Оставшийся без родителей 12-летний Евгений был отдан на воспитание в семью столяра, который начал обучать его своему ремеслу. После освобождения мать устроила Евгения ординарцем к знаменитому генералу Л. Гошу, с которым познакомилась в тюрьме. В этом качестве Богарне сопровождал своего генерала в Вандею и некоторое время участвовал там в боевых действиях против мятежников, а затем был направлен в Сен-Жерменскую военную школу.
После подавления мятежа роялистов в Париже 13 вандемьера (5 октября 1795 года) по распоряжению Конвента у всех жителей столицы было отобрано оружие.
Вскоре Жозефина послала своего сына — воспитанника военной школы — к командующему войсками парижского гарнизона генералу Наполеону Бонапарту с просьбой вернуть шпагу покойного мужа. Бонапарт был искренне тронут красивой наружностью и благородными манерами мальчика, а также тем жаром, с которым он убеждал генерала удовлетворить его просьбу. Шпагу Бонапарт ему не отдал, но высказал пожелание, чтобы его мать лично прибыла за нею. Визит Жозефины Богарне к генералу Бонапарту состоялся, и просьба ее была исполнена. А через несколько месяцев после этого первого знакомства Бонапарт женился на вдове генерала Богарне.
Весной 1796 года Бонапарт был назначен главнокомандующим Итальянской армией. Вскоре к нему в Италию прибыл пасынок, закончивший военную школу и произведенный в офицеры кавалерии. Бонапарт оставил его при себе адъютантом. В качестве адъютанта главнокомандующего армией Евгений Богарне принял участие в Итальянском походе Бонапарта 1796—1797 годов, сопровождая своего генерала почти во всех крупных сражениях этой кампании. Показал себя храбрым и грамотным офицером. Затем участвовал в Египетской экспедиции Бонапарта 1798—1799 годов, по-прежнему исполняя обязанности адъютанта главнокомандующего. Отличился в сражении при Пирамидах (21 июля 1798 года) и Сирийском походе (февраль-июнь 1799 года), особенно при взятии крепости Яффа (7—8 марта 1799 года) и осаде Сен-Жан-д’Акр (март-май 1799 года), где был ранен в голову. В октябре 1799 года вернулся во Францию вместе с Бонапартом и принял участие в перевороте 18 брюмера (9 ноября 1799 года), в результате которого к власти в стране пришел Наполеон Бонапарт, а Богарне стал адъютантом первого консула Французской республики.
В начале 1800 года его адъютантская служба закончилась. Произведенный в капитаны Богарне был назначен командиром эскадрона конных егерей Консульской гвардии. Участвовал в Итальянском походе Бонапарта 1800 года, переходе через Альпы и взятии Милана. Особо отличился в сражении при Маренго (14 июня 1800 года), во время которого знаменитая атака гвардейской кавалерии, поддержавшей контратаку пехоты генерала Л. Дезе, явилась переломным моментом в ходе этого сражения. Победа была буквально вырвана из рук противника, когда, казалось, никаких шансов на нее у французов уже не было. За храбрость и мужество, проявленные в сражении при Маренго, 19-летний Богарне был произведен в полковники гвардии.
Годы мира (1801—1805) он посвятил углубленному изучению теории военного искусства и достиг в этом немалых успехов. В начале 1804 года был произведен в бригадные генералы. Было ему в ту пору всего 22 года. Так что генералом Евгений Богарне стал даже раньше, чем его знаменитый отчим.
После установления во Франции Империи и коронации Наполеона получил титул принца и должность государственного канцлера, войдя, таким образом, в узкий круг высших сановников Империи (1804).
В мае 1805 года Наполеон провозгласил себя королем Италии, поручив непосредственное управление новым королевством своему пасынку, возведенному по этому случаю в сан вице-короля Италии (26 мая 1805 года). Одновременно Евгений Богарне получил чин дивизионного генерала.
Пользуясь неограниченным доверием Наполеона, он энергично взялся за устройство врученного ему королевства, проявив при этом незаурядные административные способности и государственное мышление. Это позволило ему сравнительно быстро снискать доверие и уважение своих новых подданных. Основные усилия вице-король сосредоточил на вопросах государственного устройства, заново создав все органы власти Итальянского королевства как в центре, так и на местах. Под его непосредственным руководством была создана итальянская армия. Большое внимание уделялось организации общественных работ, в которых задействовалась значительная часть населения страны, получившая таким образом средства к существованию. Значимость этого мероприятия состояла в том, что на протяжении многих лет, пока на территории Северной Италии один за другим проносились военные ураганы, данным вопросом никто не занимался и население было предоставлено само себе, каждый выживал как мог, никого это не интересовало. Зато грабежи и реквизиции, проводившиеся войсками воюющих сторон, следовали с регулярным постоянством и окончательно разорили основную массу народа. Общественные работы проводились с целью прокладки дорог, постройки мостов, каналов, почтовых станций, укрепления берегов рек и т. п.
В кампаниях 1805 года против Австрии и России, 1806 и 1807 годов против Пруссии и России Богарне не участвовал, будучи занятым делами государственного устройства Итальянского королевства, а также формированием Итальянской армии. 2 января 1806 года Наполеон женил его на дочери баварского короля принцессе Августе[19], а через два дня усыновил его под именем «Евгений — Наполеон Французский». В 1807 году Наполеон объявил Евгения Богарне наследником итальянского трона с титулом князя Венецианского.
В войне 1809 года с Австрией Богарне впервые выступил в роли главнокомандующего, возглавив Итальянскую армию. Правда, еще не будучи вполне уверенным в его способностях возглавлять армейское объединение, и главное, отчетливо сознавая, что его приемный сын не обладает необходимым боевым опытом для занятия такой ответственной должности, Наполеон приставил к нему наставником опытного генерала Ж. Макдональда (будущий маршал Франции). Под руководством и опекой этого военачальника принц Евгений делал свои первые шаги в роли главнокомандующего армией, постигая искусство руководства крупными массами войск в боевой обстановке.
Начало кампании 1809 года сложилось для Итальянской армии неудачно. Австрийская армия в Италии (эрцгерцог Иоанн) имела большое превосходство в силах. Под ее натиском войска Итальянской армии были вынуждены отступать. В сражении при Салиле (16 апреля 1809 года) они потерпели поражение. Но, получив крупные подкрепления, в результате чего численность Итальянской армии возросла до 68 тыс. человек, Богарне немедленно перешел в контрнаступление. Последовательно нанеся поражения противнику в сражениях на реке Брента, а затем — на берегах Пиавы, он вытеснил австрийцев из Италии и в начале мая перенес боевые действия на территорию Иллирийских провинций. Решающую роль в достижении этих успехов сыграли, конечно, победы Наполеона в Германии, вынудившие австрийцев начать отступление из Италии. Вместе с тем нельзя не отдать должное и главнокомандующему Итальянской армией. Принц Евгений во время этой кампании проявил не только хорошие организаторские способности, но и военный талант. Он осуществлял руководство войсками с необходимой для полководца твердостью и умением, действовал разумно и решительно, но в то же время осмотрительно, реально учитывал сложившуюся на театре военных действий оперативно-тактическую обстановку, стремился не допускать крупных оперативных просчетов. В целом экзамен на зрелость в своей новой роли Евгений Богарне выдержал вполне успешно. Сомнения Наполеона в отношении военных способностей своего воспитанника рассеялись.
Новые поражения австрийцам армия Богарне нанесла на подступах к реке Сава, разгромив противника при Тарвисе и Лайбахе (Любляна). В последнем из этих сражений войска Итальянской армии взяли в плен 4 тыс. австрийцев во главе с генералом М. Мерфельдом, бывшим до войны послом Австрии в России. Развивая наступление дальше на северо-восток, войска Итальянской армии нанесли противнику новое поражение при Санкт-Микеле и в конце мая 1809 года под стенами Вены соединились с армией Наполеона. К этому времени армия вице-короля насчитывала всего лишь 23 тыс. человек и около 100 орудий, так как крупные силы ему пришлось оставить в Италии и Иллирийских провинциях, а также выделить для охраны своих растянувшихся коммуникаций и ведения боевых действий в Тироле. Сюда же следует добавить и понесенные в боях потери. Австрийская армия эрцгерцога Иоанна в ходе энергичного преследования ее войсками Богарне также понесла большие потери.