Хотя силы вражеского флота, блокирующего Миссолонги, увеличились со 135 до 145 кораблей, Миаолис решил повторить свою попытку доставить продовольствие и боеприпасы в Миссолонги. В конце января он сумел доставить в город продуктов еще на 2 месяца. Когда в начале апреля он вернулся в третий раз, оказалось, что войска Ибрагима захватили греческие укрепления на входе в бухту и полностью отрезали Миссолонги от моря. Миаолис отправил Центральному революционному совету депешу с требованием прислать суда с малой осадкой, а сам начал разрабатывать план прорыва в бухту. Однако прежде чем адмирал приступил к его выполнению, голод вынудил жителей Миссолонги принять отчаянное решение. В ночь на 22 апреля все жители города, военные и гражданские, попытались прорваться через вражеские линии. К рассвету из них уцелела лишь горстка.
Падение Миссолонги и распространение влияния турок по всему Пелопонессу поставили под сомнение будущее революции. Однако в то же время крепло по всей Европе движение филэллинов, которых вдохновляла героическая оборона Миссолонги. Все это увеличивало вероятность вмешательства ведущих европейских держав. Займы, выданные английскими банками революционному совету, привели к установлению особенно прочных связей между Греций и Англией. В июне 1825 года вожди революции выпустили прокламацию, выражая желание доверить борьбу за свободу и независимость Греции королю Георгу IV. (Как командующий греческим флотом Миаолис был одним из подписавших эту прокламацию.) Король отклонил это предложение. Впрочем, положение Георга IV тоже было сложным, так как на него давили британские кредиторы, требуя назначить адмирала Джорджа Кохрейна, лорда Дандональда, командующим греческим флотом. Поэтому английский король не дал революционным лидерам возразить, и в феврале 1827 года Кохрейн прибыл в Грецию. Он был назначен главнокомандующим и полностью отвечал за ведение морской войны.
А что Миаолис? Бывший командующий греческими морскими силами теперь командовал новым фрегатом «Эллас» (2200 тонн), построенным в Соединенных Штатах. Американец, который служил офицером в греческом флоте, рассказывал: «Я лично слышал, как Миаолис говорил, что охотно передаст командование своему отважному союзнику Кохрейну, и что, если это принесет пользу его стране, он сам готов служить даже юнгой».
Вклад Кохрейна в революционную борьбу не оказал серьезного влияния на ее исход. Под сильнейшим давлением общественного мнения правительства Великобритании и России предложили Оттоманской империи даровать Греции автономию. Султан отказался. Это привело к тому, что в июле 1827 года был заключен союз между Великобританией, Францией и Россией с целью оказать помощь грекам в завоевании независимости. Одновременно в Эгейское море был отправлен объединенный флот под командованием адмирала сэра Эдварда Кодрингтона, «чтобы помешать расширению военных действий». 20 октября флот Кодрингтона вошел в порт Наварин, расположенный на западном побережье Пелопонесса, где стоял на якорях турецко-египетский флот. Внезапно началась стрельба, причем обе стороны обвиняли в этом противника. Началась последняя крупная битва деревянных кораблей. К концу дня оттоманский флот был уничтожен, и независимости Греции больше ничто не угрожало. Вскоре после этого Кохрейн сдал командование греческим флотом и вернулся в Англию.
Тем временем граф Иоаннис Каподистрия, уроженец острова Корфу, который отличился на русской дипломатической службе, был избран первым правителем Греции. В 1828 году он высадился в Навплии под восторженные крики толпы и взялся за решение труднейшей задачи — формирование правительства раздираемого склоками нового государства. Однако довольно быстро приветственные возгласы сменились недовольным ропотом, когда новый правитель с согласия Национальной ассамблеи временно отменил некоторые статьи конституции. Однако Каподистрия вкладывал всю душу в создание греческого правительства. Обещанная ему помощь держав-протекторов (Британии, Франции и России) оказалась довольно двусмысленной. Так как каждая из этих держав стремилась играть решающую роль в греческих делах, их отношение к Греции менялось от помощи до откровенной вражды и обратно. Каподистрия также столкнулся с ожесточенным сопротивлением местной знати, которая обнаружила, что ее привилегии и власть серьезно ограничены после создания центрального правительства.
Каподистрия признал решающую роль, которую сыграл Андреас Миаолис в ходе войны за независимость. Отважный идриот получил высшее морское звание, и все его амбиции оказались удовлетворены. Другой знаменитый герой революционных войн, Константинос Канарис, получил точно такие же почести. Многие видели в этом тайные происки Каподистрии, который стремился посеять семена раздора между моряками, так как, объединившись, они представляли собой серьезную политическую силу, которая могла противостоять власти Каподистрии.
Миаолис почти не интересовался политикой в первые месяцы правления Каподистрии. Он был занят искоренением пиратства в центральной части Эгейского моря. Он поднял флаг на «Элласе» и патрулировал этот район во главе своей эскадры. Его способности были еще раз продемонстрированы с блеском во время стремительной кампании, когда он атаковал базы пиратов и захватил более 80 кораблей. Он внес новый вклад в укрепление молодого государства, когда участвовал в освобождении Хиоса. Его опытные канониры отправили на дно турецкий фрегат. Позднее он установил морскую блокаду Миссолонги, которая вынудила турецкий гарнизон капитулировать. Над прославленным городом снова взвился греческий флаг. Это событие стало последней операцией Миаолиса в ходе войны за независимость. Одновременно оно стало символом окончания 400 лет турецкого ига.
Наверное вы удивитесь, узнав, что в ходе всей войны Миаолис не потерял ни одного корабля. Один из кораблей Спеце был захвачен турками, когда в сентябре 1821 года во время погони стих ветер. Однако его экипаж успел бежать. В том же году еще один греческий корабль пропал без вести в море. Мы не располагаем точными данными о потерях в личном составе, однако, по оценкам они не превышают 1000 человек убитыми. Совсем иначе обстояло дело у турок. Одни только брандеры Канариса уничтожили 4 крупных оттоманских корабля, на которых погибло более 3000 человек. Во время остальных операций греческих брандеров, а также в различных столкновениях турки и египтяне потеряли в общей сложности более 25000 человек.
Хотя Греция добилась независимости в 1830 году, Каподистрия обнаружил, что его положение стремительно ухудшается. Франция и Британия негласно поддерживали недовольных его правлением. Местное население некоторых районов изгоняло представителей правительства, что провоцировало месть со стороны людей, сохранивших верность Каподистрии. Начались политические казни.
В 1831 году остров Идра начал вести себя как государство в государстве, игнорируя распоряжения центрального правительства. Миаолис, уверившись, что политика Каподистрии ведет Грецию к катастрофе, поддержал сепаратистов. Сначала Каподистрия стремился к компромиссу, благородно предложив забыть бунт Идры, если жители острова сохранят верность правительству. Обнаружив, что его призывы к переговорам остаются без ответа, Каподистрия решил показать силу. Он приказал Канарису привести в порядок корабли греческого флота на верфях Пороса и установить блокаду мятежного острова. Однако губернатор Пороса не уследил за Миаолисом. Адмирал прибыл туда во главе двух сотен моряков и захватил все корабли. После этого он просто отправил Канариса назад с пустыми руками.
Напряжение постепенно нарастало. Оппозиция требовала созыва Национальной ассамблеи, чтобы снять запрет с отмененных статей конституции и ограничить власть Каподистрии. Сам Каподистрия обратился за помощью к командиру русской эскадры в Эгейском море адмиралу Рикорду. Он убедил Рикорда направиться на Порос и подавить мятеж. Рикорд вскоре пришел к заключению, что вести переговоры с Миаолисом бесполезно, и решил применить силу. Тем временем командиры британской и французской эскадр тоже направились к Поросу, чтобы соединиться с русскими. Они тоже осудили мятеж идриотов.
