В 1940 году митрополит Сергий предложил митрополиту Эстонскому Александру (Паулусу) и митрополиту Латвийскому Августину (Петерсону) вернуться в Московскую патриархию. После переговоров духовенство и приходы перешли в юрисдикцию Московского патриархата. На Таллинской кафедре правящим архиереем остался архиепископ Александр (Паулус), который дал клятву верности Московской патриархии. В начале 1941 года в Литву вместо скончавшегося митрополита Виленского и Литовского Елевферия (Богоявленского) был направлен архиепископ Сергий (Воскресенский) с возведением в сан митрополита и назначением экзархом Латвии и Эстонии.

В начале 1941 года на территорию Западной Украины был перемешен архиепископ Николай (Ярушевич), возведенный в сан митрополита Волынского и Луцкого. Он же стал новым экзархом Украины, а резиденцией экзархата стал город Луцк.

На вновь вошедшей в состав Советского Союза территории было значительное число католических и униатских храмов и монастырей. Насчитывалось до восьми миллионов католиков и грекокатоликов. Новая религиозная ситуация актуализировала после почти десятилетнего отсутствия каких-либо официальных и неофициальных связей и вопрос о взаимоотношении СССР с Ватиканом. К тому предпринимал попытки и Ватикан, хотя в августе 1940 года советские власти объявили о разрыве дипломатических отношений стран Прибалтики с Ватиканом.

Известно, что в октябре 1940 года полпред СССР в Югославии В. А. Плотников сообщал в Наркомат иностранных дел, что по поручению Пия XII к нему обратился хорватский католический священник с официальным предложением принять в Москве уполномоченных Ватикана для переговоров. Однако позиция Москвы была жесткой, и Молотов ответил, что «советское правительство не видит возможности заключить соглашение с Папой, так как это соглашение могло бы вызвать недовольство как православного духовенства, так и религиозно настроенных прихожан, не сочувствующих Католической церкви»^[150].

Правда, при этом советские власти отрицали всякие сообщения зарубежных средств массовой информации о «преследованиях и гонениях» на верующих-католиков. Приведем характерное высказывание Ярославского: «До сих пор еще эти мракобесы продолжают уверять население, будто советская власть закрывает все церкви, запрещает молиться, преследует за веру и т. п. Этим занимается и вражья агентура Ватикана… В зарубежной печати, особенно католической, мы встречаем самые дикие выдумки, относящиеся к антирелигиозной деятельности в Западной Украине и Западной Белоруссии… Мы должны показать всю недобросовестность, всю гнусность выдумок реакционеров, мракобесов»^[151].

Однако очень скоро на «новые советские территории» во все более широком масштабе стал привноситься уже имевшийся опыт «урегулирования» отношений с религиозными организациями: ликвидировались религиозные партии и церковно-общественные объединения; закрывались философско-теологические факультеты в государственных учебных учреждениях, монастыри, храмы, церковные типографии и магазины религиозной литературы; национализировалась собственность религиозных обществ; депортировалась часть духовенства. В качестве оправдания этим и другим подобным мерам использовался тезис о том, что среди духовенства и церковного актива особенно много тех, кто борется с советской властью и выступает за возвращение старых порядков^[152].

Накануне Великой Отечественной войны казалось, что правящая коммунистическая партия близка к достижению провозглашенной в области религиозных отношений цели. Количество православных храмов сокращалось день ото дня. В 1941 году всего насчитывалось 3021 храм и 64 монастыря, которые обслуживали 28 епископов и 6376 священнослужителей^[153]. «Бесцерковные» и «безбожные» деревни, поселки, города, районы и даже целые области насчитывались десятками и сотнями. Согласно проводимым тогда официальным социологическим исследованиям и опросам, количество верующих сокращалось день ото дня^[154]. Государственно-партийные средства массовой информации и антирелигиозная литература свидетельствовали о «поддержке трудящимися массами» курса церковной политики государства как наиболее полно обеспечивающего свободу совести.

Буквально в канун войны, в марте 1941 года, на встрече с работниками антирелигиозных музеев Ярославский, главный антирелигиозник страны, говоря о «результативности» антирелигиозной работы, отмечал, что граждане все реже обращаются с ходатайствами об открытии ранее административно закрытых культовых зданий, об организации религиозных общин. «Охотников, — резюмировал он, — обращаться с такими ходатайствами с каждым днем становится все меньше и меньше. А там, где такие ходатайства поступают, инициаторами их являются кулаки, служители культа и бывший церковный актив, единоличники»^[155].

Но, конечно, религиозная жизнь в стране в ее реальном виде была совсем другой, чем представлялось «антирелигиозным мечтателям». В частности, это проявилось в те же мартовские дни 1941 года, когда в Москве прошли торжества по случаю сорокалетия служения в архиерейском сане митрополита Сергия. Тысячи православных верующих собрались в кафедральном соборе: москвичи, представители почти всех епархий, расположенных в СССР, гости из-за рубежа. Никогда старые стены Елоховского собора не слышали такого могучего многолетствования блаженнейшего юбиляра, которое пелось единодушно всеми молящимися. Когда же по окончании службы митрополит Сергий вышел на паперть собора, люди, заполнившие площадь, обнажили головы и стали забрасывать цветами своего глубокочтимого и горячо любимого «дедушку-владыку»^[156].

В апреле 1934 года на объединенном заседании Секретариата ЦИКа СССР и ВЦИКа было принято решение об образовании при Президиуме ЦИКа СССР Постоянной комиссии по рассмотрению культовых вопросов. Спустя месяц комиссия была организована и приступила к работе. В состав союзной комиссии вошли представители Верховного суда СССР, НКВД, ВЦСПС, Верховного Совета и Прокуратуры СССР, ЦК ВКП(б), Института философии Коммунистической академии, Центрального союза воинствующих безбожников. Возглавил комиссию П. Г. Смидович. В качестве первоочередных ставились задачи разработать общесоюзный закон о религиозных организациях и добиваться единообразия в осуществлении органами власти вероисповедной политики в центре и на местах. В круг ежедневных дел, рассматриваемых комиссией, включались разработка и предварительное рассмотрение проектов постановлений по вопросам, связанным с деятельностью религиозных организаций, внесение их на рассмотрение ЦИКа СССР и его президиума, общий учет религиозных организаций, сбор сведений о религиозной ситуации в стране.

Непросто складывались отношения союзной комиссии с ЦИКами союзных республик и их комиссиями по культовым вопросам. Стремясь выработать общую точку зрения на церковную политику и скоординировать совместные усилия, Центральная комиссия во второй половине 1934 года заслушала на своих заседаниях отчеты представителей Украины, Белоруссии, Узбекистана, Армении, Грузии. Была достигнута договоренность о совместной работе над союзным законопроектом о религиозных организациях, регулярном обмене информацией о религиозной ситуации и принимаемых правовых актах. Были выработаны порядок и условия рассмотрения материалов о закрытии культовых зданий и коллективных жалоб верующих. Право окончательного решения по всем этим вопросам закреплялось за Президиумом ЦИКа Союза ССР, а материалы к заседанию президиума поручалось вносить Центральной комиссии.