После разгрома Франции корпус Манштейна был оставлен там в составе оккупационных войск. В феврале 1941 года Манштейн назначен командиром 56-го моторизованного корпуса (8-я тд, 3-я мд, 3-я мд СС и 250-я пд).
С началом войны против Советского Союза он вошел в состав 4-й танковой группы (генерал Э. Гепнер) группы армий «Север» (генерал-фельдмаршал В. фон Лееб). После вторжения немецко-фашистских войск на территорию Советского Союза Манштейн действовал умело и стремительно. За 5 дней его моторизованный корпус совершил бросок на 250 км и захватил плацдарм на р. Западная Двина в районе Даугавпилса. Затем последовал новый бросок к озеру Ильмень. Но там, в районе Сольцы (14—18 июля 1941 года) корпус Манштейна подвергся контрудару советских войск и потерпел поражение. В последующем Манштейн успешно действовал в районе Демянска, а также в полосе между озером Ильмень и Чудским озером, отражая контрудары советских войск. 13 сентября 1941 года назначен командующим 11-й армией (30-й, 54-й ак, 44-й гск и 1-я мд СС), наступавшей на крымском направлении. Кроме того, в оперативном подчинении Манштейна находилась 3-я румынская армия.
В конце октября 1941 войска, возглавляемые Манштейном, прорвали оборону советских войск на Перекопском перешейке и ворвались в Крым. Находившиеся там советские войска были разгромлены, потеряв только пленными до 100 тыс. человек. Но захватить с ходу Севастополь Манштейну не удалось.
В октябре 1941 года войска левого фланга 11-й армии во взаимодействии с 1-й танковой армией генерала Э. фон Клейста разгромили северо-западнее Бердянска советские 9-ю и 18-ю армии. Здесь немецкие войска взяли в плен в общей сложности 65 тыс. человек, захватили или уничтожили свыше 200 танков и около 700 орудий. В январе 1942 года Манштейн был произведен в генерал-полковники. В мае 1942 года он одержал новую крупную победу, наголову разгромив войска советского Крымского фронта и овладев Керченским полуостровом. Советские войска потеряли там около 170 тыс. человек только пленными, свыше 250 танков и до 1100 орудий. Осада Севастополя войсками Манштейна продолжалась более 8 месяцев. Только 3 июля 1942 года его удалось взять штурмом. В плен было захвачено до 90 тыс. человек.
За свои громкие победы в Крыму и взятие Севастополя Манштейн был произведен в генерал-фельдмаршалы (1 июля 1942 года). После завоевания Крыма 11-я армия была переброшена в состав группы армий «Север» для нанесения решающего удара по Ленинграду.
Поручив Манштейну общее руководство боевыми действиями немецко-фашистских войск под Ленинградом, Гитлер не сомневался, что победитель Севастополя покорит и Ленинград. Но новоиспеченный фельдмаршал не оправдал его надежд. Советские войска упредили противника, перейдя в конце августа 1942 года в контрнаступление на северо-западном направлении. Вместо штурма Ленинграда войскам Манштейна пришлось отражать удары Красной Армии. С большим трудом им все же удалось сдержать мощный натиск русских. В конце этого сражения погиб сын Манштейна, лейтенант 51-го танкового полка. Потрясенный тяжелой утратой Манштейн сразу же после похорон уехал в отпуск, в Германию.
Через несколько дней после его возвращения на фронт приходит известие об окружении 6-й армии в районе Сталинграда. Спасать ее Гитлер поручил Манштейну. С этой целью в срочном порядке создается новая группа армий «Дон», которую возглавил Манштейн (ноябрь 1942 года). Но предпринятая им в декабре 1942 года попытка деблокировать 6-ю армию закончилась неудачей. Затем войска Манштейна были разбиты Красной Армией в боях на Дону. Лишь с большим трудом Манштейну удалось удержать Ростов и не допустить полного разгрома всего южного крыла германского Восточного фронта (группировка численностью около 900 тыс. человек). 13 февраля 1943 года группа армий «Дон» была переименована в группу армий «Юг». В феврале — марте 1943 года Манштейн провел успешное контрнаступление на харьковском направлении, отбросив советские войска за р. Северский Донец и овладев Харьковом, за что был награжден дубовыми листьями к Рыцарскому кресту (12 марта 1943 года). Однако крупное наступление, предпринятое Манштейном летом 1943 года на курском направлении, закончилось полным провалом. Перехватить стратегическую инициативу у Красной Армии не удалось.
Потерпев поражение в битве на Курской дуге, войска группы армий «Юг» были вынуждены под ударами советских войск начать отступление к Днепру.
3 сентября 1943 года Манштейн, поддержанный генерал-фельдмаршалом Г. фон Клюге, предложил Гитлеру провести коренную реорганизацию высшего военного руководства вермахта — учредить пост главнокомандующего Восточным фронтом, упразднить ОКВ и передать руководство всеми фронтами Генеральному штабу сухопутных войск, а также провести ряд других мероприятий этого же плана, т. е. по существу предполагалось отстранить Гитлера от руководства боевыми операциями германской армии. Но Гитлер наотрез отказался даже обсуждать этот вопрос.
С большим трудом Манштейну удалось осенью 1943 года остановить мощное наступление Красной Армии на Днепре и западнее его. В октябре 1943 года в результате успешно проведенного контрудара в районе Кривого Рога Манштейну удалось нанести серьезное поражение выдвинувшейся далеко вперед одной группировке советских войск.
Но в конце декабря 1943 года Красная Армия перешла в общее наступление на Правобережной Украине. Фронт обороны немецко-фашистских войск затрещал по всем швам. Удары советских войск следовали один за другим, взламывая оборону противника то на одном, то на другом направлении.
В начале января 1944 года Манштейн обратился к Гитлеру с просьбой разрешить ему отвести все южное крыло Восточного фронта на новый оборонительный рубеж, но получил отказ.
Вскоре крупная группировка немецко-фашистских войск (2 армейских корпуса и корпусная группа 8-й армии) — всего 10 дивизий и одна бригада общей численностью 80 тыс. человек, 1600 орудий и минометов, до 230 танков и штурмовых орудий, все еще продолжавшая удерживать свои позиции на Днепре, оказалась в Корсунь-Шевченковском котле, но Гитлер запретил ей прорыв из окружения. Попытка деблокировать ее закончилась неудачей. И тогда Манштейн проигнорировал приказ Гитлера и разрешил остаткам окруженной группировки идти на прорыв. Но было уже поздно. К этому времени корсунь-шевченковская группировка противника была уже почти полностью уничтожена советскими войсками. Вырваться из окружения 17 февраля удалось лишь ее остаткам (до 7 тыс. человек).
19 марта Манштейн потребовал от Гитлера предоставить ему свободу действий при проведении боевых операций, но вновь получил отказ. 23 марта в окружение попала 1-я танковая армия (генерал Г. Хубе), которой Гитлер также запретил отступать. 25 марта Манштейн, пригрозив отставкой, потребовал от фюрера отмены этого приказа и добился своего (6 апреля 1-я танковая армия вышла из окружения).
К концу марта 1944 года южное крыло германского Восточного фронта было расколото войсками Красной Армии на две части. Одна из них (группа армий «А») отброшена за р. Днестр, а вторая (возглавляемая Манштейном группа армий «Юг») — в Западную Украину.
30 марта Гитлер вызвал Манштейна в свою ставку, наградил его мечами к Рыцарскому кресту и отстранил от командования группой армий «Юг». Прощаясь с фельдмаршалом, фюрер сказал ему, что если он, Гитлер, задумает крупное наступление, то обязательно поручить возглавить его Манштейну.
Зачисленный в резерв ОКВ, Манштейн так до конца войны и не получил никакого назначения. Впрочем, время от времени фюрер продолжал оказывать ему знаки внимания (пожаловал крупное поместье и т. п.).
В последние дни войны Манштейн был арестован английскими войсками и в 1949 году предстал перед английским военным судом в Гамбурге, приговорившим его за военные преступления к 18 годам тюремного заключения. Подтвердился незыблемый опыт истории: победители всегда правы, и они диктуют свою волю побежденным. Ведь недаром еще в Древнем Риме существовал такой афоризм: «Vae victis» (Горе побежденным).
