Восстановление епархий и образование новых требовало все большего числа иерархов. Из сохранившихся записей бесед Карпова с патриархом Сергием видно, что этот вопрос был одним из самых обсуждаемых. Часть из вакансий заполнялась либо епископами, воссоединенными с Патриаршей церковью, либо рукоположенными из числа вдовствующего белого духовенства. Усилия патриарха Сергия давали результат: уже к концу 1943 года епископат состоял из 25 правящих архиереев, а в марте 1944 года насчитывалось 29 архипастырей. Но этого было недостаточно. И если в первоочередном порядке назначались епископы в епархии на освобождаемой от оккупантов территории, то епископские кафедры в «тыловых» областях страны оставались длительное время незамещенными, или епископам приходилось окормлять приходы в двух, а то и в трех епархиях. Еще одной попыткой решить «кадровый голод» стало стремление патриарха Сергия добиться освобождения иерархов, в разное время осужденных и отбывавших наказание в лагерях и тюрьмах. Помня слова Сталина на сентябрьской встрече о том, что каждое такое обращение будет рассмотрено, патриарх в октябре 1943 года направил Карпову письмо с просьбой об амнистии ряда иерархов, которых он хотел привлечь к церковной работе.

По мере того как церковь возрождалась, встречи Карпова и патриарха Сергия становились все более частыми. Особенно интенсивными они были весной 1944 года. Вот и в этот раз, 5 мая, Карпов принял патриарха по его просьбе…

— Простите за настойчивость, Георгий Григорьевич, но я просил о встрече по чрезвычайно волнующему меня вопросу.

— Пожалуйста, ваше святейшество, я в вашем распоряжении.

— Во-первых, надо согласовать предложения по перемещению иерархов. Архиепископа Тамбовского Луку (Войно-Ясенецкого) надо бы назначить в Тулу, архиепископа Краснодарского Фотия (Топиро) — на какую-либо свободную кафедру, архиепископа Ставропольского Антония (Романовского) — в Краснодар.

— Что касается архиепископов Фотия и Антония, у меня нет каких-либо возражений, что же до Луки, то надо бы подождать. — Карпов вытащил из стола документ и положил перед собой. — Я зачитаю фрагмент поступившего к нам сообщения: «Архиепископ Лука в хирургическом госпитале в своем кабинете повесил икону, перед исполнением операций совершает молитвы. На совещании врачей эвакогоспиталей за столом президиума находился в архиерейском облачении. В дни Пасхи 1944 года делал попытки совершать богослужения в нефункционирующих церквах, делал клеветнические по отношению к обновленческому духовенству заявления…» — Карпов отложил документ и продолжил: — Далее в таком же духе. Налицо нарушения существующего законодательства о культах. Отмахнуться от этого я не могу. А потому стоит, может, хлопотать не о переводе его в иную епархию, а об увольнении на покой?

— Да так ли уж тяжки грехи владыки Луки? — вступился патриарх. — Если он что-то нарушает, мы обратим его внимание на это. Но Лука хочет и может еще многие годы служить церкви. Мы этому рады. А перевести его на новое место служения нас побуждает то, что в Туле ему Наркомздрав обещает место хирурга в больнице.

— Если такая договоренность есть, мы уточним все детали в наркомате, а тогда и примем окончательное решение. — Посчитав, что с вопросом о Луке покончено, Карпов стал излагать свои предложения. — Есть у меня к вам маленькая просьба. В ближайшие дни будет объявлено о выпуске третьего Государственного военного займа. Было бы желательно, чтобы Московская патриархия и духовенство приняли участие в подписке на займ своевременно и организованно.

— Георгий Григорьевич, — заулыбался патриарх, — в этом не сомневайтесь, мы откликнемся на нужды Отечества… Есть еще один вопрос, мучающий меня. Помнится, осенью прошлого года подавал я в правительство прошение об амнистии иерархам. Столько времени прошло, а известий все нет.

Патриарх говорил, а сам смотрел на Карпова, пытаясь по выражению его лица угадать предполагаемый ответ. Тот, казалось, ждал этого вопроса. И почудилось патриарху, что собеседник хочет ответить отрицательно. Спеша упредить его в этом и до конца разъяснить свою позицию по столь щекотливому вопросу, патриарх продолжил:

— Я не беру на себя решение вопроса, насколько эти лица заслужили наказание, но питаю уверенность, что, окажи им правительство милость, это побудит их показать свою полную лояльность к гражданской власти, загладить свою вину.

— Иван Николаевич, совет пытался собрать полные сведения о лицах, коих вы упоминали в письме. Но узнать удалось немного, и только это обстоятельство заставляло нас не торопиться с ответом. Но раз вы настаиваете…

Карпов встал, прошел в угол кабинета и отдернул штору, за которой оказался сейф — в его дверце уже торчал ключ. Повернув его, председатель достал тощую серую папку. Вернувшись к столу, положил ее на стол и раскрыл.

— Раз вы настаиваете, — повторил он, — зачитаю сведения, полученные из архивов НКГБ. — Он стал медленно, словно нехотя, читать: — «По наведенным справкам в разное время в местах заключения умерли: Павел Петрович Борисовский — митрополит Ярославский Павел; Николай Федорович Кузнецов — архиепископ Сарапульский Алексей; Петр Кузьмич Крошечкин — архиепископ Могилевский Павлин; Владимир Сергеевич Козлов — епископ Уфимский Григорий; Андрей Алексеевич Широков — епископ Волоколамский Иоанн; Владимир Сергеевич Смирнов — епископ Пензенский Феодосий. Отбыли свое заключение и освобождены, но нынешнее местожительство неизвестно: Сергей Алексеевич Козырев — епископ Бежецкий Григорий; Илья Константинович Попов — епископ Бугурусланский Ираклий…»

Карпов смолк. Подавленно молчал и патриарх. Многих он знал лично, и теперь трагическое известие ставило точку в судьбе многих, кто бесследно исчез в мрачные 1930-е годы.

— А что же с остальными? — подал наконец голос патриарх.

— С остальными? О них сведений нет. Но мы не оставляем надежды что-либо узнать и уведомим вас о результатах в ближайшее время.

Параллельно с церковными событиями, ставшими возможными после встречи митрополитов Русской церкви с главой правительства СССР Сталиным, проходили организация и становление нового государственного органа — Совета по делам Русской православной церкви. Местом его размещения поначалу стал старинный особняк на Кропоткинской улице (дом 20), а в конце 1943 года — двухэтажный кирпичный особняк в одном из соседних тихих переулков старой Москвы. Этот дом за ажурной чугунной решеткой, стоящий в тени высоченных деревьев, стал на долгие 20 лет местом встречи и переговоров представителей государства и Русской церкви, приемов различных международных церковных делегаций. Чуть ли не ежемесячно в период своего патриаршества бывал здесь и Сергий Страгородский.

Совет по делам Русской православной церкви становился частью системы центральных государственных учреждений и отнесен был к непосредственному ведению правительства СССР. Все центральные учреждения и ведомства обязывались предварительно согласовывать проводимые ими мероприятия, связанные с вопросами, относящимися к ведению совета, и предоставлять запрашиваемые материалы и сведения.

В начале октября 1943 года было утверждено положение «О Совете по делам Русской православной церкви при Совнаркоме СССР». В перечень его полномочий включалось: