Победа под Тулоном принесла Дюгомье громкую боевую славу и широкую известность. Его имя стало неизменно фигурировать в числе лучших полководцев республики.

В начале 1794 года он был назначен командующим Восточно-Пиренейской армией, сражавшейся против испанцев. Армия эта находилась далеко не в блестящем состоянии и с большим трудом сдерживала натиск вторгшегося в пределы Франции противника. Вступив в командование, Дюгомье энергично взялся за повышение ее боеспособности. В сравнительно короткий срок поставленная им цель была достигнута. В апреле 1794 года возглавляемая Дюгомье Восточно-Пиренейская армия перешла в наступление. Под ее ударами противник был вынужден очистить территорию Франции. Боевые действия переместились на испанскую территорию. Развивая достигнутый успех, войска Дюгомье взяли штурмом сильно укрепленные форты Монтескье и Сен-Эльм. При штурме последнего Дюгомье был тяжело ранен, когда лично вел в решительную атаку колонну гренадеров. Но, несмотря на ранение, он не покинул поля боя до конца сражения, которое завершилось полной победой французов. Испанский генерал Коллиура с остатками своих войск был вынужден положить оружие. По распоряжению Дюгомье, его отпустили под честное слово не сражаться против французов до окончания боевых действий, но испанский генерал нарушил данное им слово. В ответ на это Конвент принял постановление — больше в плен испанцев не брать. Однако Дюгомье проигнорировал это бесчеловечное решение. Он считал, что подобные методы ведения войны неприемлемы для честного воина и уважающей себя армии.

Едва оправившись от ранения, Дюгомье вернулся в армию и в мае 1794 года нанес в Восточных Пиренеях сокрушительное поражение испанской армии, спешившей на выручку осажденной французами крепости Беллегард. Противник потерял только пленными свыше 2 тыс. человек и всю артиллерию (до 100 орудий). Сама крепость после длительной осады затем была принуждена к сдаче голодом. Недостаток сил не позволил Дюгомье осуществить вторжение в глубь Испании. Осенью противник попытался перейти в наступление. Собрав свои силы в кулак, Дюгомье нанес встречный удар. 17 ноября 1794 года при Сен-Себастьяне произошло решительное сражение, в котором испанцы были разбиты. Но праздновать радость победы Дюгомье не довелось. В самый решающий момент сражения, когда левое крыло противника было уже опрокинуто стремительной атакой французов, выдвинувшийся в боевые порядки своих войск командующий армией был сражен осколком вражеской гранаты. Для Восточно-Пиренейской армии триумф победы превратился в скорбную церемонию прощания со своим доблестным командармом.

Дюгомье был профессиональным военным, отдавшим армейской службе большую часть своей жизни. Проявив себя как отважный офицер в годы Семилетней войны и прослужив затем долгие годы в королевской армии, он был хорошо подготовленным в военном отношении человеком, хотя к началу Великой французской революции уже и не состоял на военной службе. С началом революции Дюгомье решительно встал на сторону восставшего против монархии народа и принял активное участие в борьбе за провозглашенный революцией лозунг «Свобода, Равенство и Братство». Это было тем более удивительно, что абсолютное большинство его собратьев по классу (богатых плантаторов, использовавших в своих владениях рабский труд) приняло революционные преобразования в штыки и сразу же сделались их непримиримыми противниками. В развернувшейся на острове острой классовой борьбе, переросшей затем в открытую гражданскую войну, Дюгомье был вынужден с оружием в руках сражаться против представителей своего класса, составлявших на Мартинике основу сил контрреволюции. Руководство революционными силами на острове требовало от Дюгомье большого личного мужества, самоотверженности и идейной убежденности в правоте своего дела. Все эти качества были им продемонстрированы наилучшим образом. Вместе с тем Дюгомье проявил себя и как талантливый военачальник, сумевший, несмотря на исключительно с ложные условия обстановки, в течение довольно длительного времени противостоять противнику, располагавшему большим превосходством в силах. Однако неравная борьба, которая велась республиканцами на острове, в конечном счете завершилась их поражением. Немалую роль в этом сыграли и политические просчеты, допущенные Дюгомье и его сподвижниками в ходе гражданской войны на Мартинике. К примеру, они так и не решились пойти на углубление революционных преобразований на острове, в частности, на отмену рабства, чем оттолкнули от себя значительную часть своих сторонников из числа темнокожего населения.

Следующий этап боевой деятельности Дюгомье в годы Великой французской революции связан с его службой во французской революционной армии. В ее рядах за короткий срок он сделал блестящую военную карьеру и быстро выдвинулся в число наиболее прославленных ее военачальников. Дюгомье отличался личной храбростью, большим мужеством и глубоким знанием военного дела. Несмотря на весьма почтенный возраст (ему было уже под 60), он до конца своих дней сохранил ясность ума и завидную энергию, которой могли бы позавидовать и многие более молодые генералы. Дюгомье пользовался высоким авторитетом в войсках за постоянную заботу о них, повседневное внимание к их нуждам, честность, справедливость, демократичность и доступность. Он был принципиальным противником террора, развязанного якобинцами в стране, и не одобрял массовых репрессий как по отношению к населению, выступавшему против существующего режима, так и в отношении поверженного противника. Весной 1794 года Дюгомье отказался подчиниться распоряжению якобинского правительства не брать пленных, считая это варварской акцией, дискредитирующей Республику. Это был поступок большого гражданского мужества с его стороны и вместе с тем очень рискованный шаг, связанный со смертельной угрозой для него лично. Со строптивыми оппонентами и тем более с генералами якобинцы тогда расправлялись беспощадно. Кровавый террор тогда был в самом разгаре. Однако для Дюгомье такой дерзкий поступок, всем на удивление, завершился благополучно, без последствий. Якобинские правители не решились репрессировать популярного в стране и армии генерала. А может, они просто временно отложили расправу до более подходящего момента. В их арсенале имелся и такой прием. Кто знает? История на этот вопрос ответа на оставила… Впрочем, не исключено, что вожди якобинцев просто не успели расправиться с Дюгомье, так как вскоре сами взошли на эшафот, и гильотина, как всегда, сработала безотказно. Отрубленные головы «друзей народа» полетели в ту же корзину, в которой накануне валялись головы «врагов народа». Произошло это 10 термидора II года Республики (28 июля 1794 года) в результате так называемого термидорианского переворота, положившего конец диктатуре якобинцев.

Характерными чертами Дюгомье как военачальника являлись твердость и решительность в выполнении намеченных планов, которые в свою очередь принимались к исполнению только, как правило, после тщательной проработки. При этом Дюгомье был противником шаблона в военном искусстве, его действия всегда отличались творческим подходом к решению боевых задач. Важная роль отводилась проявлению разумной инициативы со стороны подчиненных, от которых Дюгомье требовал действовать сообразно сложившейся обстановке. Обладая редким даром воздействия на войска, он умел и любил увлекать их личным примером на решение самых сложных боевых задач, требующих проявления не только храбрости, но и самоотверженности. За это подчиненные платили ему искренней любовью. Звездным часом в боевой биографии Дюгомье было взятие Тулона, которое сразу же выдвинуло его в число наиболее прославленных полководцев революционной армии. Свою высокую боевую репутацию он подтвердил и в период командования армией в Восточных Пиренеях. Гибель Дюгомье явилась тяжелой утратой как для революционной армии, так и для республиканской Франции. Он вошел в историю как один из наиболее талантливых военачальников эпохи Великой французской революции.