Партия королевы Марии после пятилетней бесплодной борьбы значительно обессилела. В ее руках оставалась теперь лишь крепость Эдинбург. Киркэльди ла Гранж и Летингтон держались в эдинбургской цитадели, где ожидали помощи, обещанной французским двором. Тогда как прочие приверженцы Марии Стюарт, с Гамильтонами и Гордонами во главе, пошли на соглашение, предложенное им Мортоном, эти двое храбрых защитников Эдинбурга имея в своем распоряжении всего двести солдат, решили сопротивляться до конца. Они не хотели слышать о сдаче, полагаясь на неприступность своей твердыни и ожидаемую помощь французов.
Однако союзники не пришли им на выручку. Против крепости повели осаду. За недостатком средств обороны она не могла оказать продолжительного сопротивления, и вскоре ее мужественные защитники принуждены были сдаться. Летингтон умер в тюрьме, а Киркэльди ла Гранж был повешен мстительным регентом Мортоном на Крестовой площади Эдинбурга.
С их смертью партия Марии Стюарт в Шотландии окончательно погибла. Королева страшно горевала, часто впадая в уныние. Однако суровость ее заточения насколько смягчили, да и сама она изменила теперь свое поведение и речи. Она старалась кротостью добиваться свободы, которой ей не удалось достичь силой. Вооружась терпением, Мария, прежде высокомерная, красноречивая, беспокойная и смелая, превратилась в почти смиренную женщину. Она избегала всего, что могло возбудить подозрительность Елизаветы, и ограничивалась в своих письмах к ней только тем, что относилось к управлению ее вдовьей частью во Франции. Из-за сырости тюремных стен Мария заболела ревматизмом, который мучил ее вместе с хронической болезнью печени. По ее просьбе ей было разрешено пользоваться минеральными ваннами в Шеффилде.
Вместо того, чтобы затевать заговоры в Англии, в Шотландии и на континенте, Мария Стюарт рассеивала скуку неволи, забавляясь птицами и собаками, или же занималась шитьем. Она поручала покупать для нее шелк, атлас, ленты для изящных дамских рукоделий, которые подносила потом, через посредство Ла-Мот-Фенелона, королеве Елизавете. При первом известии о том, что та благосклонно приняла ее подношения, Мария написала ей, что была обрадована такой милостью и готова во всем угождать и повиноваться Елизавете. Движимая этим желанием, она часто просила епископа. Глазгоуского выписывать ей из Франции то одно, то другое, что можно было поднести в дар Елизавете, какие- нибудь браслеты, зеркала или модные новости. Она радовалась, что эти подарки всегда принимались благосклонно. Вот до чего дошла несчастная Мария Стюарт!
Вместе с тем она старалась задобрить также и наиболее важных советников Елизаветы; она просила принца, своего родственника, передавать от нее подарки и изъявления благодарности графу Лейстеру, который обещал действовать в ее пользу; Бэрлею она писала самые дружеские письма; льстила даже беспокойному Валингэму, сделавшемуся статс-секретарем после назначения Бэрлея государственным казначеем. Она опасалась беспокойной фантазии этого министра, который, заведуя полицией, заботился теперь о безопасности Елизаветы.
После смерти Карла IX на французский престол вступил Генрих III. До этого он славился мудростью и твердостью, но, сделавшись королем, недолго обнаруживал эти достоинства. Мария Стюарт полагалась на него более всех прочих деверей, которых у нее было трое. Поначалу она думала, что он вступится за нее энергичнее Карла IX, просила не признавать ее сына королем Шотландии. Она хотела, чтобы Генрих III заключил с ней тайный союз и помог ей восстановить свои права, а прежде всего, чтобы он не возобновлял договора, заключенного в апреле 1572 года между Карлом IX и Елизаветой.
Однако Мария лишилась своей главной опоры при французском дворе в лице кардинала Лотарингского, которому была искренне предана, больше, чем всем родственникам, и к которому питала, наибольшее доверие. С его смертью у нее рухнула последняя надежда на поддержку со стороны Генриха III, потому что он под руководством своей матери следовал политике, сделавшей все правление Карла IX тревожным и кровавым. Эта политика лукавства соответствовала наклонностям Екатерины Медичи.
Генрих III возобновил заключенный в 1572 году союз с Англией; тогда Мария Стюарт снова обратилась к Филиппу II и папе через посредство епископа Росского, которого она снова аккредитовала при римском дворе после его освобождения. Папа Григорий XIII, следовавший планам своего предшественника Пия V и поддерживавший восстание в Ирландии, пытался уговорить Филиппа II снарядить экспедицию против Англии под началом дона Хуана Австрийского и предлагал, кроме того, устроить брачный союз между Марией Стюарт и этим молодым принцем. Однако Филипп II остался равнодушен к этим планам, несмотря на часто повторяемые просьбы Марии Стюарт передать ему своего сына как залог католичества. Она даже хотела лишить наследства своего ребенка и перенести его права на могущественного защитника католической веры в Европе.
Частые приступы ее болезней, окружавшие ее в неволе опасности и возможные последствия затеваемых ею заговоров принудили Марию Стюарт составить завещание. Оно было весьма обширно. И в нем она прежде всего заявляла, что оставит свой престол сыну лишь при том условии, если он отречется от учения Кальвина, принятого им по внушению приближенных, и пожелает вернуться в лоно католической церкви.
Тем временем никакого проблеска надежды на лучшее будущее для Марии Стюарт не было, и она уже не рассчитывала больше ни на чью поддержку и участие, за исключением не особенно могущественных Гизов, которые много обещали, но были бессильны сдержать свои обещания.
В продолжение пяти лет своего регентства Мортон поддерживал мир в Шотландии, в течение этого времени в ней не возникали новые политические партии и не возобновлялись старые раздоры. При таких благоприятных условиях росло благосостояние страны. Городская промышленность развивалась, флот прибавлялся, народное благополучие увеличивалось. Столь счастливая перемена в Шотландии возбуждала удивление и почти зависть посланников Елизаветы. Однако оставаться долгое время в спокойствии и подчинении было не в духе шотландского дворянства, ему надоело повиноваться Мортону, ненасытная скупость и крайнее высокомерие которого способствовали возникновению новых заговоров.
Александр Эрскин, гувернер короля, и Бэченан, один из королевских опекунов, заключили между собой союз с целью ниспровергнуть Мортона. К этому союзу примкнули многие из значительнейших представителей старой партии; с общего согласия они отрешили Мортона от регентства в 1578 году и утвердили Иакова VI, не достигшего еще одиннадцатилетнего возраста, в королевских правах, пользование которыми союзники разделили между собой. Мортон внешне спокойно подчинился своему отрешению и после того, как сам провозгласил в Эдинбурге непосредственное управление короля, добровольно удалился в замок Далькейт, оставив, по-видимому, всякие честолюбивые помыслы, и предался мирным занятиям. Но втайне он подготавливал ниспровержение тех, которые низложили его.
Не прошло и двух месяцев, как этот хитрый и предприимчивый вельможа снова ринулся в борьбу с редкой смелостью и полнейшим успехом. При поддержке своих союзников он овладел замком Стирлинг и спорной особой юного короля. От восстановления регентства Мортон отказался, но от имени парламента, который под его руководством и влиянием собрался в замке Стирлинга, он составил государственный совет для ведения общественных дел; высшее руководство советом было передано ему, тогда как на словах авторитет Иакова VI оставался в прежней силе. Снова облеченный королевской властью, хотя и в иной форме, Мортон отчасти поладил и со своими врагами.
Тем не менее против него подготовлялись более решительные действия. Это было делом рук двоих молодых шотландцев, которые, незадолго перед тем прибыв с континента, сумели приобрести доверие Иакова VI и сделались его любимцами.
Эсм Стюарт, известный под именем Д’Обиньи кавалер привлекательной наружности и пленительного ума, утонченных и мягких привычек, покинул французский двор, где он был воспитан, появился в 1579 году при шотландском дворе с тайным поручением от герцога Гиза. Он был католиком, и ему предстояло заменить герцога Этола в качестве главы политической партии, которая осталась верна старинной религии страны и ее королевскому роду. Иаков VI, приходившийся двоюродным братом Эсму Стюарту, принял его чрезвычайно приветливо, привязался к нему, назначил его своим камергером и дал ему титул графа Леннокса. Такое внезапное повышение Эсма Стюарта встревожило Мортона и Елизавету. Они провидели намерения нового любимца; он подвергался нападкам партии ревностных просвитериан как католик, а в то же время английская партия обвиняла его в том, что он замышляет овладеть королем, чтобы увезти его в Джэбертон, а оттуда за границу. Это подозрение было небезосновательно, так как в 1579 и 1580 годах Мария Стюарт только и думала о том, чтобы вывезти своего сына из Шотландии. Однако Елизавета, предупрежденная Мортоном, приняла свои меры.