1 февраля 1935 года Гитлер в нарушение условий Версальского договора приказал приступить к строительству подводных лодок, а в марте того же года официально объявил об одностороннем отказе Германии соблюдать условия Версальского мирного договора 1919 года. Вернувшийся из длительного морского похода Дениц назначается командиром 1-й флотилии подводных лодок (11 малых ПЛ). Так произошло возвращение старого подводника в подводный флот (июль 1935 года). 1 октября 1935 года Дениц был произведен в капитаны 1 ранга, а в 1936 году Гитлер назначил его «фюрером подводных сил», т. е. фактически командующим подводным флотом Германии. Вступив в должности, он энергично взялся за возрождение подводного флота Германии. Он глубоко изучает иностранные труды, сам разрабатывает руководства и наставления по боевому применению подводных лодок, руководит конструированием субмарин, вникает во все мелочи, связанные с подготовкой и ведением будущих боевых действия на море, создает теорию ведения подводной войны. Дениц считал, что основное назначение подводного флота — это действия на морских коммуникациях противника (под ним подразумевалась, прежде всего, Великобритания) с целью подрыва его экономического потенциала. По его мнению, жесткая морская блокада противника должна была свести на нет его военную мощь и обеспечить Германии победу в будущей войне. Наиболее эффективным способом боевого применения подводных лодок Дениц считал действия их отдельными группами, которым он дал наименование «волчьи стаи». Настоял на строительстве подводных лодок, пригодных для действий на океанских просторах. Однако его далеко идущие планы натолкнулись на жесткое противодействие главного командования ВМФ и прежде всего — главнокомандующего Э. Редера, который был убежден, что войну на море можно выиграть только с помощью мощных соединений крупных надводных кораблей и негативно относился к идеям Деница. Между Деницем и командованием кригсмарине (ВМС) развернулась упорная борьба, которая велась из-за приоритетов в строительстве военно-морских сил и, следовательно, из-за выделяемых на это финансовых ресурсов. Победил Дениц, заручившийся поддержкой Гитлера. Редер и его сторонники были отстранены от вмешательства в дела подводного флота, а «фюрер подводных сил» получил необходимую свободу действий. Однако быстро реализовать свой план создания подводного флота из 300 субмарин Дениц не смог. Причина заключалась в ограниченных возможностях германской кораблестроительной промышленности, — она могла выпускать только по 2 подводных лодки в месяц. Поэтому к началу Второй мировой войны германский подводный флот насчитывал всего лишь 57 подводных лодок, из которых только немногим более 1/3 могли действовать на океанских коммуникациях. Тем не менее войну подводники Деница начали успешно. В течение первого же месяца (сентябрь 1939 года) они потопили около 30 кораблей и судов противника общим водоизмещением 175 тыс. т, в том числе были уничтожены английский авианосец «Корейджес» (водоизмещение 22,5 тысяч тонн), торпедированный в Северной Атлантике подводной лодкой капитан-лейтенанта Шугарта, и несколько эсминцев. 1 октября 1939 года Дениц получил чин контр-адмирала, и должность его теперь стала официально называться — командующий подводными силами германского ВМФ. В ночь на 14 октября 1939 года подводная лодка U-47 (капитан-лейтенант Г. Прин) совершила невероятное. Она проникла в тщательно охраняемую главную базу английского флота Скопа-Флоу и потопила линкор «Ройал Оук» (водоизмещение 31,2 тыс. т). Вместе с флагманом английского флота погибли свыше 800 человек его команды, включая и командующего флотом адмирала Бенгроува. Эта блестящая с точки зрения военно-морского искусства операция была разработана лично Деницем. К 1 апреля 1940 года потери Великобритании в морском тоннаже составили более 340 тыс. т. Однако для англичан, располагавших тоннажем в 24 млн т и ежемесячно спускавших с верфей на воду судов водоизмещением 200 тыс. т, эти потери не являлись слишком уж тяжелыми. Английский флот по-прежнему продолжал сохранять господство на море, а морские коммуникации Великобритании немецким подводным лодкам нарушить не удалось.
Весной 1940 года Дениц выступил против проведения Норвежской операции. Он считал, что отвлекать крупные силы подводного флота для решения этой частной задачи нецелесообразно. Однако его попытка убедить Гитлера в том, что все усилия подводного флота необходимо сосредоточить на основных морских коммуникациях противника, пролегающих через Атлантику, к желаемому результату не привела. Для участия в Норвежской операции 1940 года фюрер приказал Деницу выделить 42 подводные лодки. Затем еще 30 подводных лодок, несмотря на возражения Деница, по приказу Гитлера были направлены в Средиземное море. Все это, естественно, привело к резкому ослаблению активности германского подводного флота на просторах Атлантического океана.
После разгрома Франции Дениц был награжден Рыцарским крестом, а также в числе многих других военачальником Третьего рейха повышен в воинском звании, стал вице-адмиралом (июль 1940 года). Захват немецко-фашистскими войсками французских портов позволил Деницу передислоцировать в них часть своих подводных лодок и существенно повысить эффективность их действий. За 7 последующих месяцев германские подводники уничтожили около 350 судов противника водоизмещением свыше 1,7 млн. т. К концу 1940 года Деницу удалось довести количество ежемесячно вводимых в строй подводных лодок до 6. В последующие годы их производство возросло в несколько раз. В 1941 году возглавляемый Деницем германский флот добился новых крупных успехов, а сам он получил чин адмирала. К этому времени положение Великобритании стало критическим: ее потери в кораблях превысили количество вступающих в строй новых кораблей, включая и поступавшие из США.
После вступления в войну США Дениц отдал своим подводникам приказ топить американские корабли (15 января 1942 года). Теперь зона их действий расширилась до берегов Америки. Только за январь 1942 года они потопили свыше 300 судов противника общим водоизмещением около 330 тыс. т. В марте 1942 года Дениц стал генерал-адмиралом. Всего в 1942 году немецкие подводные лодки уничтожили 1160 боевых кораблей и транспортных судов противника, общее водоизмещение которых составляло свыше 6,2 млн т. «Битва за Атлантику» была уже почти выиграна. В январе 1943 года уходит в отставку Редер. На свое место он предложил Гитлеру две кандидатуры генерал-адмирала Р. Карльса и Деница. Выбор фюрера пал на последнего. Немаловажную роль в этом сыграли министр вооружений и боеприпасов А. Шпеер и военно-морской адъютант Гитлера Ф. Путткамер. 30 января 1943 года Дениц был назначен главнокомандующим ВМС (кригсмарине) и одновременно с этим произведен в гросс-адмиралы. Это было высшее воинское звание в германском военно-морском флоте, соответствовавшее чину генерал-фельдмаршала в сухопутных войсках и ВВС. Первое, что сделал новый главнокомандующий, возглавив кригсмарине, — это провел чистку высшего командного состава ВМФ. Со своих постов были сняты многие ставленники Редера, а также все те, кто мог бы составить в будущем конкуренцию самому Деницу, начиная с Карльса. Германский флот такой экстравагантный шаг Деница, конечно, не усилил, но зато укрепил его собственное положение. Затем Дениц решительно выступил против намерения Гитлера ликвидировать весь германский надводный флот, отправив его на переплавку. Вступив в командование всеми ВМС, Дениц практически сохранил за собой и руководство подводным флотом, которым теперь командовал генерал-адмирал Г. фон Фридебург. В марте 1943 года немецкие подводные лодки добились нового крупного успеха, потопив только за один месяц 120 вражеских судов общим водоизмещением 627 тыс. т, потеряв при этом 11 лодок. Гитлер наградил Деница дубовыми листьями к Рыцарскому кресту.
Но вскоре обстановка на море начала меняться в худшую для Германии сторону. Союзники предприняли активные и довольно эффективные меры по борьбе с немецкими подводными лодками. В частности, была резко усилена охрана морских конвоев, стали широко применяться противолодочные самолеты дальнего действия, радары для обнаружения подводных лодок и т. д. Все это привело к тому, что потери союзников на море существенно сократились, а потери немцев в подводных лодках, наоборот, резко возросли. Так, в мае 1943 года немцы потопили только 56 судов противника (общий тоннаж около 300 тыс. т), но потеряли при этом 41 свою подводную лодку. Дениц был вынужден вывести из западных и центральных районов Атлантики большую часть своих подводных лодок. После этого германский подводный флот уже не мог сколько-нибудь существенно ограничивать грузопотоки союзников через океан.
