армия.
15 августа 1799 года произошло решительное сражение при Нови, в котором французская армия потерпела очередное сокрушительное поражение от Суворова, потеряв более половины своего состава (свыше 20 тыс. человек из имевшихся 36 тыс.), и в беспорядке отступила к Генуе. Сам Жубер погиб в самом начале сражения. Он был сражен наповал шальной пулей, когда верхом на коне спешил на левый фланг своей армии, где завязалось сражение.
